Vers une meilleure maîtrise des Stec dans les élevages laitiers

Le projet Stecamont a permis d’acquérir des connaissances et de tester l’efficacité de mesures de maîtrise des Stec hautement pathogènes.

Publié le 2 avril 2021 - Par Aurélien Tournier

Depuis la fin des années 1990, la filière laitière est confrontée à des pathogènes qu’il est encore aujourd’hui difficile de maîtriser au cœur des élevages : les Escherichia coli productrices de shigatoxines (dites Stec). Présentes dans le tube digestif des ruminants, et excrétées dans les déjections des animaux, ces bactéries peuvent contaminer l’environnement de la ferme et se retrouver – accidentellement – dans le lait et les produits laitiers non pasteurisés.

Si quelques études avaient déjà été réalisées dans des élevages bovins et ovins, peu de références étaient disponibles pour la filière caprine. Voilà ainsi la genèse du projet Stecamont. Initié dès 2015, et cofinancé par le ministère de l’Agriculture, le Cniel, l’Anicap et la Confédération générale de Roquefort, le programme Stecamont a permis d’acquérir de nouvelles connaissances quant aux mesures de maîtrise des Stec hautement pathogènes (Stec HP) en élevage caprin, et sur la façon de les gérer lorsque l’on constate une contamination récurrente du lait. Il faut dire que la présence de Stec HP est un véritable enjeu pour les filières au lait cru.

Des références pour la filière caprine

22 fermes (dont 13 élevages caprins), réparties sur l’ensemble du territoire métropolitain, ont été accompagnées dans le cadre de Stecamont durant plusieurs mois. De nombreux prélèvements (fèces, litière via pédichiffonnettes, aliments, abreuvoirs, etc.) ont été effectués dans chacune d’entre elles. Le lait a aussi été analysé.

« Avec ce projet, le circuit de contamination fécale du lait par les Stec HP a été confirmé, souligne Sabrina Raynaud, responsable de projet qualité du lait et produits laitiers fermiers à l’Institut de l’élevage. L’absence d’excrétion par voie intramammaire semble également avérée. Nous avons aussi pu voir que la contamination du lait dans les élevages était intermittente. Des points de vigilance, comme la propreté des trayons, la propreté des bâtiments et la gestion de la litière, la gestion des flux des déjections et des effluents, ou encore l’élevage des jeunes animaux, semblent être des facteurs de risques importants. Enfin, les premiers constats sur l’utilisation d’un probiotique à base de levure et d’un nettoyage temporaire des trayons avant la traite ont été jugés intéressants dans certains cas. Mais cela n’est pas toujours fiable, ni évident à mettre en place, dans les élevages caprins. »

L’ingénieure recommande aux éleveurs concernés par ce problème de se rapprocher de leur technicien qualité du lait afin d’être accompagné dans les meilleures conditions et rechercher les solutions adaptées à leur cas. Elle précise qu’« il ne faut pas non plus tout aseptiser afin de ne pas laisser le champ libre aux pathogènes. Les autres microflores de l’environnement ont sûrement un rôle important pour faire barrière aux pathogènes ».

De nouveaux programmes en cours

Si Stecamont a permis d’acquérir de nouvelles connaissances concernant les Stec HP, il n’en reste pas moins que de nombreuses questions subsistent encore. C’est dans ce contexte que d’autres programmes ont vu le jour. « Lors de Stecamont, nous étions sur du curatif. Il était intéressant d’étudier du préventif », évoque aussi Sabrina Raynaud. Le projet Castec (2018-2020) recherche ainsi des facteurs de risque de présence de Stec potentiellement hautement pathogènes dans le lait livré par des élevages de petits ruminants (brebis et chèvres). Les résultats seront communiqués dans les prochains mois. Le projet MaListec (2020-2021) se penche, quant à lui, sur les préconisations d’entretien des litières et le protocole d’hygiène mammaire face au risque Stec. Des programmes de recherche qui sont aussi l’occasion d’échanges entre les scientifiques et les opérateurs de terrain, afin de progresser ensemble sur ce problème complexe pour les filières laitières.

