Coup de neuf sur l’évaluation génétique des races allaitantes
Avec le passage au « single step », l’ensemble des races allaitantes peut accéder à la génomique. Plusieurs autres changements opérés en même temps vont dans le sens des demandes du terrain.
Avec le passage au « single step », l’ensemble des races allaitantes peut accéder à la génomique. Plusieurs autres changements opérés en même temps vont dans le sens des demandes du terrain.
Cette année, les douze organismes de sélection des races allaitantes indexées en France sont concernés par des changements de méthodologie de l’évaluation génétique en ferme. « Tous passent au single step », présente Philippe Boulesteix, de l’Institut de l’élevage qui coordonne la production et la diffusion des index des races bovines allaitantes. Le single step permet une utilisation optimisée des informations disponibles, y compris les génotypages si l’OS le décide. C’est le cas à partir de 2025 pour sept des organismes de sélection qui rassemblent 94 % des effectifs de vaches allaitantes des races indexées. Il s’agit des OS des trois races qui bénéficient déjà de la génomique depuis 2015, la charolaise, la limousine et la blonde d’Aquitaine, et c’est nouveau pour l’aubrac, la rouge des prés, et la parthenaise.
La méthode du single step (« une seule étape » en français) permet d’exploiter en même temps la totalité des données de généalogie, de performances et également de génotypage d’un animal. L’information apportée par un génotypage bénéficie à l’animal concerné, mais aussi à ses apparentés. Et la comparaison des animaux entre eux est simplifiée, car chacun n’a qu’un seul index pour chaque caractère. « Avec le single step, on s’affranchit de la notion de taille minimum de la population de référence pour accéder à la génomique », explique Philippe Boulesteix. Chaque génotypage compte. Plus il y en a, et plus ils sont récents, meilleure est la précision des évaluations pour tous. »
En même temps, de nombreux changements sont greffés sur l’indexation en ferme, allant de la collecte des performances à la diffusion des index. « L’objectif était de regrouper un maximum de nouveautés en une seule fois pour ensuite assurer une stabilité pendant un certain temps », remarque Philippe Boulesteix.
Refonte des index croissance au sevrage et allaitement
Désormais, les « groupes de parents inconnus », c’est-à-dire les animaux dont la généalogie n’est pas tracée, se voient affecter par défaut les valeurs génétiques moyennes de leurs contemporains. Jusqu’à présent, ils étaient défavorisés par l’attribution d’une valeur nulle, et les éleveurs qui débutaient en sélection avec peu de données généalogiques sur leur troupeau, devaient attendre d’avoir deux ou trois générations de bovins pour que leurs index génétiques soient équitables.
Un autre progrès concerne la valorisation directe des mesures de tour de poitrine des veaux à la naissance. Jusqu’à présent, ces données n’étaient utilisées qu’en l’absence de poids de naissance, elles étaient converties en poids de naissance calculé selon un abaque racial. Maintenant, les index IFNais (facilité de naissance) sont calculés à partir des trois caractères notifiés en ferme : tour de poitrine, poids de naissance et conditions de naissance.
Également, la bascule occasionne la refonte du calcul des poids âge-type et de leur valorisation pour le calcul des index CRsev (croissance au sevrage) et ALait (aptitude maternelle à l’allaitement). Ces deux index étaient jusque-là principalement estimés à partir du poids âge type à 210 jours. Désormais, tous les poids âge type, à 120 jours et à 210 jours, sont utilisés dans l’indexation. Le poids âge type à 120 jours sera ainsi davantage exploité par les OS qui le souhaitent, chacun choisissant comment il souhaite les proratiser pour le calcul des index.
Enfin, six nouveaux index « techniques » plus lisibles et faciles à s’approprier pour les non-initiés sont proposés (voir ci-dessous).
En parallèle, les pratiques de diffusion des index génétiques évoluent. Le système informatique SI DVG (système d’information de la diffusion des valeurs génétiques des bovins) a été refondé pour s’adapter, par exemple pour le cas comme en charolaise où plusieurs OS existent pour un seul code race. L’objectif du SI DVG est également de pouvoir satisfaire de nouveaux besoins des OS et de faciliter les évolutions futures.
À noter
Dans l’organisation actuelle du dispositif génétique, depuis 2019, davantage de responsabilités incombent aux organismes de sélection. Les nouvelles méthodologies qui viennent d’être adoptées sont plus contraignantes techniquement et humainement pour leur mise en œuvre que celles qui étaient utilisées jusque-là. En corollaire, elles sont susceptibles de mettre à jour des limites entre leur coût financier, le niveau de mutualisation des tâches entre les races, et la taille du porte-monnaie de chacune.
La sélection génomique permet de gagner du temps et de la précision
La sélection génomique consiste à utiliser l’information contenue dans l’ADN d’un animal (son génotype), en plus de ses performances (les phénotypes) et sa généalogie pour calculer des index.
Les index génomiques permettent d’avoir une estimation du potentiel génétique d’un animal dès sa naissance. Ils sont tout au long de la vie de l’animal estimés avec plus de précision, et ce plus rapidement qu’en sélection « classique ».
Au niveau d’un élevage, cela permet de mieux trier les femelles pour le renouvellement, et mieux optimiser les plans d’accouplement. La génomique permet aussi de repérer plus précocement et donc de mieux gérer les anomalies génétiques et les gènes d’intérêts. Cela peut aussi renforcer le progrès apporté par le recours à la semence sexée et au transfert d’embryon.
Dans les schémas de sélection, la génomique permet de diffuser des jeunes taureaux sans testage sur descendance, et de diversifier les objectifs de sélection en augmentant le nombre de caractères indexés
