Single Step, la méthode d’indexation des bovins la plus aboutie

Les avancées récentes en génétique animale ont permis la mise en place de la sélection génomique dans les deux filières bovines, à partir de 2009 en races laitières et 2015 en races allaitantes. Cette sélection repose sur des évaluations génétiques en deux étapes, qui intègrent dans un premier temps les performances des animaux, et/ou celles de leurs descendants. Elle fournit aussi les effets de milieux et les ingrédients nécessaires pour la seconde étape.

Des index uniques, sans distinction entre génomique et polygénique

Puis dans un second temps, cette méthode repose sur les typages des animaux concernés. À moyen terme, du fait de la présélection génomique des jeunes animaux, le maintien de deux étapes séparées risque d’engendrer un biais dans les évaluations. Le Single Step est une nouvelle méthode. Dans les filières bovines laitières comme allaitantes, cette méthodologie consiste à évaluer l’ensemble des animaux en une seule étape. Elle combine pour cela toute l’information disponible : les phénotypes, les pedigrees mais aussi les génotypes et évite le biais dans les évaluations génétiques induit par la présélection des jeunes taureaux.

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« Cette méthode permet d’estimer les valeurs génétiques simultanément pour tous les animaux qu’ils soient génotypés ou non. Le Single Step va apporter un gain de précision. Les index seront meilleurs et surtout seront non biaisés par la sélection alors que c’est un défaut de la méthode actuelle », a expliqué Didier Boichard, directeur de recherche Inrae, lors de l’assemblée générale d’Allice.

Eviter un biais causé par la présélection des jeunes animaux

Cette méthode apporte des avantages non négligeables. Comme le résume l’Institut de l’élevage : " elle permet d’éviter un biais pour les caractères fortement sélectionnés, causé par une présélection génomique des nouveaux animaux avant qu’ils n’aient de performances. Elle rend également possible l’utilisation des informations issues de l’ensemble des animaux avec performances, indépendamment de leur apparentement aux animaux génotypés, sans approximation pouvant causer une perte de précision conséquente. Elle fournit des index uniques, sans distinction entre génomique et polygénique. 

Enfin, elle ouvre la possibilité d’une sélection génomique pour les races qui n’en disposent pas encore, avec une transition douce et continue, l’influence de la génomique augmentant progressivement avec le nombre d’individus génotypés".