Le génotypage, un nouvel outil pour gérer la diversité génétique des races caprines à petits effectifs
Le génotypage devient progressivement un levier pour préserver et valoriser la diversité génétique des races caprines locales. Exemple avec la race corse.
« Le génotypage a d’abord été développé pour les grandes races en sélection pour accélérer le progrès génétique, explique Coralie Danchin de l’Institut de l’élevage. Mais c’est aussi très intéressant pour les petites populations car il permet aussi de mesurer la diversité réellement héritée par chaque individu. Si deux frères ont la même génétique sur le papier, ils n’ont pas forcément les mêmes mutations dans la réalité. »
Pour les races à petits effectifs où le risque de consanguinité est souvent élevé, la connaissance du génome permet d’orienter une chèvre ou un bouc vers un congénère éloigné génétiquement. Le génotypage peut aussi aider à reconstituer des généalogies parfois manquantes. Les résultats aident ainsi à orienter les échanges de reproducteurs et à identifier les accouplements les plus pertinents pour limiter la consanguinité. Pour le moment, les indicateurs sont fournis par l’Institut de l’élevage aux associations d’éleveurs environ une fois par an.
700 chèvres et boucs corses génotypés
C’est la voie qu’a suivie la race corse avec le programme Génoty’Capra. Lancé l’an dernier, le projet financé par la collectivité corse vise à étudier à la fois la diversité génétique, les filiations, les gènes d’intérêt (fromageabilité, infertilité, résistance à la tremblante…), mais aussi certains caractères sanitaires et morphologiques. « Dans un premier temps, l’objectif est d’avoir des retours rapides pour les éleveurs sur la variabilité génétique, les filiations ou les conseils de croisement », précise Dolly-Laure Lanzalavi de l’Odarc. En plus, l’assemblage automatique des échantillons permet de connaître les filiations et les liens de parenté. Près de 700 chèvres et boucs ont été génotypés la première année et l’Odarc espère pouvoir génotyper 5 000 animaux sur les cinq ans du programme. Associées à de la collecte de données, ces analyses permettent d’envisager aussi la découverte de zones du génome associées à des caractères d’intérêt pour la race puis leur sélection.
Pour Léopold Denonfoux, animateur de la chèvre poitevine et du groupe des races locales pour le compte de Capgènes, l’enjeu est aussi de démocratiser l’outil. Le coût d’un génotypage se situe aujourd’hui autour de 35 euros par animal et pourrait encore diminuer avec l’augmentation du nombre d’analyses. L’an dernier, des aides du ministère de l’Agriculture ont permis d’analyser plus de 800 animaux toutes races confondues.
Vers un outil commun pour tenir les livres généalogiques à jour
Les associations de races caprines locales pourraient bientôt disposer d’un outil numérique commun pour simplifier la gestion de leurs inventaires et de leurs livres généalogiques. « L’objectif est de faciliter le maintien des inventaires pour que ce soit plus simple, plus efficace et plus rapide », explique Estelline Desandere, de l’Institut de l’élevage, en présentant le projet de plateforme en ligne sécurisée pour saisir directement les naissances, sorties et filiations de leurs animaux.
Aujourd’hui, la collecte et la vérification des données reposent largement sur les bénévoles, les animateurs de race et l’Institut de l’élevage, avec un important travail de saisie et de relance. D’ici un an, chaque éleveur pourrait mettre à jour son troupeau directement depuis un ordinateur ou un smartphone.
Au-delà du gain de temps, cet outil doit permettre de garantir la tenue des livres généalogiques, indispensable à la reconnaissance officielle des races et à l’accès à certains financements. Financé par Capgènes, les associations de race et l’Anicap, le système pourrait ensuite intégrer de nouveaux services, comme le calcul du coefficient d’appartenance à la race ou la mise en avant des animaux proposés à la vente.
