[Sélection] Single Step, la méthode d’indexation des bovins la plus aboutie

Le Single Step est une nouvelle méthode d’évaluation génétique des reproducteurs. Elle combine toute l’information disponible : les phénotypes, les pedigrees mais aussi les génotypes. Elle sera utilisée à partir des indexations d’avril 2022. « Cette méthode permet d’estimer les valeurs génétiques simultanément pour tous les animaux qu’ils soient génotypés ou non. Le Single Step va apporter un gain de précision. Les index seront meilleurs et surtout seront non biaisés par la sélection alors que c’est un défaut de la méthode actuelle », a expliqué Didier Boichard, directeur de recherche INRAE, lors de son intervention à l’assemblée générale d’Allice. 

Un biais surtout marqué pour les taureaux

« Le biais est surtout marqué pour les taureaux. Avec la génomique, les entreprises génotypent un grand nombre de mâles et ne mettent en service que les tous meilleurs. Ces taureaux ne sont donc pas représentatifs de leur famille, ils sont très supérieurs. Cette différence est prise en compte dans le Single Step. Or elle ne l’est pas dans la méthode actuelle », précise le scientifique.

Le biais pénalise les jeunes taureaux. « L’effet est variable selon les races et le taux de génotypage. En race Montbéliarde, on estime à environ 300 kg de lait la différence entre des taureaux nés en 2014 et ceux indexés actuellement par ce biais », expose Philippe Maitre, directeur de Montbéliarde association.

Une méthode de référence à l'international

Ce biais peut exister chez les femelles, mais de façon beaucoup moins marquée que pour les mâles parce que « la pression de sélection est bien plus faible et bien plus récente  », explique Didier Boichard.

Autre atout, « le Single Step est en cours de devenir la méthode d’indexation de référence à l’international. Cette méthode contribuera à la reconnaissance internationale des évaluations françaises », selon Didier Boichard.

Didier Boichard, directeur de recherche INRAE.

« Avec le Single Step, les index des taureaux seront plus stables. Ils devraient moins changer à l’arrivée des performances de leurs filles. »

Comprendre les origines du biais 

"La méthode actuelle comprend deux phases : un modèle polygénique, sans marqueurs, qui concerne tous les animaux ; puis un modèle génomique qui ne concerne que les animaux typés, alimenté à partir des résultats du premier modèle. Or le modèle polygénique suppose que la valeur sur ascendance d’un taureau est la moyenne des valeurs des deux parents, ce qui n’est pas vrai puisqu’on a retenu les meilleurs. Cela signifie que lorsque les filles du taureau ont des performances, le modèle polygénique sous-estime la valeur du taureau et son index tend à baisser. On attend que ce type de déception soit mieux maitrisé avec le Single Step", explique Didier Boichard.

Philippe Maitre, directeur de Montbéliarde association.

« L’utilisation de cette méthode à partir de l’indexation d’avril 2022 devrait chahuter un peu le classement des taureaux au profit des plus jeunes. »