Vers une évaluation génomique internationale des caprins ?

Une évaluation génomique caprine à l’échelle internationale offrirait un puissant levier de progrès génétique. En mutualisant les populations de référence de plusieurs pays, une évaluation commune permettrait d’améliorer la précision des évaluations génomiques, ce qui est particulièrement intéressant dans les filières caprines où les populations à la fois génotypées et phénotypées sont souvent de taille réduite. Cela ouvrirait aussi la voie à un partage des efforts de phénotypage pour des caractères peu héritables ou difficiles à mesurer comme les données sanitaires. « L’évaluation génomique internationale est une opportunité pour les petits ruminants à condition de relever plusieurs défis techniques et organisationnels », rappelle Hélène Larroque, ingénieure de recherche à Inrae.

Un test grandeur nature avec le projet Smarter

De 2018 à 2023, le projet européen Smarter a expérimenté une mutualisation internationale en impliquant la France, l’Italie, la Suisse et le Canada. L’étude a porté sur les races alpine et saanen, avec la mise en commun de données généalogiques, de près de 10 000 génotypages et de phénotypes sur des caractères clés.

La France a été le principal contributeur en données généalogiques et en génotypages. L’analyse des pedigrees montre que la France a massivement exporté vers l’Italie, la Suisse et le Canada. Par exemple, 7 % des chèvres italiennes ont un père d’origine française.

« L’analyse des génotypages a montré que les populations saanen et alpines européennes, et en particulier françaises et italiennes, sont très proches génétiquement, observe Hélène Larroque. Les populations canadiennes sont plus éloignées, probablement du fait d’importations européennes plus anciennes et de mélanges entre races plus fréquents. »

Des prérequis pour internationaliser l’évaluation génomique

La coopération internationale suppose cependant des évaluations semblables. Si tous les pays mesurent la production laitière, les protocoles varient fortement : 250 jours de lactation de référence en France, 210 en Italie, 305 au Canada, et deux périodes de 100 jours en Suisse. Résultat : une faible corrélation génomique entre les populations françaises et italiennes pour la quantité de lait. Pour ce caractère, les protocoles de mesure et les modèles d’évaluation diffèrent trop pour permettre une estimation fiable et commune aux quatre pays.

En revanche, les résultats sont plus concluants sur la morphologie, notamment pour l’attache arrière de la mamelle, mesurée selon une même échelle en France, Italie et Canada, avec des corrélations génomiques élevées. Il en va de même pour le taux butyreux entre la France et l’Italie malgré des modèles d’analyse différents. « Ces résultats sont encourageants mais soulignent la nécessité d’une vraie coordination internationale », insiste Hélène Larroque.

Trois prérequis sont donc indispensables pour espérer une évaluation génomique internationale. D’abord, il faut qu’il existe des échanges de semences, de chèvres ou de boucs réels entre pays afin d’avoir un minimum de proximité génétique entre populations. Ensuite, il est nécessaire d’avoir une harmonisation des phénotypes avec des caractères mesurés selon des protocoles comparables ou calculés avec la même méthode. Enfin, il faut un nombre suffisant d’animaux génotypés et phénotypés dans chacun des pays.