L’ISVV développe sa propre base de données microbienne

Mise au point dans le cadre des programmes Respect et Vins de Bordeaux sans SO₂, financés par le CIVB et la Région Nouvelle Aquitaine, l’identification de levures et bactéries par spectroscopie de masse type Maldi-Tof est opérationnelle au sein de l’Unité de Recherche Œnologie de l’ISVV, par le biais de la cellule de transfert Microflora.. « Jusqu’ici, les micro-organismes étaient identifiés par séquençage de l’ADN ribosomique, une technique d’analyse assez coûteuse et nécessitant une certaine technicité », indique Julie Maupeu, responsable de Microflora. Alors que les besoins de la profession pour le contrôle de l’implantation des souches de levures et de bactéries utilisées en bioprotection se font de plus en plus pressants, la technique de référence se montre désuète. « Nous travaillons depuis 2015 au développement de Maldi-tof, d’abord par une analyse de faisabilité puis par sa mise au point et son optimisation au sein de notre laboratoire », développe l’ingénieure. Désormais, en moins d’une heure, le laboratoire est capable d’identifier des dizaines de colonies. Le gain de temps sur la manipulation réduit de fait le coût de l’analyse. Par exemple, un contrôle d’implantation de bioprotection en macération préfermentaire est proposé à moins de 130 €.

Plus de 94 souches complètent la base de données commercialisée

Actuellement utilisée en routine dans le domaine médical, la technique de spectrométrie de masse de type Maldi-tof repose sur la comparaison entre le spectre protéique généré par la biomasse de l’échantillon de vin et les spectres protéiques de milliers de clones de levures et bactéries. Ils sont regroupés dans une base de données issue des domaines médical et environnemental. « Grâce au soutien financier du CIVB, nous avons créé la première base de données référençant les micro-organismes de l’environnement œnologique. 94 nouvelles souches complètent la base existante », se félicite Julie Maupeu. L’outil, dont l’application a été testé dans le cadre de la thèse de Sara Windholtz sur la bioprotection en 2018 puis sur divers autres essais en 2019, a permis d’analyser plus de 8 000 clones de levures, dont moins de 2 % sont à ce jour non-identifiés. Sur 463 clones de bactéries lactiques analysés, 35 % n’étaient pas identifiés de façon satisfaisante au début du projet. Aujourd’hui, ce sont près de 2000 clones qui ont été analysés, dont 4 % seulement ne sont pas identifiés. « Nous pouvons maintenant envisager de proposer des études d’écologie microbienne à nos clients sur de grands échantillonnages », s’enthousiasme l'ingénieure. À terme, Microflora ambitionne d’aller jusqu’à l’identification de moisissures.

(1)Institut des Sciences de la Vigne et du Vin

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