E. COLI PATHOGÈNES

Renforcer la prévention

Selon les réseaux de surveillance, le printemps est une saison favorable au développement des E.coli pathogènes (ou STEC). 2011 en a d’ailleurs apporté la preuve.

Après l’épidémie qui a provoqué 17 décès et 8000 hospitalisations en Allemagne, en étant probablement liée à la consommation de germes de soja (E. coli O104:H4), la France a connu un cas de toxi-infections dues à des steaks hachés (E. coli O157:H7) puis aussitôt après un épisode épidémique lié à des graines germées (E. coli O104:H4).

UNE CONVENTION DE QUALITÉ

Les épidémies sont-elles une fatalité ou un mal évitable ? Pour prévenir les cas, il faut renforcer les mesures d’hygiène à la ferme, disent les spécialistes de la filière des fromages au lait cru. Car les observations montrent que la contamination des produits pendant la fabrication à l’usine est peu fréquente alors que la présence de STEC dans les laits crus à la ferme, à l’inverse, n’est pas rare.

La prévalence de portage fécal des STEC est estimée par les experts de 0 à 100 % des troupeaux et 0 à 71 % des animaux. La raison en est que le tube digestif des ruminants constitue le principal réservoir des E. coli pathogènes. « En toute vraisemblance, les ruminants sont des porteurs sains et les germes pourraient passer de la vache au lait par contamination fécale accidentelle ; et comme les vaches excrètent des STEC de manière intermittente, il faut considérer que des souches pathogènes peuvent être présentes, au moins occasionnellement, dans la plupart des élevages », explique Sabrina Raynaud de l’Institut de l’élevage.

Mais il y a néanmoins moyen de faire reculer la contamination des laits : la propreté des animaux, le soin porté aux bâtiments et l’hygiène de la traite font, selon Sabrina Raynaud, partie des leviers. La chasse aux E. coli pathogènes est en place dans les entreprises qui travaillent du lait cru. C’est ce qu’a décidé de faire la Laiterie-fromagerie du Val d’Ay en demandant aux producteurs qui l’approvisionnent de signer une convention de qualité. Les éleveurs se sont engagés sur 6 points d’attention qui vont de la qualité de
l’eau au lavage de la machine à traire ; à titre d’indicateur d’hygiène, ils sont tenus de réaliser un test de recherche de coliformes totaux à chaque ramassage de lait. Bien sûr, la laiterie opère ses propres contrôles à réception des citernes : depuis juillet, en plus des cinq principaux sérogroupes à risque, le fabricant de camemberts au lait cru va jusqu’à traquer la souche pathogène à l’origine de l’épidémie allemande.

« Nous effectuons des contrôles sur les laits crus mais aussi sur les fromages au stade d’affinage car cette étape de fabrication correspond au pic de développement des germes quand le produit est contaminé », souligne le PdG Bertrand Gillot. Au total, la Laiterie du Val d’Ay réalise 2 000 analyses de dépistage par an. Le prix consenti pour garder la confiance des distributeurs et des consommateurs.

DÉFINIR LES STRATÉGIES DE PRÉVENTION

Dans la lutte contre les E. coli pathogènes, les industriels pourront bientôt compter sur des outils d’appréciation quantitative du risque pour les
aider à définir leurs stratégies de maîtrise : ensemble, Actilait, l’Anses et le Cniel travaillent à développer des modèles qui permettront de prédire le comportement des souches pathogènes tout au long de la durée de vie du fromage, dans l’objectif d’estimer le niveau d’exposition du consommateur
et d’évaluer l’effet des mesures à même de réduire le risque.

« Il reste à faire un important travail de recueil d’informations car pour que
ces outils puissent fournir des résultats fiables, nous devons les paramétrer selon les valeurs technologiques de chaque étape de fabrication et selon les
caractéristiques de comportement des STEC », indique Frédérique Perrin, chercheur Actilait-Anses. A terme, ces modèles promettent une précieuse
aide pour guider les politiques de prévention.

L’industrie laitière a été l’an dernier épargnée mais a des raisons de se sentir concernée : il y a six ans, des fromages au lait cru ont été reliés à un cas groupé de toxi-infections (E. coli O126: H11).

LA QUESTION DES MOYENS DE DETECTION

Sur son site web, Afnor Validation recense 10 méthodes certifiées pour la détection des E. coli O157, mais aucune solution validée pour le dépistage des souches non O157. L’arsenal analytique cependant commence à se compléter. Car depuis que les sérogroupes O26 : H11, O103 : H2, O145 : H28 et
O111: H8 ont été ajoutés à la liste des formes pathogènes, les fabricants d’outils de diagnostic travaillent à développer des coffrets qui élargissent la recherche à tous les sérogroupes à risque. Genesystems, devenu Pall Genedisc Technologies, a été le premier à proposer un kit de détection des E. coli non O157. AES Chemunex annonce à son tour l’arrivée d’un test prêt à l’emploi de recherche par PCR des cinq sérogroupes majeurs.

UN SECOND TEST POUR DÉPISTER LES E. COLI NON O157R

Comme l’outil de Pall Genedisc technologies, la méthode d’AES Chemunex suit un protocole en deux étapes calquée sur la stratégie de dépistage recommandée par l’Anses et le projet de norme ISO/WD TS 13136 : l’analyse débute par une phase de recherche des gènes stx et eae, considérés comme les principaux facteurs de virulence des E. Coli pathogène ; puis, en cas de résultat positif, se prolonge par une phase de typage qui aide à savoir si la souche appartient ou non à un sérotype à risque. « Pour simplifier l’organisation des laboratoires, nous avons conçu une méthode simple et
flexible qui permet de rechercher les gènes stx et eae en même temps que les autres pathogènes comme les Salmonella et les Listeria », souligne Tony Rouillard, responsable de l’unité biologie moléculaire.

