Aller au contenu principal

La génomique pour révéler un microbiote protecteur contre le mildiou de la vigne

Le mildiou de la vigne est l'un des deux pathogènes étudié dans le cadre du projet BCMicrobiome financé par le consortium public/privé Biocontrôle initié par l'Inra et réunissant une cinquantaine de partenaires. © Inra
Le mildiou de la vigne est l'un des deux pathogènes étudié dans le cadre du projet BCMicrobiome financé par le consortium public/privé Biocontrôle initié par l'Inra et réunissant une cinquantaine de partenaires.
© Inra

Et si le microbiote d’une plante cultivée avait un rôle protecteur vis-à-vis des maladies ? Cette question est au cœur du projet BCMicrobiome lancé en 2018. "Notre premier objectif, explique Corinne Vacher, directrice de recherche à l’Inra de Bordeaux et coordinatrice du projet, est de développer des méthodes génériques qui pourraient s’appliquer à toute sorte de maladies aériennes ou souterraines des plantes. Pour y arriver, nous devons établir la liste de tous les microorganismes présents sur une plante donnée et les quantifier. Le second défi est d’établir les liens positifs et négatifs entre ces différents microorganismes et une maladie." Le projet se concentre sur le mildiou de la vigne et la septoriose du blé.

L’originalité du projet est de faire appel à la génomique plutôt qu’aux analyses classiques de laboratoire d’isolement et de coculture des microorganismes. Il s’agit même précisément de métagénomique puisque l’on s’intéresse à tous les microorganismes présents dans les échantillons analysés. Une fois que les biologistes moléculaires et les bio-informaticiens ont inventorié les microorganismes, c’est au tour des statisticiens et des spécialistes de l’intelligence artificielle, aidés par les écologues, de mobiliser leurs connaissances pour reconstruire le réseau des différentes interactions entre microorganismes.

Actuellement, les fragments d’ADN de 540 disques de feuilles vigne (50 % sains et 50 % infestés de mildiou) sont analysés sur la plateforme de séquençage associée à l’Inra de Bordeaux. Les données générées permettront d’ajuster les protocoles pour assurer la fiabilité maximale de la future méthode générique. "Les perspectives d’application sont encore lointaines, précise François Delmotte, directeur de l’UMR Santé et agroécologie du vignoble à l’Inra de Bordeaux. Une des pistes est de chercher à favoriser les réseaux microbiens 'sains' et protecteurs de la vigne en développement de nouvelles solutions de biocontrôle. Ceci devra se faire en partenariat avec les entreprises qui innovent dans ce secteur. "

Sous-titre
Vous êtes abonné(e)
Titre
IDENTIFIEZ-VOUS
Body
Connectez-vous à votre compte pour profiter de votre abonnement
Sous-titre
Vous n'êtes pas abonné(e)
Titre
Créez un compte
Body
Choisissez votre formule et créez votre compte pour accéder à tout Réussir Vigne

Les plus lus

Florian Brusseau : « Cette solution combinant désherbages mécanique et chimique nous est apparue comme le meilleur compromis débit de chantier, efficacité et impact environnemental. »
« Je désherberai chimiquement juste autour des vignes avec mon porte-outils interceps »
Florian Brusseau compte utiliser son porte-outils comme support de désherbage chimique. Il n’appliquera ses herbicides qu’au…
John Deere renouvelles ses tracteurs vignerons et fruitiers.
John Deere - Les tracteurs spécialisés plus puissants et plus confortables
John Deere dévoile la nouvelle génération de tracteurs vignerons et fruitiers. 
Astuces viti-vinicoles : le top 10 de la rédaction
Une bêche roulante, une laveuse de caisses à vendange ou encore une station météo. Voici les dix bricolages viti-vinicoles qui…
L'oïdium se développe de façon sournoise sur les grappes. Une fois installé, il est difficile de s'en défaire, d'où l'importance de prendre en compte la lutte indépendamment de celle du mildiou.
Les bons conseils face à l’oïdium en viticulture
L’oïdium surprend toujours les viticulteurs, au Nord comme au Sud. Voici quelques retours d’expérience pour le gérer au mieux.
Prix des vignes 2021 : les 5 points essentiels
La Fédération nationale des Safer a publié son bilan annuel du prix des terres agricoles pour 2021. En nombre de transactions…
Les pyrèthres naturels dans le collimateur de l'Europe ?
La substance active que constituent les pyrèthres naturels est en plein processus de renouvellement d'autorisation au niveau…
Publicité
Titre
Je m'abonne
Body
A partir de 100€/an
Liste à puce
Accédez à tous les articles du site Vigne
Consultez les revues Réussir Vigne au format numérique sur tous les supports
Ne manquez aucune information grâce aux newsletters des filières viticole et vinicole