Deux innovations pour la détection et le traitement des maladies respiratoires des bovins

L’UMR Bioepar (Inrae-Oniris) a présenté au Space l’état d’avancement de deux outils mis au point dans le cadre de projets de recherche collaboratifs coordonnés par le Carnot France Futur Élevage. Objectif des deux projets : détecter précocement et mieux traiter les maladies respiratoires des jeunes bovins, problème numéro 1 des ateliers d’engraissement.

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Un premier outil, mis au point dans le cadre du programme de recherche AIDAV, est un système portable automatisé permettant la détection et l’identification de pathogènes dans l’air des bâtiments. « Actuellement, la détection des pathogènes infectant des animaux ne peut se faire que par des techniques invasives, comme des écouvillons nasaux, des aspirations dans la trachée..., avec 48 à 72 heures de délai pour l’obtention des résultats, ce qui constitue un frein à la détection, constate Sébastien Assié, d’Oniris. L’idée, avec AIDAV, était de mettre au point un outil permettant la collecte et l’identification des pathogènes de façon non invasive, en captant et analysant l’air expiré par les animaux. »

Douze pathogènes testés dans l'air en 20 min

Le dispositif repose sur un boîtier qui collecte l’air ambiant des bâtiments d’engraissement. Une fois l’appareil disposé à proximité des animaux, les aérosols de l’air sont capturés grâce à une collecte électrostatique. Virus et bactéries sont collectés sur une membrane dédiée en moins de 10 minutes. Les pathogènes sont identifiés par amplification isotherme (LAMP), l’ensemble des réactifs nécessaires à cette analyse étant embarqués dans le boîtier et ne nécessitant aucune manipulation par un opérateur.

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Les résultats sont donnés en 15-20 minutes, avec une quantification de la charge virale dans l’air. Le dispositif consiste en un boîtier sur batterie assez compact, posé sur un trépied et dans lequel on insère une carte de consommable. Deux cartes seront proposées dans un premier temps : une première permettant le diagnostic de 12 agents pathogènes (virus et bactéries), dont le Coronavirus bovin, et une deuxième spécifique aux différentes grippes.

Un OAD pour prédire un état clinique

La seconde innovation pour lutter contre les maladies respiratoires est un outil d'aide à la décision qui est actuellement en phase d’élaboration dans le cadre du projet SEPTIME. « L’idée est de s’appuyer sur des capteurs connectés et sur des modèles épidémiologiques » explique Sébastien Picault, d’Inrae. Des modèles prédictifs des maladies ont été élaborés à partir d’examens cliniques, de prélèvements sanguins, d’écouvillons nasaux, d’échographies pulmonaires, de PCR … et de données issues de capteurs, principalement des colliers d’activité et des caméras.

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« L'objectif est que le modèle prédise un état clinique, qu'il mette à jour ses projections selon les informations fournies en temps réel par les capteurs, et qu'il évalue différents scénarios d’interventions pour faire des recommandations à l’éleveur » précise Sébastien Picault. L’outil a été mis au point et testé sur 500 animaux chez dix engraisseurs spécialisés des groupements de producteurs Terrena et Bovinéo. L’étude est en cours de dépouillement. 

« Nous approchons d’une solution pratique, assure Thibaut Jozan, de MSD Santé Animale, partenaire du projet. Pour le vétértinaire, le but sera de créer des alertes santé pouvant améliorer le diagnostic et de faire des recommandations sur les interventions à réaliser. » Le cas de trois grandes familles de pathogènes ont déjà été modélisées.

Le boîtier issu du projet AIDAV pourrait aussi être utilisé et l'OAD devrait être proposé d’ici deux ans.

Une innovation de rupture 

Les travaux menés par l’UMR Bioepar et Inrae de Toulouse ont abouti à la mise au point d’un outil et à la création de la start-up Nawu Diagnostics, qui le commercialisera. Le dispositif est directement inspiré du système AirCheck, conçu au sein du CEA-Leti lors de la pandémie de Covid-19. Il a été testé sur cinquante élevages, et il est en cours de finalisation de son design pour en faciliter l’utilisation. Il devrait être commercialisé fin 2027 ou début 2028. 

« Cette technique permet une utilisation terrain aussi robuste qu’une PCR effectuée en laboratoire » assure Fanny Turlure, co-fondatrice de Nawu Diagnostics. Il va permettre de généraliser la détection des pathogènes présents sur l’élevage sans méthodes invasives et de limiter l’utilisation des antibiotiques. »