Evaluation génétique : le Single-Step arrive pour les races allaitantes

Une nouvelle évaluation voit le jour pour les races allaitantes avec l’arrivée du Single-Step. En plus des généalogies et des performances, cette méthode prend en compte en une seule étape – Single-Step en anglais – le génome de l’animal. Et ceci pour tous les animaux, de tout âge, qu’ils aient des performances enregistrées ou pas, qu’ils soient génotypés ou pas. Tous les animaux sont évalués en même temps et se voient attribuer un seul index par caractère en sortie. Les données qui servent à l’évaluation sont les mêmes qu’avant.

Le Single-Step est déployé depuis le printemps 2022 pour huit races laitières sur l’ensemble des caractères, et son lancement est annoncé à partir de l’hiver 2023-2024 pour toutes les races allaitantes. Ce sera très prochainement la méthode de référence internationale en génétique bovine.

Une meilleure interprétation des données

« Cette méthode permet une meilleure interprétation des données », a présenté Amandine Launay de l’Institut de l’élevage lors d’une conférence au Sommet de l’élevage. « L’un de ses principaux avantages est de réduire le 'biais de présélection génomique' ». En effet, quand on trie sur leurs index génomiques de très jeunes mâles, les moins bons sont écartés de la reproduction et n’ont donc pas de descendants. En conséquence, on a des performances de produits seulement pour les mâles qui étaient les mieux indexés en génomique. Et les performances de ces descendants sont supérieures en moyenne à l’évaluation qui en avait été faite avant le tri. En plus, cet écart entre évaluation et performances appelé « biais de présélection génomique » augmente avec le temps, de génération en génération.

L’effet était assez marqué pour les races laitières françaises, qui génotypent depuis 2008 un nombre conséquent de jeunes mâles candidats à la reproduction. Le passage au Single-Step permet de le corriger en faisant augmenter les index des jeunes taureaux, ce qui va dans le sens d’une meilleure cohérence entre les performances et les index. Le « biais de présélection génomique » pourra donc être résolu aussi avec le Single-Step pour les races allaitantes, même si celui-ci est moins sensible car elles génotypent moins de jeunes mâles candidats à la reproduction, et ceci depuis moins longtemps que les races laitières.

Un potentiel gain de précision

Le second bénéfice du Single-Step est un gain de précision pour l’ensemble des animaux évalués. Contrairement à la méthode actuelle, et ceci comme c’est le cas pour les performances, tous les animaux apparentés aux animaux génotypés bénéficieront de l’utilisation du supplément de connaissance apporté par la valorisation du génome. Pour maximiser ce gain de précision, il est nécessaire qu’un certain volume de génotypages soit réalisé. Heureusement, beaucoup d’animaux non génotypés en races allaitantes sont liés à des animaux typés au moins sur la voie mâle, et profitent de leur information génomique. Et le passage au Single-Step facilite l’intégration de nouveaux caractères, avec davantage de fiabilité.

Enfin, cette méthode donne accès pour toutes les races qui le souhaitent à la génomique. Il n’y a plus de notion de « seuil » pour pouvoir commencer une évaluation. L’influence de la génomique augmentant progressivement avec le nombre d’individus génotypés.

« La bascule vers le Single-Step se prépare avec les organismes et les entreprises de sélection sur une période de transition de six mois », explique Amandine Launay. Elle entraîne une augmentation de la variabilité : les valeurs sont un peu plus dispersées. Il y aura a priori des reclassements des animaux entre eux, mais les meilleurs animaux seront toujours les meilleurs, les moins bons restent les moins bons. L’impact du changement de méthode sera un peu plus important sur les caractères les plus sélectionnés et les plus anciens.

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