Comment gérer l’arrêt pour maladie non professionnelle d’un salarié agricole ?
En cas d’absence de l’un de ses salariés, quelles sont les obligations de l’employeur exploitant agricole ? Retrouvez les délais, démarches à remplir, interdits et conseils.
En cas d’absence de l’un de ses salariés, quelles sont les obligations de l’employeur exploitant agricole ? Retrouvez les délais, démarches à remplir, interdits et conseils.

En 2023, la MSA a enregistré 10,744 millions de jours d’arrêt de travail pour les salariés agricoles, soit en moyenne 14,17 jours par salarié, alors que le régime général en comptabilise 14,5 jours par salarié. La durée des arrêts est même moins longue qu’au régime général, 27 jours contre 36 jours tous secteurs confondus. Face à ces absences, les chefs d’exploitations se sentent souvent impuissants. Il n’en demeure pas moins qu’ils conservent des obligations à l’égard de leurs salariés.
Arrêt de travail, quels délais à respecter par le salarié agricole ?
L’arrêt de travail démarre au moment où le salarié ou un tiers, avise l’employeur de son absence dans les meilleurs délais (courriel, SMS…). Puis, l’employé communique, également par tous moyens, le formulaire Cerfa n° 10170*07 ou le bulletin d’hospitalisation, dans les 48 heures. S’il ne le faisait pas, Gina Darmaillacq, juriste en droit social chez Exco FSO, du réseau AgirAgri, conseille au bout du 2e jour d’absence de prendre contact avec le salarié et en cas de silence, de le mettre en demeure de justifier son absence ou de reprendre le travail.
« Si le salarié reste silencieux, ce n’est toutefois pas une cause de résiliation du contrat travail mais plutôt un motif d’avertissement, en cas de répétition » avise-t-elle. Valérie Delbast, agricultrice, employeuse à Nailhac, en Dordogne, avertit que faute de médecins suffisants en milieu rural, « il faut souvent être indulgent sur ce délai ».
Obligation principale : la DSN évènementielle auprès de la MSA
À son tour, l’exploitant agricole avertit dans les meilleurs délais son gestionnaire de paye s’il en a un. L’employeur ou le gestionnaire de paye procède par le flux informatique MSA à une déclaration sociale nominative (DSN) évènementielle. À défaut c’est l’employeur lui-même qui procède à la DSN évennementielle via son portail MSA rubrique employeur.
L’employeur choisit entre le régime de la subrogation ou de la non-subrogation. « Je conseille le régime de la non-subrogation afin que l’employeur n’ait rien à gérer », indique Gina Darmaillacq. La non-subrogation signifie que la MSA et Agrica versent les indemnités journalières directement au malade. En cas de subrogation de maintien de salaire, l’employeur verse le salaire et donc, pour le financer, perçoit les indemnités journalières à la place du salarié.
Obligations secondaires au moment de la reprise
Après 30 jours consécutifs d’absence, l’employeur doit informer son salarié qu’il peut bénéficier d’une visite médicale dite « de pré-reprise ». L’objectif de cette visite est de favoriser le maintien dans l’emploi des salariés en arrêt. Toutefois, c’est au salarié, à son médecin traitant ou au médecin-conseil de la MSA ou du travail, d’en prendre l’initiative. « L’employeur ne peut pas l’imposer, juste l’aviser de son droit », précise Gina Darmaillacq.
En revanche, après un congé maternité ou une absence pour maladie non-professionnelle d’au moins 60 jours, il incombe à l’employeur de programmer une visite médicale dite « de reprise », auprès de la médecine du travail. Le professionnel de santé vérifie que le salarié est apte à reprendre son poste ou à défaut, il préconise des adaptations. Si l’exploitant ne programmait pas cette visite, le salarié pourrait l’exiger.
Ces règles sont différentes en cas d’arrêt de travail dû à un accident du travail ou une maladie professionnelle.
Peut-on contrôler son salarié en arrêt ?
La MSA lutte contre les arrêts de complaisance, en contrôlant les médecins prescripteurs et les salariés régulièrement en arrêt. L’employeur qui suspecte un arrêt de complaisance peut faire un signalement à la MSA, qui n’a aucune obligation de contrôler l’employé. Quand bien même elle constaterait un arrêt injustifié, la MSA n’est pas tenue d’informer l’employeur des résultats du contrôle. En revanche, elle cessera le versement des indemnités journalières.
L’employeur peut procéder à une contre-visite médicale, en mandatant à ses frais un médecin expert référencé (coût 300-500 €) habilité à vérifier à son domicile, si l’arrêt est justifié. En cas d’arrêt injustifié, le médecin expert a l’obligation d’aviser la MSA afin qu’elle cesse le versement des indemnités journalières.
Des arrêts récurrents pourraient être le signe d’un mal-être personnel ou professionnel, voire d’un problème musculosquelettique. Parlez-en à votre salarié, dès son retour pour trouver un compromis, un aménagement de poste ou de planning.
Il convient également de s’interroger sur la prévention des risques au sein de l’entreprise, l’employeur devant veiller à la santé et à la sécurité des travailleurs.
Garder le contact grâce au rendez-vous de liaison

En principe, l’employeur ne peut pas contacter son salarié durant son arrêt maladie, au risque de se voir reprocher un manquement à ses obligations. Néanmoins, il arrive que des employeurs prennent des nouvelles du salarié et maintiennent le lien avec les collègues lorsque les circonstances et les relations le permettent.
« Tout dépend des relations avant l’arrêt et du contexte, temporise Gina Darmaillacq. Si vous prenez des nouvelles, vous ne pouvez en aucun cas demander au salarié la raison de son arrêt. En effet, cela relève de la sphère privée, et le salarié n’a aucune obligation légale de révéler son état de santé ou le motif d’un arrêt maladie. »
Depuis la loi santé du 2 août 2021, au-delà de 30 jours d’absence continus ou discontinus, l’employeur peut proposer un rendez-vous de liaison que salarié n’est pas obligé d’accepter. L’employé peut lui aussi le solliciter. Le but est d’instaurer un dialogue entre les deux, en favorisant le maintien dans l’emploi et en préparant les conditions de retour. Il peut avoir lieu en présentiel ou en distanciel, en présence du service de santé au travail de la MSA, qu’il faut donc aviser au moins 8 jours avant.