Contamination : l’exemple concret du Pradel

La ferme expérimentale caprine du Pradel, située à Mirabel, en Ardèche, élève 228 chèvres laitières. Sur les 220 000 litres de lait commercialisables chaque année, 135 000 sont transformés en picodons AOP. Le restant est quant à lui livré en coopérative. Et c’est lors d’une collecte, en août dernier, que les analyses de routine ont révélé la présence de Stec HP isolés. La production fermière connaîtra elle aussi des positivités et deux périodes de suspension.

« À partir de là, nous avons réalisé de nombreuses analyses afin de trouver la source de contamination et savoir comment diminuer la circulation de la bactérie », relate Claire Boyer, chargée des expérimentations au sein de la station. Parmi les pratiques réalisées : le curage et la désinfection des couloirs, de la salle de traite, des murs, l’assainissement des aires d’exercice, ou encore la désinfection temporaire des mamelles avant le branchement à la traite. « Les mamelles des chèvres sont nettoyées avec des lingettes désinfectantes. Cela rajoute du travail aux équipes, c’est assez lourd mais en couplant cela aux autres mesures, nous espérons éviter la contamination du lait. »

Une enquête à rebondissements

À vrai dire, le doute s’est tout d’abord porté sur la paille. La possible contamination par les oiseaux a également été évoquée. Il faut dire que de nombreux moineaux, tourterelles et pigeons sont présents sur le site. « Nous avons réalisé des prélèvements des milieux souillés. Les excréments des oiseaux se sont révélés positifs. » Mais d’où vient la source : les oiseaux ont-ils contaminé les chèvres ou les chèvres ont-elles contaminé les oiseaux ? Depuis, la ferme expérimentale a fait appel à des fauconniers et leurs méthodes d’effarouchement.

Ce qui est sûr, c’est que le plan d’actions mis en place a permis de limiter la pression des Stec dans l’environnement du Pradel. Les nouvelles analyses, que ce soit pour le lait ou la fabrication fermière, et dans l’environnement se sont en effet révélées négatives pour le démarrage de la lactation 2021. Pour autant, l’inquiétude reste de mise et la source première de contamination n’a pas été formellement identifiée. Les recherches continuent pour acquérir des connaissances pour la filière et témoigner de cet épisode compliqué.

CalMaSTEC, un outil d’aide à la décision

C’est pour répondre à un besoin exprimé par la filière caprine que l’Anicap, en lien avec le Cniel et le Cnaol – a lancé le programme CalMaSTEC. Objectif visé : développer un modèle AQR (appréciation quantitative des risques) permettant de simuler la dynamique de contamination d’une production de caillé lactique au lait cru par les Stec et ainsi évaluer la pertinence des plans d’analyse d’autocontrôles. « Cela permet de tester l’efficacité des protocoles de surveillance microbiologique qui peuvent être mis en œuvre lors de la collecte ou de la fabrication. C’est un véritable outil d’aide à la décision, qui permet de calculer la valeur ajoutée d’un plan d’autocontrôle par rapport à un autre en termes de réduction de risques », souligne Céline Spelle du Cnaol.

Un outil spécifique pour prévenir et réduire les risques

Onze entreprises et neuf organismes de défense et de gestion (ODG) étaient partenaires de ce projet. Chacune est désormais autonome dans l’utilisation de cet outil. Concrètement, les entreprises peuvent – via une interface web – réaliser des simulations de plans de surveillance en personnalisant leurs paramètres de fabrication ainsi que les données de prévalence en Stec.

Le syndicat AOP du Picodon a pris part à ce projet. « La mise en place de cet outil s’inscrit dans un contexte sanitaire, indique Alicia Teinturier, animatrice du syndicat AOP. Le risque zéro n’existe pas. La filière laitière est parfois confrontée à la transmission de cette pathogénicité, laquelle peut toucher les enfants de moins de cinq ans et les personnes immunodéprimées. Vis-à-vis des Stec, l’absence totale est demandée, même s’il n’existe pas de cadre réglementaire comme la listeria ou les salmonelles. Dans le cas contraire, elles peuvent véritablement avoir un vrai impact sur l’activité des entreprises », indique Alicia Teinturier, animatrice du syndicat AOP.