Les chiens de protection sont des auxiliaires actifs de l'éleveur. Il existe plus d'une vingtaine de races de chien de protection comme le Berger d'Anatolie ou le Marenno Abruzzo, mais, en France, la race la plus fréquente est de loin le Montagne des Pyrénées, dit Patou. Il est utilisé depuis des millénaires dans les Pyrénées mais avec la désertification des montagnes et la disparition des grands prédateurs, sa population avait considérablement diminué, jusqu'à n'être plus présent que dans le Béarn. Avec le retour progressif de l'ours dans les Pyrénées, du loup ou encore du lynx dans les Alpes, les éleveurs, déjà impuissants face aux dégâts et pertes occasionnés par les chiens errants, recommencent à utiliser le Patou. Il a sa place dans tous les systèmes d'élevage, pastoraux ou en plaine, mais son introduction requiert la prise en compte de nombreux éléments tels que l'environnement de l'exploitation, le système et le mode de conduite, les autres chiens de la ferme...
Il ne suffit pas de placer un Montagne des Pyrénées dans le troupeau pour que l'éducation se fasse. Le comportement de protection de ces chiens n'est pas totalement inné. Eduquer un Patou est un investissement à long terme qui demande de la motivation et une formation de l'éleveur. Le chiot est placé à l'âge de six semaines, voire dès la naissance au sein du troupeau. Il doit s'intégrer totalement au troupeau pour en devenir membre à part entière. Il ne le quitte jamais, que ce soit en extérieur ou en intérieur. « Il faut éviter de trop caresser le chiot, c'est parfois difficile, surtout au début, quand il se fait un peu bousculer par les chèvres » se rap pellent Flore et Nicolas Rondi, éleveurs de chèvres en Ariège.Avoir un Patou nécessite un peu de présence. « On ne dresse pas un Patou, on l'éduque. Il doit savoir qui est son maître » expliquent Maurice Puységur et Christophe Leuenberger, techniciens à l'Association pour la cohabitation pastorale (ACP), une association créée en juin 2001 qui conseille les éleveurs et place des chiens de protection dans les Pyrénées. « Le chien doit trouver un équilibre entre fort attachement au troupeau et respect du maître », précisent-ils. Dans les zones à ours, les éleveurs bénéficient de subventions pour l'utilisation du Montagne des Pyrénées. Le chiot coûte un peu plus de 300 € et l'éleveur touche en deux fois 760 €, ainsi que 395 € par an pour l'estive. Le Patou ne sert pas seulement en zone à ours et à loups, où il permet de limiter l'accès au troupeau des grands prédateurs. Il se montre efficace contre les sangliers, ce qui évite par exemple les saillies des truies sur les exploitations porcines, les renards, qui, en présence du chien n'osent plus rentrer dans la bergerie, les chiens errants, responsables de beaucoup d'attaques, et bien sur les voleurs. Bien que plus fréquent en ovins, le Patou est utilisé avec les bovins, porcins et bien sur avec les caprins.
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Un bon chien de protection est un chien calme, sûr de lui et surtout bien sociabilisé au troupeau et obéissant à son maître. « L'éducation du chien par l'éleveur fait plus pour l'efficacité de la protection que la génétique » précisent les animateurs. De même, le respect du standard de la race n'a que peu d'importance pour la qualité de la protection. Mais posséder un ou plusieurs Patous, même bien éduqués ne suffit pas toujours. La présence de l'éleveur est un plus pour la protection du troupeau.Les chiens en autonomie totale peuvent fonctionner, mais les échecs sont plus nombreux.
Si certains éleveurs ne se sépareraient pas de leurs chiens, d'autres peuvent redouter certaines réactions avec le public. A l'image de Philippe Ciadous, éleveur de chèvres angoras et alpines sur une zone à ours en Pyrénées-Atlantiques qui craint que « le Patou effraie les visiteurs de ma ferme qui aiment se promener autour des chèvres ». « Les Patous ne sont pas plus dangereux que les autres races de chien » insiste Christophe Leuenberger. C'est pour cela que l'utilisation des Patous nécessite, en plus de la formation des éleveurs, une information aux touristes et randonneurs. « Le Patou n'attaque pas sans raison, à moins de sentir son troupeau en danger. Si tu te comportes comme il faut, tu ne risques rien » précise Christophe. Si certains sont familiers à l'homme, il n'en reste pas moins que tout individu, animal ou humain, peut être considéré comme potentiellement dangereux. La règle numéro un en présence d'un troupeau est de ne jamais le traverser un troupeau, qu'il y ait un chien ou non.