Sécurité alimentaire
L’enjeu de la surveillance microbiologie dans l’environnement de production
L’UMR Secalim s’attelle à proposer aux industriels une démarche optimisée pour la surveillance microbiologique de leur environnement de production. Une première enquête a été conduite sur ces pratiques émergentes.
Dans l’industrie agroalimentaire, les équipements seraient responsables de 40 % des contaminations microbiologiques, selon une étude italienne parue en 2014. Prévenir et surveiller ces contaminations par des bactéries d’altération au cours de la transformation des produits relève d’un triple enjeu sanitaire, écologique et économique. Un enjeu pris en compte par les évolutions récentes de la réglementation. Ainsi, l’article 50 de la loi Egalim de 2018 rend obligatoire l’avertissement des autorités si des installations sont susceptibles de rendre des produits préjudiciables à la santé humaine. Dans ce contexte, Secalim, unité de recherche sur la sécurité de l’aliment de l’Inra et d’Oniris, mène avec le soutien de l’Anses le projet Surveillance des environnements de production dans les industries agroalimentaires (Sepia).
Première enquête sur les pratiques de Smep
Ce projet vise à recenser les connaissances sur le domaine, les pratiques récentes et à tendre vers une harmonisation et une diffusion de ces pratiques de maîtrise des dangers microbiologiques. Secalim a proposé le 4 novembre 2020 un webinaire et le 13 janvier une session scientifique, durant laquelle ont été présentés les résultats de la première enquête en France sur les pratiques de surveillance microbiologique de l’environnement de production (Smep) dans les industries agroalimentaires. Les réponses des trente-cinq entreprises participantes, de secteurs diversifiés et pour la plupart des régions Pays de la Loire et Bretagne, montrent une grande hétérogénéité dans les pratiques, très dépendantes des sites de production.
Les biofilms peu suivis
Pour la plupart intéressées à ces problématiques depuis plus de deux ans, ces entreprises ciblent en priorité listeria et salmonelle. Trois seulement ont déclaré suivre la présence de biofilms, « alors qu’il a été constaté que les agents pathogènes et les organismes d’altération sont présents principalement sous cette forme, pour la viande notamment », relève Juliana De Oliveira Mota, ingénieure de recherche au sein de Secalim. La majorité des entreprises répondantes ont défini un zonage de leur site dans leur plan de surveillance, en fonction de la vulnérabilité du produit (54 %) et/ou du processus (26 %).
Aux États-Unis, la FDA définit quatre zones en fonction de la proximité de la surface avec le produit. Interrogés sur leur programme d’échantillonnage, les industriels affichent une moyenne de 179 points surveillés par usine, les secteurs des produits laitiers, produits de la mer et viandes étant ceux qui effectuent le plus de prélèvements. Dans le cadre de Sepia, Secalim préconise une approche commune en trois phases : pré-analytique, analytique et post-analytique.
Juliana De Oliveira Mota retient quatre critères pour une maîtrise assurée de son environnement de production : « L’expérience et la connaissance de son site, la reproductibilité des pratiques de prélèvement, l’enregistrement et l’analyse des résultats, la validation de ses méthodes et de son plan de surveillance qui doit être revu périodiquement. » Secalim publiera au printemps une synthèse des recommandations pour la Smep.
Une approche moléculaire innovante
Aurélien Maillet, doctorant Secalim, a présenté le 13 janvier une autre manière d’envisager la surveillance, par la caractérisation des communautés bactériennes de surface par metabarcoding du gène de l’ARNr 16S. Cette méthode consiste en un séquençage de fragments d’ADN amplifiés par PCR et comparés à une base de référence. Il s’agit d’une « approche exhaustive, non ciblée, pour connaître l’état de santé d’une usine », a noté Aurélien Maillet en présentant les résultats du projet Alterobio d’application à un site de production de saumons fumés. La méthode a permis de réaliser une cartographie du microbiote de l’usine afin d’identifier les points critiques de contamination, comme un convoyeur, une table de parage ou encore un chariot.
