Aller au contenu principal

La génomique pour révéler un microbiote protecteur contre le mildiou de la vigne

Le mildiou de la vigne est l'un des deux pathogènes étudié dans le cadre du projet BCMicrobiome financé par le consortium public/privé Biocontrôle initié par l'Inra et réunissant une cinquantaine de partenaires. © Inra
Le mildiou de la vigne est l'un des deux pathogènes étudié dans le cadre du projet BCMicrobiome financé par le consortium public/privé Biocontrôle initié par l'Inra et réunissant une cinquantaine de partenaires.
© Inra

Et si le microbiote d’une plante cultivée avait un rôle protecteur vis-à-vis des maladies ? Cette question est au cœur du projet BCMicrobiome lancé en 2018. "Notre premier objectif, explique Corinne Vacher, directrice de recherche à l’Inra de Bordeaux et coordinatrice du projet, est de développer des méthodes génériques qui pourraient s’appliquer à toute sorte de maladies aériennes ou souterraines des plantes. Pour y arriver, nous devons établir la liste de tous les microorganismes présents sur une plante donnée et les quantifier. Le second défi est d’établir les liens positifs et négatifs entre ces différents microorganismes et une maladie." Le projet se concentre sur le mildiou de la vigne et la septoriose du blé.

L’originalité du projet est de faire appel à la génomique plutôt qu’aux analyses classiques de laboratoire d’isolement et de coculture des microorganismes. Il s’agit même précisément de métagénomique puisque l’on s’intéresse à tous les microorganismes présents dans les échantillons analysés. Une fois que les biologistes moléculaires et les bio-informaticiens ont inventorié les microorganismes, c’est au tour des statisticiens et des spécialistes de l’intelligence artificielle, aidés par les écologues, de mobiliser leurs connaissances pour reconstruire le réseau des différentes interactions entre microorganismes.

Actuellement, les fragments d’ADN de 540 disques de feuilles vigne (50 % sains et 50 % infestés de mildiou) sont analysés sur la plateforme de séquençage associée à l’Inra de Bordeaux. Les données générées permettront d’ajuster les protocoles pour assurer la fiabilité maximale de la future méthode générique. "Les perspectives d’application sont encore lointaines, précise François Delmotte, directeur de l’UMR Santé et agroécologie du vignoble à l’Inra de Bordeaux. Une des pistes est de chercher à favoriser les réseaux microbiens 'sains' et protecteurs de la vigne en développement de nouvelles solutions de biocontrôle. Ceci devra se faire en partenariat avec les entreprises qui innovent dans ce secteur. "

Sous-titre
Vous êtes abonné(e)
Titre
IDENTIFIEZ-VOUS
Body
Connectez-vous à votre compte pour profiter de votre abonnement
Sous-titre
Vous n'êtes pas abonné(e)
Titre
Créez un compte
Body
Choisissez votre formule et créez votre compte pour accéder à tout Réussir Vigne

Les plus lus

Fendt 211 V Vario - Un tracteur vigneron personnalisable à souhait
[ESSAI] - Fendt 211 V Vario - "Un tracteur vigneron personnalisable à souhait"
Vigneron à la Sauve en Gironde, Jérôme Zaros a pris en main la nouvelle génération de tracteurs vignerons Fendt 211 V Vario.…
Vendanges 2021, un volume plus faible qu'espéré
Si les estimations publiées par Agreste début août prévoyaient une vendange nationale autour de 36,7 millions d'hectolitres, sur…
Nicolas Moulin (à gauche) et Serge Marais (à droite) sont satisfaits de leur essai avec les biostimulants.
Un duo de biostimulants pour 40 % d’économie phyto
Depuis deux ans, un négoce agricole charentais teste sur vigne deux produits naturels homologués comme engrais. Ils ont permis…
[ VIDEO] Ceol, le robot viticole sur chenilles qui travaille dans les terrains en pente
La société AgreenCulture était présente au salon Vini Viti Vici le 6 juillet dernier dans le Tarn, pour présenter son prototype…
Le tri embarqué sera certainement utile pour ce millésime 2021, qui s'annonce d'ores et déjà délicat.
Anticiper des vendanges 2021 qui s'annoncent délicates
Que ce soit à cause du gel ou des conditions météo difficiles de la saison, le millésime 2021 ne s’annonce pas sous les meilleurs…
L'état de catastrophe naturelle sera decrété après les inondations dans le Gard
De violents orages accompagnés de 200 à 300 mm de pluie, et localement de grêle, se sont abattus mardi 14 septembre dans le Gard…
Publicité
Titre
Je m'abonne
Body
A partir de 100€/an
Liste à puce
Accédez à tous les articles du site Vigne
Consultez les revues Réussir Vigne au format numérique sur tous les supports
Ne manquez aucune information grâce aux newsletters des filières viticole et vinicole