Et si le microbiote d’une plante cultivée avait un rôle protecteur vis-à-vis des maladies ? Cette question est au cœur du projet BCMicrobiome lancé en 2018. "Notre premier objectif, explique Corinne Vacher, directrice de recherche à l’Inra de Bordeaux et coordinatrice du projet, est de développer des méthodes génériques qui pourraient s’appliquer à toute sorte de maladies aériennes ou souterraines des plantes. Pour y arriver, nous devons établir la liste de tous les microorganismes présents sur une plante donnée et les quantifier. Le second défi est d’établir les liens positifs et négatifs entre ces différents microorganismes et une maladie." Le projet se concentre sur le mildiou de la vigne et la septoriose du blé.

L’originalité du projet est de faire appel à la génomique plutôt qu’aux analyses classiques de laboratoire d’isolement et de coculture des microorganismes. Il s’agit même précisément de métagénomique puisque l’on s’intéresse à tous les microorganismes présents dans les échantillons analysés. Une fois que les biologistes moléculaires et les bio-informaticiens ont inventorié les microorganismes, c’est au tour des statisticiens et des spécialistes de l’intelligence artificielle, aidés par les écologues, de mobiliser leurs connaissances pour reconstruire le réseau des différentes interactions entre microorganismes.

Actuellement, les fragments d’ADN de 540 disques de feuilles vigne (50 % sains et 50 % infestés de mildiou) sont analysés sur la plateforme de séquençage associée à l’Inra de Bordeaux. Les données générées permettront d’ajuster les protocoles pour assurer la fiabilité maximale de la future méthode générique. "Les perspectives d’application sont encore lointaines, précise François Delmotte, directeur de l’UMR Santé et agroécologie du vignoble à l’Inra de Bordeaux. Une des pistes est de chercher à favoriser les réseaux microbiens 'sains' et protecteurs de la vigne en développement de nouvelles solutions de biocontrôle. Ceci devra se faire en partenariat avec les entreprises qui innovent dans ce secteur. "