Projet de loi de finances 2026 : indemnités vaches abattues, crédit d’impôt bio, biocarburants, quelles mesures concernent l’agriculture ?
Présenté le 14 octobre en Conseil des ministres le projet de loi de finances 2026 proroge des mesures fiscales pour les agriculteurs initiées en 2025, en crée d’autres et en revanche supprime des incitations aux biocarburants ou à la certification HVE.
Présenté le 14 octobre en Conseil des ministres le projet de loi de finances 2026 proroge des mesures fiscales pour les agriculteurs initiées en 2025, en crée d’autres et en revanche supprime des incitations aux biocarburants ou à la certification HVE.

Quelle évolution du budget du ministère de l’Agriculture ?
Présenté le 14 octobre en Conseil des ministres, le projet de loi de finances 2026 annonce un budget en baisse de 200 millions d’euros (M€) pour la mission agriculture, forêt, ruralité, le budget du ministère de l’Agriculture étant ramené à 3,8 milliards d’euros. Seuls les crédits liés à la Défense et à la Santé augmentent respectivement de 6,7 et 5 milliards d’euros. Pour le ministère de l'Agriculture, il s'agirait d'une seconde baisse consécutive. En autorisations d'engagements, la mission agriculture, forêt, ruralité était passée de 5,37 Md€ votés en LFI 2024 à 4,62 Md€ d'euros en 2025.
La baisse est essentiellement supportée par la ligne « compétitivité et durabilité de l'agriculture, de l'agroalimentaire et affaires rurales », vaste enveloppe qui inclut les soutiens publics, à l'exclusion du TO-DE.
A noter que le projet de loi de finances 2026 prévoit aussi la baisse des emplois au sein de de l’administration et des opérateurs de la mission agricole de 157 équivalents temps plein.
Quels dispositifs fiscaux du PLF 2025 prorogés pour les agriculteurs ?
Concernant les agriculteurs, le gouvernement Lecornu II prévoit dans son projet de loi de finances 2026 la prorogation :
- du dispositif de déduction pour épargne de précaution et sécurise le dispositif fiscal (jusqu’au 31 décembre 2028)
- des incitations fiscales favorisant les transmissions agricoles prévues dans le PLF 2025 (qui bénéficieront désormais également à toutes les transmissions intervenant à compter du 15 février 2025, y compris lorsque le bail a été signé avant le 1er janvier 2025)
- et l’incitation à l’accroissement du cheptel bovin via un avantage fiscal et social relatif aux stocks de vaches laitières et allaitantes (jusque fin 2027 et en régularisant les exploitations agricoles qui auraient anticipé les effets du dispositif dès les exercices clos ç compter du 1er janvier 2024)).
Lire aussi : Loi de finances 2025 : quelles mesures fiscales pour les agriculteurs ?
Quelle évolution de la fiscalité pour l’agriculture biologique ?
Le projet de loi de finances 2026 prévoit par ailleurs de proroger jusqu’en 2027 le crédit d’impôt en faveur de l’agriculture biologique (article 244 quater L du code général des impôts) fixé à 4500 euros pour les exploitations agricoles dont au moins 40% du chiffre d’affaires découle de l’activité réalisée en bio.
En revanche pour l’heure le texte du projet de loi de finances 2026 ne prévoit pas la reconduction du crédit d’impôt HVE.
Relire : Comment obtenir le crédit d’impôt bio en 2025 ?
Quelle nouveauté fiscale pour les éleveurs dans le PLF 2026 ?
Pour répondre aux demandes de plusieurs organisations syndicales et professionnelles agricoles, le projet de loi de finances 2026 instaure par ailleurs une exonération des indemnités d’abattage pour raisons sanitaires d’animaux affectés à la reproduction du cheptel qui pourra s’appliquer dès 2025 sur les indemnités perçus dans le cadre de la dermatose nodulaire contagieuse (DNC).
Concrètement, le texte prévoit que l’exploitant agricole qui subit un abattage pour raisons sanitaires d’animaux soit exonéré d’impôt sur les plus-values ou sur les profits sur stocks dégagés à cette occasion, sous condition du réemploi de l’indemnité perçue à la reconstitution de ce même cheptel. Cette mesure est prévue pour une durée de trois ans.
Lire aussi : Dermatose nodulaire contagieuse bovine (DNC) : après deux cas dans le Jura, un nouveau foyer confirmé dans l’Ain
Quelle nouveauté fiscale pour les agriculteurs ayant recours à l’irrigation ?
Pour les agriculteurs ayant recours à l’irrigation, le PLF 2026 prévoit un droit à un abattement d’assiette sur la redevance due aux agences de l’eau pour les exploitants agricoles qui irriguent avec de l’eau potable, faute d’alternative, jusqu’à 20 000 m3 par an.
Quelle suppression de niches fiscales touche la filière biocarburant ?
En vue de réaliser des économies, le projet de loi de finances 2026 prévoit de supprimer 23 niches fiscales « évaluées comme obsolètes ou inefficaces » parmi les 474 existantes. A noter parmi ces niches, la suppression du tarif particulier pour le carburant B100 (au bénéfice des tarifs réduits en faveur du secteur des transports routier ou ferroviaire) ou la réduction progressive de l’avantage fiscal (tarif particulier) pour le carburant E85.