Tuberculose bovine : le casse-tête actuel de l’abattage partiel

Après les annonces d’Annie Genevard, ministre de l’Agriculture, au congrès de GDS France, l’arrêté du 27 avril 2026 précise les modalités d’aides pour les élevages en cas de tuberculose bovine.

Outre la revalorisation rétroactive du forfait d’abattage-diagnostic (3350 € pour les bovins de plus de 24 mois, contre 2500 € auparavant) et la prise en charge intégrale des opérations de nettoyage et de désinfection, l’indemnisation des pertes laitières des élevages sous protocole d’abattage partiel (lait sous APDI, arrêté préfectoral portant déclaration d’infection) pourrait désormais être porté à six mois au lieu de trois mois jusque-là, sur décision du préfet du département.

Un an de protocole, six mois d’aides

« Cette indemnité est basée sur la production commercialisée sur la période de l’année précédente, correspondant aux trois mois suivant la date de l’expertise au prix de vente moyen réalisé sur cette période, diminué du coût des concentrés alimentaires. Le préfet peut décider de doubler ce montant pour prendre en compte les spécificités des élevages laitiers en agriculture biologique ainsi que celles d’un assainissement par abattage partiel », précise l’arrêté. « L’aide se base sur le prix actuel en 38/32 et sans aucune prime », précise Christophe Maginot, éleveur dans le Meuse et en charge du dossier sanitaire au sein du bureau de la FNPL.

L’assainissement par abattage partiel d’un troupeau laitier infecté par la maladie prend rarement moins d’une année. Les pertes économiques peuvent être lourdes et la situation aboutir, in fine, en abattage total.

« Même si la durée d’indemnisation des pertes laitières est portée à six mois, il manque encore six mois, s’indigne Christophe Maginot, Dans les faits, le protocole d’abattage sélectif est inopérant. »

Conditions d’éligibilité à l’abattage partiel assouplies

« Depuis 2014, près de la moitié de la centaine de foyers identifiés chaque année bénéficie de cette possibilité [d’abattage partiel] », indique sur son site le ministère de l’Agriculture. Cela inclut les élevages laitiers et allaitants. Les conditions pour être éligibles ont été allégées en novembre 2025. Le nombre maximal de bovins infectés au sein d’un troupeau autorisant un assainissement par abattage sélectif est relevé et la découverte de certaines lésions évolutives de tuberculose sur des bovins lors de leur abattage n’est plus un frein à ce protocole d’assainissement.

L’abattage sélectif, pas pour tout le monde

« Il faut changer le protocole d’abattage partiel dans le cadre de la tuberculose bovine, cela ne fonctionne pas ! », alertait déjà Yohann Barbe, président de la FNPL lors du salon de l’Agriculture. Le syndicat ne remet pas en cause le principe de l’abattage sélectif mais alerte sur le protocole actuel et les conséquences que cela fait peser sur les éleveurs mais aussi sur toute la filière laitière.

Côté élevage, « l’abattage sélectif, c’est jouable lorsque l’infection a été détectée tôt. Si malheureusement la tuberculose est déjà bien ancrée dans l’élevage, le risque est de ne pas s’en sortir et finalement de finir en abattage total du troupeau », alerte Ludovic Blin, vice-président de la FNPL.

« Il faut vraiment que peu d’animaux soient contaminés. Nous mettons en garde les éleveurs qui voudraient se lancer », abonde Christophe Maginot, Christophe Maginot, éleveur dans le Meuse et en charge du dossier sanitaire au sein du bureau de la FNPL.

4 millions d’euros de surcoût logistique pour les laiteries

Côté transformateurs, la situation est également délicate à gérer. « En cas de tuberculose, le lait d’une exploitation sous APDI, arrêté préfectoral portant déclaration d’infection, peut être collecté et utilisé mais il faut le pasteuriser et le vendre sur le marché intérieur, on ne peut pas l’exporter, explique François-Xavier Huard, président-directeur de la Fnil (industriels laitiers). Pour cela, il faut des lignes spécifiques. Ce sont des coûts en plus. »

Les industriels estiment à 4 millions d’euros le surcoût annuel de logistique et gestion du lait lié aux zoonoses (tuberculose et, à la marge, la brucellose). « En 2022, 15 millions de litres de lait étaient concernés. À la stricte charge des industriels. »

Impossible d’exporter

« Il y a une contradiction de l’État qui autorise l’abattage partiel mais ensuite l’entreprise ne peut pas exporter et peut perdre son agrément à l’export, abonde Pascal Le brun, président de la Coopération agricole laitière. Finalement, aujourd’hui le lait est très souvent détruit : qui paye ? »

Jusque-là les laiteries continuaient de payer les quelques éleveurs sous APDI ou sous APMS (arrêté préfectoral de mise sous surveillance, lors de l’attente des résultats lorsqu’un cheptel est suspecté d’être infecté) selon les mêmes modalités que le reste de la collecte. Mais la multiplication préoccupante des cas de tuberculose bovine leur fait revoir leur copie. « Ils disent qu’ils ne vont plus pouvoir le faire », alerte Christophe Maginot.