Bovin lait : l’évaluation génétique passe en mode Single Step

Depuis l’indexation d’avril, les index des taureaux et femelles laitières ne sont plus calculés de la même manière. Le Single Step est devenu la méthode d’évaluation de référence. Déployée chez les races laitières, elle va également devenir la référence à l’international, a expliqué Didier Boichard, directeur de recherche Inrae, lors de son intervention au webinaire organisé par l’UMT eBIS en mars.

Concrètement, l’ancien système d’évaluation génétique fonctionnait en deux étapes. Une première avec une évaluation polygénique basée sur le pedigree des animaux et leurs performances. À la fin de cette première étape, les performances étaient « corrigées » des effets d’environnement estimés dans le modèle (troupeau, âge au vêlage…), afin de les rendre indépendantes du milieu dans lequel elles ont été produites. Puis, une seconde étape combinait les performances corrigées avec les marqueurs du génome de l’animal. Ces deux étapes permettaient de calculer les index génomiques. Avec le Single Step, il n’y a plus qu’une seule étape. « Cette méthode combine toutes ces informations de façon optimale, que les animaux soient génotypés ou non, et en une seule étape comme son nom l’indique. »

Sous-estimation du progrès génétique

Cette méthode Single Step améliore la fiabilité des index. Par ailleurs, elle permet d’éliminer le biais de sélection de l’ancien modèle, qui avait tendance à sous-estimer le progrès génétique. « Ce modèle ignorait la présélection génomique des jeunes candidats et biaisait les index », explique le scientifique.

« En pratique, nous constations une baisse assez systématique des index des taureaux avec l’arrivée des performances de leurs filles. » Le phénomène était amplifié entre générations par un effet boule de neige. « Pour tous les taureaux qui ont été mis en service, la prise en compte de leurs filles conduisait à les sous-estimer. Et cela s’est cumulé au cours du temps. » En remplaçant l’index sur ascendance (moyenne des deux parents) par l’index génomique (qui combine l’ascendance et une prédiction intra-parent : l’aléa de méiose), le Single Step supprime ce biais.

À l’instar d’un changement de formule d’Isu, le passage au « Single Step » ne permet pas de comparer les nouveaux index avec les anciens. « En prim’Holstein, nous observons un plus grand étalement des valeurs des index, conséquence de CD plus élevés et d’un progrès génétique estimé plus important, constate Rémy Vermès, de Prim’Holstein France. Mais les meilleurs taureaux sont toujours là. Et les moins bons ressortent encore moins bien. Les index taux, repro et longévité, s’ils sont plus élevés qu’auparavant, c’est davantage en haut de la liste. Ils baissent pour les mauvais taureaux. »

Des valeurs d’index plus éclatées

De son côté, Matthieu Chambrial, chef produit race normande d’Origenplus, explique que le Single Step renforce les forces et les faiblesses de chaque animal. « Globalement, cette méthode d’indexation n’a pas changé le profil des taureaux normands, mais éclate un peu plus la valeur des index. » Et d’ajouter : « les jeunes taureaux avec un intervalle de génération très court progressent fortement par rapport à des taureaux avec plus de solidité dans leurs pedigrees ».

À titre d’exemple, suite à la correction du progrès génétique apportée par le Single Step, l’index lait a augmenté de 518 kg de lait en moyenne par rapport à l’indexation de décembre 2021 chez les taureaux à plus de 170 points d’ISU. En revanche, les index des taureaux confirmés avec leur descendance sont peu impactés par le Single Step. Ces taureaux reculent donc plus ou moins dans la hiérarchie. « Il sera intéressant de suivre l’évolution des jeunes générations dans le temps. »

Précisons que l’ISU normand actuel n’est pas un ISU 100 % Single Step. « Tous les index, à part la synthèse bouchère (Sybo), sont calculés avec la méthode Single Step. La Sybo, qui pèse 12,5 % dans la formule de l’ISU normand, est encore calculée selon l’ancienne méthodologie », précise Matthieu Chambrial.