On entend souvent parler des laits crus lors d’épisodes sanitaires. Mais les laits crus sont source d’une très grande diversité microbienne. À tel point que chaque élevage ovin produit un lait à la signature microbienne unique.
Le lait de brebis renferme bien des mystères invisibles à l’œil nu. Bactéries, levures, moisissures et bien d’autres : le lait est riche de centaines de types de micro-organismes différents. Souvent méconnus, ils jouent pourtant bien des rôles en fromagerie, et peuvent être à l’origine de certains défauts dans les fromages. Le projet Know N Cheese s’est récemment penché sur ces complexes associations de micro-organismes.
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Onze élevages des Pyrénées-Atlantiques ont fait l’objet d’enquêtes sur les pratiques d’élevage, de prélèvements de lait cru et de mesures de température et d’hygrométrie. Les prélèvements ont eu lieu à dix reprises par ferme, de fin mai à fin juin 2025. Chaque lait collecté a été cartographié : les grands groupes de micro-organismes ont été quantifiés grâce à des méthodes de culture sur boîtes de Petri. Par ailleurs, pour mieux caractériser la diversité des bactéries des laits crus de brebis, des méthodes analysant l’ARN bactérien, une molécule proche de l’ADN, ont été employées.
De 200 à 500 types de bactéries spécifiques
Résultat : les communautés de microbes des laits sont loin d’être toutes identiques. Elles sont même propres à chaque élevage. Autrement dit, le lait cru est une véritable carte d’identité des fermes dont il est issu, marqueur de son terroir et révélateur des pratiques propres à chaque élevage. Chacun des onze élevages présente ainsi des laits avec une très forte diversité bactérienne, de 200 à 500 types de bactéries « spécifiques », et ce indépendamment du niveau de germes totaux. Les laits aux niveaux de germes totaux les plus faibles peuvent toutefois présenter une grande diversité bactérienne.
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Les pratiques d’élevage façonnent la flore du lait
Mais alors pourquoi une telle différence d’un élevage à l’autre ? Les communautés microbiennes des laits varient en fonction des pratiques de gestion des litières, notamment la nature de la surface de couchage (litière, caillebotis, fougère), la fréquence et le moment de paillage. L’ambiance en bergerie compte pour beaucoup dans les équilibres microbiens, avec la présence de poussière, ou encore l’isolation du bloc de traite de l’aire de vie des brebis. Les niveaux de microflore et la diversité bactérienne sont modulés par les pratiques d’hygiène de la machine à traire, telles que la température de fin de cycle, la fréquence de nettoyage du vide annuel, ainsi que les pratiques de traite comme la traite mixte (traite biquotidienne et monotraite) ou non.
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Enfin, les pratiques d’alimentation des brebis ont aussi une incidence, notamment la durée de pâturage quotidienne et sur l’année, la pratique du pâturage de soir en période estivale, la distribution de fourrages humides, l’utilisation d’une mélangeuse et les délais d’épandage sur les parcelles. Néanmoins, dans les conditions de l’étude, de mai à juin 2025, aucun lien n’a été établi entre les conditions météorologiques et niveaux de microflores des laits ou leur diversité.
