Qu'est-ce que la phagothérapie, une solution de biocontrôle contre les bactéries phytopathogènes ?

L’antenne CTIFL de Brindas (anciennement Serail) a démarré un nouveau projet en 2023 intitulé PHAG-2S. Ce projet est porté par le laboratoire d’écologie microbienne de l’université de Lyon avec comme partenaires Greenphage (entreprise qui développe des bactériophages), l’université de Toulouse, la station de Creysse et le comité de développement de la noix, l'antenne CTIFL de Brindas et Sup Biotech. Il consiste en l’étude scientifique et sociétale d’une solution de biocontrôle en agronomie : la phagothérapie, utilisation de virus (phages) pour détruire des bactéries phytopathogènes. « En agronomie, la phagothérapie est déjà utilisée en culture de tomates, poivrons, pommes de terre et pommes, en dehors de l’Union européenne », présente Alexandre Burlet, du CTIFL.

Le projet PHAG-2S a un double objectif. Le premier vise à explorer la phagothérapie comme nouvelle stratégie de lutte contre les bactérioses végétales. « Cette approche innovante sera éprouvée en laboratoire et par les stations expérimentales, poursuit Alexandre Burlet. Les interactions entre des bactériophages, des bactéries phytopathogènes, du genre Xanthomonas et leurs plantes hôtes (laitue et noyer), seront évaluées afin d’appréhender l’usage de bactériophages naturels en lieu et place de produits chimiques ». À l’échelle sociétale, le second objectif consiste à comprendre le développement de la phagothérapie au sein de la communauté d’acteurs (producteurs-maraîchers, nuciculteurs, chercheurs, ingénieurs, distributeurs, consommateurs, etc.) afin de mieux appréhender cette stratégie de lutte.

Pour la culture de laitue, cette première année de projet a permis de réaliser des prélèvements environnementaux (sol, déchets laitues…) contenant potentiellement des phages de Xanthomonas hortorum pv vitians. Des phages ont été trouvés et identifiés. Leurs efficacité et spécificité ont commencé à être testées au laboratoire. L’impact des produits phagiques sur les communautés bactériennes des parcelles expérimentales de laitues et de noyers sera évalué en comparant la composition des communautés du sol et de la phyllosphère, en conditions traitées et non traitées. La deuxième année du projet consistera à réaliser une sélection de phages en vue de créer une solution de cocktail de phages pour avoir une efficacité sur des spectres d’hôtes complémentaires, afin d’obtenir une solution de biocontrôle durable et efficace. Cette solution sera testée en conditions expérimentales au laboratoire et au champ sur l’antenne CTIFL de Brindas.