La mesure imposant l´abattage total des élevages caprins dès le premier cas détecté est l´objet d´un désaccord fondamental de l´ensemble des professionnels. La FNGDSB et la FNEC considérant cette disposition d´hyper précaution comme injustifiée. De même, les professionnels considèrent que les montants plafonnés d´indemnisation ne tiennent quasiment pas compte des pertes d´exploitation consécutives à l´abattage. Par ailleurs, un Règlement européen, préparé en l´absence de toute information, ni consultation des professionnels, a été adopté le 12 février 2003. Ce texte est applicable dans chaque État membre à compter du 1er octobre 2003.
En l´état, ce texte qui institue notamment l´abattage total dès les premiers cas chez les caprins, risque de compromettre très lourdement le développement pourtant nécessaire du système de déclaration de la maladie qui constitue le pilier de la connaissance des élevages atteints et donc de la maîtrise de la maladie. L´année 2002 a vu la mise en place du programme de tests rapides de l´Union européenne destiné à évaluer la situation épidémiologique en matière de tremblante chez les ovins et les caprins. Au total 95 500 tests ont été programmés en France : 35 500 à l´équarrissage et 60 000 à l´abattoir, dont un tiers chez les caprins et deux tiers chez les ovins. Depuis la mise en place de ce programme, à partir d´avril 2002, les résultats en France se sont globalement stabilisés à environ 4,5 pour mille résultats positifs à l´équarrissage (6 à 7 pour mille en ovin et 1 pour mille caprin) et 0,6 positif pour mille à l´abattoir (0,9 pour mille en ovin et 0,15 pour mille en caprin). Au plan communautaire, les résultats des autres grands pays de production ovine ou caprine sont comparables, voire supérieurs aux résultats français.
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