Maraîchage : le champignon Colletotrichum coccodes s'attaque au système racinaire

Colletotrichum coccodes est présent dans de nombreux sols maraîchers dans lesquels les assolements font revenir trop souvent des cultures sensibles, comme le poivron, la pomme de terre et surtout la tomate. Ce champignon pathogène est très fréquent dans tous les types de culture, qu’elles soient de plein champ ou sous abris, en sol comme en hors-sol. Il s’attaque au système racinaire des plantes. Ce champignon est considéré par certains auteurs comme un envahisseur secondaire des vieilles racines plus ou moins décomposées fréquemment observé en complexe avec d’autres bioagresseurs : P.lycopersici, R.solani, Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici, Pythium spp., Meloidogyne spp. Des analyses réalisées par la Chambre d’agriculture des Bouches-du-Rhône révèlent sa présence croissante : 2 attaques en 2016, 10 en 2017, 19 en 2018. Ses dégâts les plus conséquents sur racines sont observés en particulier sous abris, aussi bien en sol qu’en culture hors-sol. La monoculture de plantes-hôtes ou de porte-greffes sensibles favorise le développement de la maladie. Ainsi, il est émergent sur les porte-greffes de type KNVF utilisés comme alternative au bromure de méthyle. Les systèmes racinaires sont plutôt ternes et disposent de peu de radicelles et de racines secondaires, celles-ci, atrophiées ou pourries, ont disparu. Ces symptômes sont identifiés sous le nom de « black dot ». Des lésions, grisâtres à brunâtres dans un premier temps, plus ou moins étendues sont aussi visibles sur le cortex des grosses racines. Celui-ci prend progressivement une coloration de plus en plus brune, se décompose et se couvre partiellement de microsclérotes noirs parfois hérissés de soies noires (visibles avec une loupe). A terme, le cortex, pourri et ponctué de sclérotes, se détache aisément du cylindre central ; ce dernier est colonisé en fin d’évolution de la maladie, prenant une teinte noirâtre et pouvant présenter de nombreux microsclérotes. Colletotrichum coccodes serait capable de provoquer des lésions circulaires brunes sur folioles, auréolées d’un halo jaune, et d’infecter les tiges.

Moyens de lutte

Prophylaxie

Les plants et les résidus de culture contaminés doivent être sortis de la parcelle et détruits. Il est également important d’introduire des cultures non-hôtes dans la rotation pour éviter la transmission et la multiplication du pathogène.

Désinfection

La désinfection du sol à la vapeur est en principe efficace mais, pour des raisons économiques, pas recommandable pour la tomate avec son système racinaire profond.

Conduite

Dans le cas d’une attaque de la pourriture racinaire, un buttage peut favoriser la formation de racines adventives, qui peuvent partiellement remplacer les racines déjà pourries.

Apports organiques

Stimuler la vie microbienne du sol en apportant des matières organiques est le meilleur moyen de lutte à long terme. Des apports consistants favoriseront des micro-organismes neutres et auxiliaires, au détriment des pathogènes.