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Pyrénées-Orientales : « Un outil pour détecter précocement la sharka »

La sharka est un problème majeur en cultures de Prunus, particulièrement dans le département des Pyrénées-Orientales. Cédric Bertrand, chercheur à l’Université de Perpignan Via Domitia, décrit les travaux en cours au sein de la chaire de recherche dédiée à la sharka et à l’arboriculture en Roussillon.

« En 2019 a été lancée la chaire de recherche dédiée à la sharka et à l’arboriculture en Roussillon. Cette maladie touchant les Prunus est un enjeu majeur pour le département des Pyrénées-Orientales car 80 % des contaminations françaises de sharka s’y produisent. En 2020, 32 000 arbres étaient contaminés dans le département. 62 ha ont été arrachés, soit 60 000 arbres : au-delà de 10 % de contamination, toute la parcelle est arrachée. Les premiers travaux de la chaire visent à étudier les corrélations entre l’apparition de la maladie et les pratiques culturales, grâce aux données collectées par la FDGDON 66 et à des entretiens réalisés auprès des producteurs du département.

Après plus de deux ans d’étude des données, il est très compliqué de mettre en évidence un lien entre le taux de sensibilité à la sharka, une pratique culturale ou même une variété. On n’observe pas de corrélation entre le taux d’arrachage et le taux de traitement contre le puceron, la taille de la parcelle, la densité, le mode de culture. On observe en revanche une présence plus importante de sharka dans les 50 m les plus proches des haies.

Plus de risque de sharka en cas de replantation après un arrachage

Mais attention, l’impact sur la production de la présence ou de l’arrachage des haies n’a pas été évalué dans nos études, notamment leur rôle de protection par rapport aux autres problématiques comme le vent, la sécheresse… Les Prunus sauvages à proximité des parcelles peuvent être des réservoirs de virus. Il semble aussi que si on replante des Prunus après l’arrachage d’une parcelle, on a plus de risques d’avoir de la sharka. Mais les métadonnées sont difficiles à analyser.

 

L’autre principal projet de la chaire de recherche est le développement d’un nouveau système de détection qui permettrait d’identifier la présence du virus de façon précoce, avant l’apparition des symptômes. Les méthodes reposant sur l’amplification génétique permettent de détecter le virus seulement dans les échantillons présentant des symptômes. Or, un arbre contaminé présente des parties symptomatiques et asymptomatiques. La méthode de détection précoce en cours de développement repose sur l’identification dans l’arbre de métabolites marqueurs de la sharka, qui sont présents même en l’absence de symptômes visuels. L’outil qui identifiera les marqueurs devra fonctionner sur de nombreuses variétés ainsi que sur les jeunes plants, et être accessible aux professionnels. »

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