Registre phytosanitaire : comment se préparer à l’obligation de registre phytosanitaire numérique en 2027 ?

Mis à jour le 10/10/2025

Fini les registres phytosanitaires papiers et les documents scannés ! Au 1er janvier 2027, l’enregistrement devra obligatoirement se faire par voie numérique. En clair, seuls les fichiers lisibles par des machines, c’est-à-dire exploitables informatiquement, seront considérés comme conformes, ce qui implique pour l’agriculteur de saisir ou de faire saisir sur Excel ou sur un logiciel de traçabilité ses interventions phytosanitaires. 

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Lise Gouaud-Lecoq, chargée de mission grandes cultures et développement de solutions numériques à la chambre d’agriculture de la Charente, identifie deux profils d’agriculteurs. « Il y a ceux qui appréhendent cette transition vers le numérique. Nous allons leur proposer soit de s’abonner à notre logiciel Mes parcelles, soit d’être accompagné par un conseiller qui va saisir leurs interventions sur Mes parcelles dans le cadre d’une prestation clé en main. Le second profil correspond à ceux qui sont déjà équipés d’un logiciel de traçabilité et qui voient cette adaptation comme une simple formalité et une simplification. »

Différentes solutions de traçabilité sont proposées

La coopérative de La Tricherie dans la Vienne, incite de son côté ses associés coopérateurs à faire l’acquisition du logiciel Géofolia (Isagri). La grande majorité d’entre eux saisissent désormais leurs pratiques sur informatique. « Pour les agriculteurs qui enregistrent encore sur papier (une trentaine sur nos 250 coopérateurs), nous faisons payer un forfait de ressaisie informatique pour les parcelles en contrat filière pour lesquelles nous avons besoin d’une traçabilité numérique. Nous ne proposons pas de prestation de saisie pour l’intégralité de l’exploitation », explique Marjolène Duval, responsable environnement de la coopérative. 

Elle ajoute que pour ceux qui sont encore sur papier, c’est le tarif des outils informatiques et leur manque d’aisance sur PC et portable qui leur pose problème. « L’informatique reste une énorme contrainte pour certains, qui nous posent des questions telles que : comment allons-nous faire ? Ma traçabilité est complète dans mon cahier, pourquoi nous demander toujours plus ? »

Anticiper va permettre de prendre le temps de choisir un logiciel adapté, de tester son fonctionnement, de se former si nécessaire, et de mettre en place une organisation efficace de saisie des données phytosanitaires. De nombreux outils sont aujourd’hui en mesure de produire des registres phytosanitaires au format requis et des exports compatibles avec les formats demandés. Si les chambres d’agriculture ont développé leur propre logiciel, beaucoup d’autres outils, payants ou gratuits, sont proposés par les entreprises privées qui les ont conçus ou par l’intermédiaire des coopératives.

Une saisie numérique au plus tard 30 jours après l’intervention

Cette nouvelle obligation découle de l'évolution de la réglementation européenne (directive UE 2019/1024, règlement UE 2023/564). « La forme électronique garantit une plus grande fiabilité des registres, facilite leur collecte et leur vérification par les autorités compétentes et, au bout du compte, permet aux États membres de mener des activités de suivi et de contrôle précises, efficientes et efficaces », peut-on lire dans les textes. L’objectif est de recueillir des données que des logiciels pourront lire, croiser et analyser. Les formats attendus sont donc des données Excel, des exports XML ou des PDF générés automatiquement par les applications numériques. 

À ce jour, ni la France ni la Commission européenne n’ont mis en place de plateforme centralisée pour « téléverser » les données des traitements phytosanitaires. D’où la nécessité pour les exploitants de passer par des outils présents sur le marché, interconnectés, qui génèrent des fichiers conformes aux attentes réglementaires.

Pour chaque intervention phytosanitaire, le règlement impose de saisir le nom du produit commercial et son autorisation de mise sur le marché (AMM), la date et l’heure d’application, la surface traitée, la localisation de la parcelle, la culture concernée et la quantité de produit appliquée. Ces données devront être saisies au plus tard trente jours après l’intervention. Ce délai pourra éventuellement être modulé par les autorités nationales, mais avec une limite fixée au 30 janvier de l’année suivante. 

Les registres devront être conservés pendant cinq ans et tenus à disposition de l’administration à tout moment. Les prestataires de services et les entreprises de travaux agricoles devront, eux aussi, fournir à leurs clients un accès ou une copie du registre les concernant, sans restriction ni délai.