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La génomique, un outil efficace au service de la sélection animale

L’arrivée de la génomique change la donne dans la sélection animale. La France, pionnière, a mis sur le marché en 2009 ses premiers taureaux indexés par cette technique. En août 2010, elle faisait partie des huit premiers pays dont la méthode d’évaluation génomique est validée par Interbull. En trois ans, le nombre d’inséminations (IA) par des taureaux évalués en génomique dépasse le nombre d’IA par des taureaux confirmés par testage qui était la méthode d’évaluation appliquée jusqu’alors.

Cette avancée fulgurante n’est pas sans générer de fausses idées, amenant fréquemment l’amalgame entre génomique et manipulation génétique, ce qui nécessite une démystification. « La sélection des animaux n’est pas un processus nouveau. Les outils changent mais les finalités restent les mêmes », souligne Didier Boichard de l’Inra.

En sélection génomique, la valeur génétique d’un individu est estimée à partir de l’information de milliers de marqueurs génétiques appelés SNP (Single Nucleotide Polymorphism) répartis sur son génome et lus par une « puce ». Ainsi, un simple prélèvement biologique, une prise de sang par exemple, permet d’évaluer un animal de manière précise et précoce (dès sa naissance), sans qu’il soit nécessaire de connaître ses performances ou celles de ses apparentés. Grâce à l’affranchissement de la période de testage (évaluation du père par rapport aux performances de ses filles), l’intervalle de génération est fortement réduit : il passe de 5 à 2 ans. Le coût du génotypage, réduit par rapport au coût du testage, permet d’évaluer de très nombreux candidats parmi lesquels les meilleurs seront sélectionnés. L’intensité de sélection sur la voie mâle se trouve ainsi accrue. Des simulations permettent d’espérer un progrès génétique doublé par rapport à la sélection classique.

LE PRIX DE L’INSÉMINATION NE CHANGE PAS

Si le coût de l’évaluation des reproducteurs diminue, ni le coût global du schéma de sélection, ni le prix à l’insémination ne devrait changer. En effet, les reproducteurs sélectionnés à élever sont plus nombreux. De plus, la génomique offre la possibilité de sélectionner sur de nouveaux caractères. Les plus fortes demandes, d’après une enquête menée par France Génétique Élevage, concernent la composition fine du lait et la robustesse des animaux. Cela demande un investissement important pour mettre au point et normaliser des méthodes de collecte de données zootechniques sur une population de référence. PhénoFinlait est le premier exemple de programme de recherche à grande échelle pour de nouveaux caractères.

« La génomique est un outil puissant qui, utilisé à bon escient et dans de bonnes conditions, peut améliorer efficacement les performances des animaux et des élevages. Il convient cependant de raisonner la sélection sur le long terme, et en même temps que les autres paramètres d’élevage, en particulier le sanitaire », met en garde Jean-Pierre Mourocq de Créavia.

« Les trois ans à venir vont être le virage à ne pas manquer. Avec le passage
d’une sélection basée sur la diffusion de quelques reproducteurs d’élite vers l’utilisation de nombreux jeunes taureaux vite renouvelés, il est primordial de conserver un système organisé afin d’éviter les dérives d’utilisation qui favoriseraient la consanguinité. Plus qu’une révolution technologique, la génomique doit donc aussi être un changement culturel », conclut Didier Boichard, directeur de recherche à l’Inra.

La vache de demain est plus robuste mais toujours aussi productive

Afin de sélectionner les taureaux sur une multitude de critères, les généticiens s’appuient sur l’ISU (index de synthèse ex-UPRa). Il s’agit d’une équation qui combine plusieurs caractères traduisant les orientations raciales définies par chaque organisme de sélection (OS). L’ISU est défini à partir d’une estimation de la valeur économique de chaque caractère. Celle-ci détermine le poids qui leur est accordé. Un caractère n’intervient dans l’ISU que s’il affecte réellement les coûts et/ou les recettes à l’animal. La dernière révision de l’ISU intégrant de nouveaux caractères, dont les cellules, date de 2001. Le progrès génétique observé sur ce caractère depuis cette date, démontre la pertinence de cet index dans la sélection animale.

En février 2012 a eu lieu une nouvelle révision de l’ISU motivée par la disponibilité de caractères non indexés en 2001 (ex: mammites cliniques) ainsi que par le déploiement de la sélection génomique. Il existait en outre un décalage entre l’ISU français et les index de sélection des autres pays qui, en 2010, accordaient moins de 50 % à la production en race Prim’Holstein. Puisque le progrès génétique attendu est doublé, le poids donné à la production a été diminué pour conserver le même rythme qu’auparavant, au profit des caractères fonctionnels.

L’évolution de plus en plus rapide du niveau génétique et l’arrivée de nouveaux caractères rendent pertinente une révision de l’ISU plus fréquente que par le passé, et l’implication dans les discussions d’un plus grand nombre d’acteurs.