Le kit, déjà validé en interne par le fabricant, va entrer en phase d’essais chez des producteurs de fromages au lait cru et de steaks hachés. De nouveaux outils sont également à l’étude chez d’autres fabricants et
notamment Biomérieux. À la demande du Cniel qui souhaitait accumuler des données de prévalence, le fabricant des tests Vidas a lancé voilà cinq ans, un
coffret pour le dépistage des E. coli O26 et O157, les deux sérogroupes les plus fréquemment rencontrés dans le lait et les fromages; mais ce support,
fourni sans mode opératoire ni fiche technique, a uniquement valeur d’outil R&D et ne peut pas être utilisé pour libérer un lot de produits. « Aujourd’hui, nous étudions la possibilité de concevoir une solution des tests de routine », indique Josiane Barailler, chef de produit de la gamme pathogènes Vidas.

Ces moyens de détection arrivent-ils à temps ou trop tôt? Si les enseignes de distribution font pression pour que soient mis en place des plans de surveillance qui couvrent la totalité des E. coli pathogènes, les entreprises agroalimentaires craignent de leur côté que les tests de dépistage conduisent
à mettre à la benne des lots qui, en réalité, ne présentent pas de danger pour le consommateur. Car les méthodes disponibles ou en développement
sont fondées sur la recherche des souches possèdant les gènes eae et stx et appartenant à un sérogroupe à risque ; or, selon les spécialistes, les formes
qui réunissent ces deux caractéristiques ne sont pas toutes nécessairement pathogènes.

Tous ces tests donnent des résultats présomptifs de la présence des STEC potentiellement pathogènes, il est recommandé d’envoyer l’échantillon « suspect » au laboratoire national de référence des STEC,Vatagro-Sup qui procéde alors à l’isolement des souches et à leur identification. Actuellement, l’Anses et d’autres équipes de recherche travaillent du reste à établir une définition plus précise des souches pathogènes.

UNE NORME SERA BIENTÔT PUBLIÉE

En attendant une méthode normalisée de recherche des cinq sérogroupes à risque que tous les acteurs réclamaient, sera prochainement publiée une
spécification technique au niveau CEN et de l’ISO (ISO/WD TS 13136). S’il existait une norme pour la détection des E. coli O157, il n’y avait pas encore d’équivalent pour le dépistage des souches non O157. Grâce à la méthode standardisée en cours de validation, les laboratoires pourront comparer leurs résultats, ce qu’ils pouvaient jusqu’à présent difficilement faire.

LES CHERCHEURS ONT ETUDIE LA SURVIE DES STEC DANS LE FROMAGE

Comment les E.coli pathogènes se comportent-ils dans les fromages ? L’affinage a-t-il une influence sur la contamination? En partenariat avec Vetagro-Sup et l’Inra, Actilait vient de terminer une étude qui indique que les courbes de développement varient selon les technologies fromagères.
Dans les pâtes persillées et les pâtes pressées non cuites, la concentration commence par augmenter pendant les premières heures de fabrication
avant de chuter au cours de l’affinage jusqu’à devenir indétectable
après 7 mois de maturation en hâloir ; seules les pâtes pressées non cuites à
affinage court conservent une contamination résiduelle. Dans les pâtes pressées cuites et les fromages lactiques de chèvre, les E. coli pathogènes, à l’inverse, ne se développent pas : la raison en est que les pâtes pressées cuites subissent une étape de chauffage et les fromages lactiques de chèvre, une longue phase d’acidification.

Quant à savoir s’il existe un « effet souche », les analyses statistiques montrent que le comportement des souches est identique à l’intérieur d’un
même sérogroupe mais que tous les sérotypes ne suivent pas nécessairement la même évolution : dans les pâtes persillées par exemple, les sérovars
O26 : H11,O103:H2 et O157: H7 se développent différemment. « Attention, l’étude a été réalisée à partir de laits artificiellement contaminés inoculés
à un taux de 102 UFC/ml, c’est-à-dire une teneur beaucoup plus forte que dans un contexte de contamination naturelle, souligne Stéphane
Miszczycha, co-auteur de l’étude. Car il fallait augmenter les chances de survie des bactéries pour permettre l’observation des courbes de croissance. »

FAIBLE PRÉVALENCE DANS LES PRODUITS DU MARCHÉ

Il y a heureusement peu de chances de rencontrer des fromages contaminés parmi les produits du commerce. Lors d’un plan de surveillance lancé en 2005, la DGAL a prélevé 871 fromages du marché dans lesquels aucun E. coli pathogène n’a été détecté. Il a fallu attendre un deuxième puis un troisième programme en 2009 pour mettre le filet sur des produits infectés. Là, la DGAL a prélevé 1911 fromages sur lesquels 17 échantillons ont révélé une contamination, soit une prévalence de 0,9 %. Si les cas sont rarissimes, des souches « pathogènes », selon la définition de l’Anses, ont été retrouvées à la fois dans des fromages de vache et des fromages de chèvre et de brebis.

Le sérogroupe O26 : H111 arrive en tête des formes les plus fréquentes suivi de O103 : H2, O157 : H7 et O145 : H28. Le sérogroupe O11: H8 n’a lui pas été mis en évidence dans les produits témoins. A noter que parallélement à ce constat, aucune augmentation de l’incidence des SHU n’a été signalée par
l’INVS en 2009. La signification sanitaire de la présence des STEC dans les fromages reste encore à explorer.

Les rapports de surveillance sont téléchargeables à l’adresse http://agriculture.gouv.fr/dispositif-de