Analyser les litières pour repérer les coccidies lors de l’élevage des chevrettes

La coccidiose est provoquée par des protozoaires du genre Eimeria, très répandus en élevage caprin. En Europe, la prévalence atteindrait plus de 85 % des élevages. Elle touche surtout les jeunes animaux et se manifeste par des diarrhées, des retards de croissance, une baisse d’état général, voire de la mortalité dans les cas sévères.

Beaucoup d’animaux excrètent des coccidies sans signes visibles, ce qui complique le diagnostic uniquement basé sur l’observation. Traditionnellement, le suivi repose sur des analyses de fèces individuelles avec des prélèvements intrarectum. « C’est une méthode fiable mais qui prend du temps car elle nécessite de manipuler les animaux un à un », explique Léa Bordes, spécialiste en parasitologie à l’Institut de l’élevage.

Prélèvements réguliers

L’Anses de Niort, l’Inrae et l’École nationale vétérinaire de Toulouse ont montré que la litière était un bon reflet du niveau global de contamination d’un lot de chevrettes. « Les résultats de coproscopies obtenus sur litière sont bien corrélés à ceux des fèces individuelles, analyse Léa Bordes qui a participé à l’étude. Ils permettent d’estimer correctement le niveau d’excrétion du lot. » En revanche, la variabilité peut être plus forte selon les élevages, ce qui nécessite un protocole rigoureux.

Il est ainsi recommandé de prélever de 20 à 50 pincées de fèces fraîches sur toute la surface utilisée par le lot d’animaux à analyser, en veillant à ne prendre que des crottes et pas de paille. Le mélange de ces prélèvements forme un échantillon représentatif qui peut être envoyé au laboratoire pour quantifier les oocystes (œufs de coccidies). L’analyse coûte moins de 20 euros et elle est idéalement couplée à l’identification des espèces présentes. « Tous les labos ne le font pas mais cela permet d’avoir une idée de la proportion de coccidies pathogènes et moins pathogènes, assure Léa Bordes. Plusieurs espèces d’Eimeria coexistent chez les caprins et toutes ne se valent pas. Les pires restant Eimeria ninakohlyakimovae et Eimeria caprina. »

Un pic après le sevrage

Le suivi réalisé au printemps 2025 dans plusieurs élevages des Deux-Sèvres et du Maine-et-Loire montre que la contamination des chevrettes peut être très précoce. Le sevrage est une période clé à surveiller puisque l’excrétion augmente après le sevrage et atteint généralement un pic 15 à 21 jours plus tard. Les analyses ont également montré une forte variabilité entre animaux. Dans un même lot, certains animaux excrètent très peu, tandis que d’autres peuvent dépasser 50 000, voire 100 000, oocystes par gramme. Un suivi hebdomadaire de la litière, combiné à l’identification des espèces, permet de déclencher les traitements vétérinaires au bon moment, ni trop tôt ni trop tard.