Limiter les flux croisés des exploitations multiespèces volailles et bovines
Le projet Bter vise à mieux comprendre la circulation de « Salmonella » et « Campylobacter » et à évaluer l’impact de changements sur les contaminations, à l’image de cette exploitation mixte ligérienne.
Le projet Bter vise à mieux comprendre la circulation de « Salmonella » et « Campylobacter » et à évaluer l’impact de changements sur les contaminations, à l’image de cette exploitation mixte ligérienne.
Dans de nombreuses exploitations françaises, la cohabitation d’espèces animales différentes – porcs, volailles, bovins, lapins – est monnaie courante. Si ces élevages dits « mixtes » permettent une certaine diversification économique, ils présentent aussi un défi de taille : le risque de contaminations croisées de pathogènes entre espèces.
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La configuration de ces fermes implique souvent une circulation fréquente de véhicules, de personnes ou d’animaux entre les bâtiments, des croisements entre flux propres (aliments, eau, animaux sains) et flux sales (effluents, cadavres, fumier), ainsi qu’un usage commun de matériel. Ces pratiques compliquent la mise en œuvre quotidienne des principes de biosécurité, en particulier lorsqu’il s’agit de gérer des pathogènes comme Salmonella ou Campylobacter.
Comprendre la circulation des pathogènes
Face à ces risques, l’Itavi, l’Anses, l’Ifip (Institut du porc) et l’Idele (Institut de l’élevage) ont lancé le projet Casdar Bter. Il vise à étudier la circulation de deux bactéries zoonotiques Salmonella et Campylobacter, dans des exploitations multiespèces.
Un suivi longitudinal est mis en place sur plusieurs fermes volontaires. À chaque visite (trois à quatre par an, sur différentes saisons), 120 à 150 échantillons sont prélevés : voie de circulation, abords des bâtiments, litière, matériel commun, mais aussi fécès de chaque espèce animale présente. L’objectif est de dresser une cartographie des contaminations environnementales sur les sites et de mieux comprendre leurs circulations via l’analyse de leur carte d’identité génétique.
Une première ferme à la loupe
La première exploitation incluse dans le projet en 2024 combine un élevage de lapins, de poulets et canards de chair, de bovins allaitants et 350 hectares de cultures. Dès novembre 2023, Salmonella Typhimurium a été détectée dans la lapinerie, provoquant des avortements au sein du troupeau. Quelques mois plus tard, Salmonella Arizonae était identifiée dans la fosse à fumier, suivie de Salmonella Veneziana dans une stabulation bovine, et à nouveau Salmonella Typhimurium sur du matériel partagé avec d’autres exploitants ou dans un pâturage voisin.
De son côté, Campylobacter s’est montré omniprésent : détecté sur la litière du poulailler, sur les caillebotis et le sas du bâtiment de canards, mais aussi sur les aires paillées ou les couloirs d’alimentation des bovins. Une preuve supplémentaire de la capacité de cette bactérie à se maintenir et à circuler dans l’environnement.
Des solutions construites avec les éleveurs
Au-delà du diagnostic, l’approche se veut participative. Éleveurs, vétérinaires et techniciens sont réunis pour cartographier les flux de circulation sur le site, identifier les zones critiques et proposer des modifications d’organisation concrètes. La discussion collective avec l’éleveur et le vétérinaire a permis d’imaginer des modifications d’organisation permettant de réduire les zones potentiellement à risques (voir ci-dessus).
Le suivi se poursuit pour évaluer l’effet de ces changements sur la contamination environnementale. Trois autres cas d’étude sont en cours, dans des élevages associant volailles et bovins laitiers ou volailles et porcs. Une démarche ambitieuse, qui pourrait inspirer à terme de nouvelles recommandations de biosécurité adaptées aux réalités du terrain.
Nathalie Rousset rousset@itavi.asso.fr
