Effluents d’élevage Fumiers et lisiers : les précautions d’utilisation pour une prévention sanitaire adaptée

Le précédent article présentait un point rapide sur les risques sanitaires des fumiers et lisiers. Nous allons voir ici les précautions d'utilisation qui en découlent.

Variabilité des risques selon le type d'effluent d'élevage

Les deux facteurs principaux du niveau de risque de transmission de maladies à partir du stockage et de l'utilisation agronomique des effluents d'élevage, outre la pathogénécité propre des agents des contenus, sont leur concentration initiale dans l'effluent stocké puis épandu et leurs caractéristiques biochimiques spécifiques. Or, ces dernières s'expriment plus ou moins facilement selon la nature du substrat. Un effet thermique épurateur dans les fumiers Les fumiers contiennent une forte proportion de cellules générant des fermentations dont les processus thermiques très importants limitent considérablement la survie des agents infectieux et des parasites. La teneur en matières solides et la température élevée atteinte des fumiers expliquent leur effet épurateur en quelques semaines. Par rapport aux fumiers, dans les composts, les réactions biochimiques en milieu aérobie provoquent des élévations de températures plus rapides et plus intenses d'une dizaine de degrés environ. Toutefois, diverses parties de ces deux types d'effluents n'atteignent pas uniformément des températures élevées : les parties superficielles du fait d'échanges thermiques avec l'air ambiant et les parties profondes si la quantité de paille est insuffisante. Il faut environ 8 kg de paille par animal et par jour pour atteindre 60°C en fermentation anaérobie et 70°C en fermentation aérobie. Cette quantité de paille est rarement atteinte quel que soit le type de logement et, de ce fait, les températures qui en découlent non plus. Cependant, si la durée de stockage du fumier, sans nouvel apport quotidien, est de l'ordre d'un mois, on obtient en pratique un seuil de sécurité suffisant, la durée d'une température modérément élevée compensant l'effet d'une température très élevée, sauf pour les ookystes de protozoaires et les œufs d'ascaris.

Une persistance plus longue au sein des lisiers

Dans les lisiers de bovins, la température reste assez basse et assez constante (20 à 30°C). Ce phénomène est favorable à une survie des bactéries plus longue dans ce type d'effluent que dans les fumiers et dans les composts. Mais la compétition pour les substrats nutritifs avec les bactéries commensales, ces dernières étant beaucoup plus nombreuses, entraîne une disparition des bactéries pathogènes avec des durées de stockage de deux mois s'il n'y a pas de réensemencement quotidien par les fèces des animaux excréteurs. La seule difficulté du contrôle de la contamination des fosses reste la latence entre l'épandage et le remplissage total des fosses. La teneur en matière sèche des différents produits semble jouer sur l'homogénéité des concentrations de bactéries en différents points du stockage. La variation est faible pour les lisiers alors que dans les fumiers, l'écart entre échantillons du même tas peut atteindre ou dépasser un facteur 10.

Variabilité des risques selon le type d'agents pathogènes

Certains agents pathogènes s'avèrent plus résistants. La période d'un mois pour les fumiers ou deux mois pour le lisier se trouve insuffisante pour permettre un assainissement des effluents par rapport à ses entités. Des précautions supplémentaires doivent donc être mises en place pour une prévention efficace vis à vis de ces maladies. Cela concerne essentiellement les trois éléments ci-dessous.

Les diarrhées néonatales

En raison de la résistance des agents viraux et parasitaires responsables des gastro-entérites néonatales, cela implique qu'en cas de processus épidémique de diarrhée dans son élevage, le stockage des effluents d'élevage, en vue d'utilisation sur des prairies devra être allongé (5 mois). De plus, on évitera un épandage sur les prairies destinées à être pâturées par les jeunes ou les couples mère - veau.

Les affections à clostridies

La contamination des effluents d'élevage s'effectue essentiellement lors de persistance d'un cadavre en leur sein. Une attention toute particulière sera donc portée aux effluents d'élevage risquant de contenir des cadavres d'animaux. Cela s'avère être le cas pour les effluents d'élevage de volailles.

La paratuberculose

L'extrême résistance du germe de la paratuberculose implique que dans les élevages atteints, l'utilisation des fumiers sur les prairies, en particulier pâturées par les jeunes, est à proscrire ou ne peut être réalisée qu'après une mise en tas minimum de 6 mois.

Variabilité des risques en fonction de l'environnement géoclimatique et de l'utilisation des surfaces

Après l'épandage des effluents contenant divers contaminants, leur concentration résiduelle (suite au stockage) et leur état physiologique sont déterminants pour leur persistance durable dans le milieu, pouvant aboutir à la contamination humaine ou animale. Cependant, les risques dépendent aussi des conditions environnementales et des systèmes d'exploitation des parcelles sur lesquelles sont épandus, avec les déjections, les agents pathogènes. Au cours des quelques semaines de survie potentielle en surface, les bactéries sont entraînées en profondeur par les fortes pluies. Elles risquent alors de gagner les réseaux d'eau, soit par infiltration de la nappe phréatique, soit par ruissellement de surface. Des observations faites en Mayenne semblent montrer que 80 % des cas de salmonellose clinique résultent de ce type de contamination « directe ».

Conclusion

Les précautions sanitaires à prendre par rapport aux engrais de ferme se déroulent en trois étapes. Cela nécessite d'abord une connaissance du niveau de contamination des effluents utilisés. La concentration de microbes pathogènes découle des pathologies observées dans l'élevage. Une attention particulière sera portée sur les pathologies à germes résistants (diarrhées néonatales, pathologies à clostridies, paratuberculose). Une période de stockage (sans nouvel apport quotidien) d'un mois pour les fumiers ou composts (bonnes pratiques de réalisation nécessaires) ou de deux mois pour les lisiers permet d'obtenir un seuil de sécurité suffisant. En cas de présence de pathologie à germes résistants, l'action sera adaptée (non-utilisation sur prairies pâturées, durée de stockage augmentée). Les risques résiduels résultant de l'utilisation agronomique des effluents d'élevage sont surtout ceux de la contamination directe de l'eau des mares ou des cours d'eau. De plus, n'oublions pas dans nos éléments de prévention la désinfection des matériels de transport et de manipulation des différents effluents d'élevage, en particulier pour ceux utilisés collectivement. Enfin, là aussi, comme dans toute action sanitaire de prévention, l'action doit être individuelle mais aussi collective afin d'éviter les contaminations de voisinage (transmission par l'eau).