Passionnés de génétique, Claude et David Yvernault ont été parmi les tout premiers à faire génotyper l’intégralité de leur troupeau charolais. Il y a déjà dix ans, cela a relancé le progrès génétique. Maintenant avec le single step, la sélection s’affine encore.
« Nous faisons génotyper tous les mâles et toutes les femelles depuis que cela a été possible, en 2017 », ont témoigné David et Claude Yvernault, naisseurs engraisseurs et sélectionneurs Synetics à Sazeray dans l’Indre, à l’occasion d’une journée organisée conjointement par la coopérative Innoval en juin. Les deux frères élèvent 200 charolaises conduites 100 % en IA sur un parcellaire 100 % en herbe.
« On a commencé accompagnés parce que l’élevage participait au programme Ferti 38 mené par Charolais univers, mais on y serait aussi venu très rapidement à titre individuel : On rêvait de connaître toutes ces informations pour limiter la part du hasard », relève David Yvernault. À l’époque, les coefficients de détermination n’étaient pas élevés pour les index génomiques, mais ils étaient déjà regardés de très près. Le premier bénéfice économique permis par le génotypage a consisté en la valorisation du statut des animaux pour tous les gènes d’intérêt, et d’abord pour celui de l’ataxie.
Connaissant le statut de toutes les reproductrices, les deux frères du Gaec de Sèvres ont géré dès 2017 les accouplements, sans que le fait d’être porteuse hétérozygote d’ataxie soit un motif de réforme. Plus aucun animal abattu d’urgence pour « tour de rein » n’a été à déplorer depuis cette époque. « C’était un enjeu majeur. Comme tous les autres éleveurs de charolaises, nous avions au départ entre 30 et 40 % de vaches porteuses hétérozygotes du gène de l’ataxie. En trois ans, plus aucune porteuse du gène n’a été mise à la reproduction. Je ne pensais pas que cela irait si vite d’ailleurs. »
Le second bénéfice du génotypage sur tout le troupeau a été de relancer le progrès génétique. « Le troupeau est conduit à 100 % en IA depuis trente ans, et au contrôle de performances depuis 2003. Cela nous a permis de faire passer l’IVMat moyen de 92 à 102 en dix ans – un point était gagné par an – puis on a plus ou moins plafonné. Dès qu’on a commencé à génotyper en 2017, on a repris la progression. Depuis maintenant plusieurs années, le troupeau est entre 105 et 106 en IVMat de moyenne sur 200 à 220 vaches. Il est logique que ce chiffre ne monte plus. L’objectif est de maintenir le niveau », avise David Yvernault.
Et les choses changent depuis cette année avec le passage au single step. « Les index d’aptitude au vêlage (AVel) ont baissé un peu, sans gros reclassement. L’indexation est plus précise. Par exemple sur la facilité de naissance (IFNais), les coefficients de détermination étaient entre 0,6 et 0,65 avant, et maintenant ils atteignent 0,7 à 0,8. » Et cela va s’affiner encore plus dans les prochaines années.
« Le génotypage permet de mettre la barre très haut parce qu’on ne risque pas de passer à côté d’une qualité ou d’un défaut », résume l’éleveur. Il n’est pas partisan de génotyper une partie seulement des génisses. « Cela revient à redonner une place plus importante au hasard. Il faut directement faire du génotypage de masse pour raisonner sur l’ensemble des femelles avec le même niveau d’information sur chacune. »
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Le génotypage se valorise aussi sur le prix de vente des mâles reproducteurs. « On a beaucoup d’informations sur eux et ça constitue une plus-value négociable par la sécurité que cela apporte à l’acheteur. Quand on présente un animal comme adapté à des génisses, il n’y a vraiment pas de place pour le doute. »
Un tri des mâles et des femelles en plusieurs étapes
Au Gaec de Sèvres, les 200 à 220 vêlages se déroulent sur six semaines entre septembre et octobre. Le prélèvement de cartilage auriculaire pour génotypage est réalisé en janvier, quand les veaux ont 3 à 4 mois. Le résultat est disponible le mois suivant, avant la mise à l’herbe.
« Sur les mâles, on fait un premier tri visuel, puis un second tri au vu de leur statut sur les gènes d’intérêts, et enfin un troisième selon leurs index génomiques. On sort ainsi 20 à 25 mâles sur la centaine qui sont nés. La crème de la crème pourra devenir reproducteur », explique David Yvernault. Ces mâles sont ensuite triés encore une fois en classe « premier choix » et classe « second choix ».
« Sur les femelles, toutes passent sur la bascule au sevrage, et on a sous les yeux leur poids, leur morphologie, et leurs index génomiques. Le tout entre en ligne de compte pour un premier tri. » Quand les génisses atteignent l’âge de dix-huit mois, elles sont à nouveau pesées et leurs index génomiques sont repassés en revue pour choisir celles qui sont mises à la reproduction.
« On donne sa chance à une génisse à la morphologie un peu moyenne avec un bon index ALait par exemple. En revanche, il y a des niveaux rédhibitoires sur les index IFNAIS, AVel et ALait. » Les éleveurs constituent ainsi le lot « élite », et le lot « réserve ». Les génisses « réserve » peuvent remplacer une génisse « élite » qui ne serait pas gestante à l’issue de la période de reproduction.