Connaissez-vous le microbiote de la vigne ?

Le microbiote fait référence à l’ensemble des micro-organismes qui vivent en communauté sur un hôte ou un organe. Que ce soit au sein du cep, sur la feuille, au niveau des racines, les interactions sont nombreuses. Ce pan de recherches a longtemps été inaccessible, car on compte des centaines de micro-organismes qui interagissent les uns avec les autres. Autant dire que leur étude est très complexe. Mais avec les technologies d’analyses et d’intelligences artificielles de plus en plus perfectionnées, c’est tout champ des possibles qui s’ouvre. Avec, à la clé, de nouvelles pistes pour améliorer la santé des végétaux. « Dans le cadre du PEPR Agroécologie et numérique, les compétences de l’Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique sont mises au service de la compréhension du microbiote de la vigne », informe d’ailleurs Corinne Vacher, directrice de recherche Inrae et spécialiste du microbiote des plantes.

L'infographie qui suit répertorie les micro-organismes dont les chercheurs ont déjà prouvé la fonction, « mais plusieurs centaines d’autres espèces ont été identifiées, sans que l’on connaisse encore leurs effets », précise la chercheuse.

Le déséquilibre, caractéristique des vignes dépérissantes

Nous savons depuis longtemps que les maladies du bois sont caractérisées par la présence de micro-organismes, notamment d’origine fongique, qui s’attaquent aux parties ligneuses de la vigne. Il a été démontré par exemple que l’amadou est colonisé à plus de 90 % par le champignon Fomitiporia mediterranea, que Diplodia seriata produit des molécules toxiques et des enzymes impliquées dans la dégradation du bois. Mais ce que l’on découvre peu à peu, c’est que l’équilibre du microbiote aurait un rôle fondamental. Le bois sain est fortement colonisé par tout un tas de bactéries et champignons, pathogènes ou non, avec une grande diversité d’espèces. Le tout vivant en harmonie. Dans le bois nécrosé en revanche, cette diversité est totalement bouleversée.

De même, la composition du microbiote du sol pourrait jouer un rôle. Une équipe de l’ISVV de Bordeaux a montré que les sols des zones dites dépérissantes présentent des différences de composition microbiologique, avec une densité bactérienne et des activités enzymatiques moindres que les zones dites saines. De même, les communautés bactériennes sont distinctes d’une zone à l’autre.

La fertilité du sol dépend de ses habitants

Avec l’avènement de l’agroécologie, une idée s’impose. Celle que la richesse des micro-organismes du sol est capitale pour avoir un sol fertile et une vigne résiliente. Les études menées par l’Inrae de Dijon révèlent que les sols viticoles sont pourvus d’une bonne diversité bactérienne, mais d’une quantité de micro-organisme totale faible. De même, la diversité des champignons n’y est généralement pas élevée. Pourtant, tous ces organismes pourraient avoir des effets fort bénéfiques, selon les recherches les plus récentes. Le laboratoire Terra Mea (Dubernet) a montré que la vigne a besoin de champignons mycorhiziens pour assimiler le phosphore. Une équipe de la firme Chr Hansen a étudié les flores bactériennes et fongiques du système racinaire de malbec et cabernet sauvignon en Argentine, et a pu corréler la présence des micro-organismes Ascomycota et Proteobacteria avec la bonne santé de la plante. Mieux encore, certaines familles produisent des enzymes capables de dégrader la paroi des cellules pathogènes. Par exemple, l’efficacité de quelques Bacillus sp. a été validée vis-à-vis de Botrytis cinerea.

Une compétition permanente pour l’espace

Des travaux ont d’ores et déjà établi que des tissus de feuille de vigne sains disposent d’un microbiote beaucoup plus diversifié et dynamique que ceux infectés par l’oïdium. De même pour des parcelles faiblement ou fortement impactées par le mildiou, les chercheurs de l’Inrae ont identifié plusieurs taxons microbiens systématiquement plus abondants dans les parcelles faiblement sensibles à la maladie. Les chercheurs planchent sur la création de cocktails de micro-organismes et à tester leur efficacité sur le mildiou, mais aussi à identifier les pratiques culturales favorisant la présence de ces consortia d’intérêt. Ces micro-organismes pourraient aussi être des pistes de recherches pour trouver des produits de biocontrôle. Des entreprises privées comme Mycea ou BioIntrant orientent également leurs recherches là-dessus. « Une autre perspective est d'utiliser le diagnostic du microbiote des parcelles pour prédire sa sensibilité et orienter les pratiques ou produits en fonction », ajoute Corinne Vacher.

De la vigne au chai

Metschnikowia, Oenococcus ou encore Pichia sont des noms bien connus des œnologues. Mais les viticulteurs les rencontrent aussi dans leur quotidien. En effet, ces micro-organismes sont présents sur la baie de raisin et peuvent se retrouver ensuite dans les moûts, en plus ou moins grande quantité selon les millésimes et les terroirs. Avec la diminution des fongicides et peut-être aussi le changement climatique, les populations sur la pruine sont de plus en plus importants. Ce qui entraîne des conséquences au chai et d’éventuels nouveaux réflexes à prendre.