« Des index génomiques de plus en plus pertinents »

Philippe Boulesteix – En Charolaise, Limousine et Blonde d’Aquitaine, la première mise à disposition d’informations génomiques remonte à fin 2015. À raison de deux indexations annuelles, nous arrivons à présent pour ces trois races à huit indexations successives pour lesquelles des résultats d’évaluations génomiques sont désormais disponibles. L’indexation génomique concerne la plupart des index Iboval, de la naissance au sevrage mais également ceux relatifs à l’indexation sur la production de jeunes bovins en ferme, soit un maximum de 13 index potentiellement récupérables.

P. B. – En 2015-2016, la diffusion a porté sur un nombre restreint d’animaux. Environ 700 taureaux d’insémination ont été mis à disposition sur le site de l’Institut de l’élevage.
Sur les six dernières indexations, le nombre de mâles publiés avec des index génomiques a largement augmenté. En race Blonde d’Aquitaine, six fois plus de mâles sont concernés (de 196 mi-2016 à 1 192 lors de la dernière indexation), soit près de 7 % des mâles avec index publiés. En race Limousine, les effectifs ont triplé, passant de 1981 mi-2016 à 5 771 taureaux lors de la dernière indexation. La part des taureaux connus sur index génomiques atteint désormais 17 % de ceux avec index publiés. C’est en race Charolaise que l’impact de la diffusion de valeurs génomiques est le plus fort. Un quart des mâles (23,7 %) avec index publiés cet hiver, possèdent des index génomiques. Le nombre de taureaux connus sur index génomiques est passé de 6 518 à 13 742 sur la même période. Globalement, 20 705 mâles disposent d’index génomiques publiés pour l’évaluation de l’hiver 2019.
Après une phase de mise en route, la mécanique est désormais bien enclenchée pour ces trois races. Sur les cinq dernières indexations, on compte en moyenne 2 700 mâles supplémentaires connus sur index génomiques, dont 60 % en Charolaise, 33 % en Limousine et 7 % en Blonde d’Aquitaine. On voit déjà un impact non négligeable sur la voie mâle.

P. B. – La publication d’index génomiques pour les femelles reste relativement confidentielle par rapport à l’ensemble des publiées. Les effectifs ont doublé en deux ans passant de 44 286 à 10 967 bêtes. Pour la publication de l’hiver 2019, ce chiffre représente 1 % des femelles actives. Près de 80 % des femelles concernées sont de race Charolaise et le nombre moyen de femelles supplémentaires connues sur index génomiques par rapport à l’indexation précédente est d’environ 1 700.

P. B. – Outre des différences entre races, les mâles disposant d’index génomiques publiés sont assez jeunes. Près de 60 % d’entre eux sont nés depuis 2015. Les mâles blonds sont les plus jeunes puisque trois quarts d’entre eux sont nés depuis cette date, contre seulement 40 % pour les Limousins. Deux raisons expliquent cet écart : la mise en place de la collecte d’échantillons biologiques plus ancienne chez les Limousins et la notion de différé racial d’âge de publication défini par les organismes de sélection (absent en Charolais, de 12 mois en Blond et de 24 mois en Limousin).
Par ailleurs, les génotypages « de routine » concernent en majorité de jeunes mâles (nés depuis 2016), dans la logique d’un choix plus précoce des reproducteurs sur informations génétiques.

P. B. – Ce premier bilan montre la montée en puissance de la diffusion d’index génomiques ces deux dernières années, en particulier pour les mâles.
On constate en moyenne la publication d’un plus grand nombre d’index à un âge plus jeune permettant une sélection anticipée des reproducteurs sur informations génétiques.
Par ailleurs, on commence à avoir le recul suffisant pour illustrer que les index génomiques sont de meilleurs prédicteurs de la véritable valeur génétique des reproducteurs que les index polygéniques. Ainsi, on a pu montrer que la valeur génomique de 2016 se révèle être en moyenne, plus proche de la valeur génétique publiée trois ans plus tard que ne l’étaient les index polygéniques de 2016.
Les index génomiques deviennent de plus en plus pertinents, ne serait-ce que par le développement significatif des populations de référence, c’est-à-dire des animaux génotypés pour lesquels on dispose également d’un phénotype précis.

P. B. – L’Inra, Idele et Allice travaillent actuellement sur le développement d’une nouvelle méthode d’évaluation génomique qui va considérer simultanément généalogies, performances et informations issues du génome, en une seule étape. Ainsi, toutes les races, quels que soient leurs effectifs, seront concernées à condition qu’elles disposent d’évaluation génétique et de génotypages. Cette méthodologie sera encore plus précise, ce qui aura également un impact positif pour les races bénéficiant déjà d’index génomiques. Cette nouvelle technologie permettra aussi d’évaluer de nouveaux caractères et d’améliorer la précision des index. Son déploiement par GenEval est prévu d’ici fin 2022.