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Malgré le Covid, Capgènes prépare la génétique caprine de demain

Malgré sa rapide adaptation au Covid et au confinement, le nombre d’insémination a baissé l’an dernier. Capgènes et Gènes avenir affinent leur offre de services.

Capgènes a doublé son assemblée générale par consultation écrite par un temps d’échange en visioconférence le 22 avril. L’occasion de revenir sur « une année 2020 compliqué mais où Capgenes a joué son rôle de coordonnateur », décrit François Perrin, le président de Capgènes en saluant la mobilisation de tous pour s’adapter aux situations exceptionnelles. Ainsi, « l’annonce du confinement généralisé est intervenue en début de campagne de reproduction », se souvient Pierre Martin, le directeur de Capgènes. Malgré les efforts pour maintenir le service d’insémination, le nombre d’IA a baissé de plus de 10 % par rapport à l’an dernier en passant de 73 700 à 65 500 doses mises en place. Entre mars et mai 2020 par exemple, l’activité de mise en place a chuté de 30 %. Pourtant, « la production de dose s’est maintenue malgré les absences ou les masques, explique Olivier Ponthoreau, responsable de la production. Avec 272 000 doses produites, on a tout ce qu’il faut en 2021 et plus… »

 

 

 

D’autant plus que la production s’améliore sans cesse. Le travail sur le comportement social du bouc et l’amélioration des pratiques d’élevages et d’entraînements développés dans le cadre de Maximâle ont permis d’augmenter encore la production de semences sur les jeunes boucs. Chaque mâle arrive maintenant à produire plus de 2 700 doses en moyenne. Des essais sont aussi en cours pour mettre les boucs dans en cases collectives. « Nous allons observer l’impact sur les conditions de travail et sur la production et cela pourra nous aider pour construire un nouveau bâtiment d’ici 4 à 5 ans ». La production de semence profite aussi des travaux d’Inrae Ferticap. La technique de lavage du sperme a été améliorée en remplaçant un mélange de produits chimiques par du lait. De même, il n’y a plus désormais qu’une seule étape de centrifugation de la semence au lieu de deux. « C’est un gain de temps et une petite augmentation de la production de semence, tout en maintenant la fertilité ».

Autre bouleversement imposé par le Covid et le confinement, les contrôles laitiers ont été très perturbés et de nombreuses pesées et analyses étaient trop espacées pour que les données puissent normalement servir à l’établissement des index génétique. « Nous nous sommes mobilisés pour proposer un protocole dérogatoire, compromis permettant de pallier l’arrêt des chantiers de contrôle laitier pendant plus d’un mois, tout en préservant la fiabilité de l’évaluation génétique » explique Jean-Yves Rousselot, éleveur des Deux-Sèvres et président de la commission collecte de phénotypes.

Pour la race Angora aussi, il a fallu aussi s’adapter. La tournée de pointage chez les 65 éleveurs a dû être scindée en deux, de mai à juillet et en début d’hiver. De même, pour les animaux laitiers, les pointeurs n’ont noté que 36 200 primipares, en baisse de 3 % par rapport à l’an dernier.

Pour continuer à garder le lien les éleveurs et les partenaires du programme Gènes avenir, Capgènes leur a envoyé des newsletters Covid pour rappeler les services maintenus pendant la période mouvementée du confinement. À défaut de pouvoir faire sa promotion en direct au salon Capr’Inov, l’organisme et entreprise de sélection a organisé un webinaire de présentation, notamment pour rappeler que les éleveurs « ne sont pas obligés de tout faire d’un coup », explique Audrey Poureau, chef de projet Gènes avenir. L’engagement peut être plus ou moins poussé avec, en retour, une palette de service plus ou moins complète.

Les 609 éleveurs « créateurs et engagés » bénéficient ainsi d’une visite spécifique rénovée, l’audit génétique stratégique. « Tous les trois ans, cette visite permet de faire un point approfondi avec l’éleveur. Nous avons formalisé le compte rendu pour qu’il soit facilement partagé entre le trinôme conseiller Capgènes, conseiller éleveur et inséminateur. Après avoir fait le bilan de l’évolution sur les cinq dernières années, le technicien Capgènes échange avec l’éleveur sur ces objectifs de sélection et cela nous amène à décrire un plan d’action dans les mêmes termes que le plan d’accouplement. »

2020 a été l’occasion de faire un premier bilan après trois ans de Gènes avenir. « Les partenaires du programme ont confirmé sa vocation d’apporter des services innovants et de proximité, explique Audrey Poureau. Mais ils demandent aussi un accompagnement spécifique dans les zones à faible densité caprine, notamment pour aider au bon enregistrement des filiations ». Dans le nouveau cadre stratégique Gènes Avenir pour 2021-2028, le pointage pourrait être simplifié et centré sur la qualité du lait. Des conseils pour la sélection des boucs et chevrettes pourraient aussi être proposés.

La R & D en forme malgré le Covid

La crise sanitaire n’a pas empêché Capgènes et ses nombreux partenaires d’avancer sur la recherche et le développement. Bien au contraire. Revue des projets en cours et à venir.

Le programme de recherche européen Smarter, coordonné par l’Inrae de Toulouse, a montré les bonnes connexions génétiques entre les troupeaux français, suisse, canadien et italien, ce qui donne de bonne piste pour tester une indexation européenne. Ce programme étudie aussi l’efficacité alimentaire et fourragère avec un suivi de 20 troupeaux équipés de DAC.

Si l’index de fertilité à l’insémination est déjà utilisé depuis deux ans dans les accouplements programmés, Capgènes veut, en 2021, l’intégrer dans l’objectif de sélection avec une pondération d’environ 10 %.

Le projet Malo qui débute devrait aussi les chercheurs à créer un nouvel index laitier qui intègre la longévité fonctionnelle des chèvres. « Jusqu’à maintenant, il fallait attendre que les filles aient terminé leur carrière pour connaître les capacités des pères à transmettre la capacité à produire du lait pendant de longues années, explique Thierry Gabriel, éleveur en Isère et président de la commission R D. Maintenant, nous avons vu qu’il y a une corrélation entre la longévité fonctionnelle et la lactation en troisième année. Or, nous sélectionnons auparavant surtout sur la lactation en première année. Nous allons rectifier le tir ».

Capgènes a aussi intégré la nouvelle puce caprine Illumina, disponible depuis mars 2020, dans sa routine d’analyse génomique.

Les outils de mise en place des paillettes sont également en cours d’amélioration avec l’intégration d’une petite caméra. Autre outil en développement, Caprimam 3D cherche à concevoir un scanner 3D transportable pour apprécier volume de la mamelle.

Un important programme-cadre, financé par la CNE et l’Anicap, est en cours pour rechercher des alternatives aux hormones mais « nous ne sommes pas encore au stade de développement », avertit Pierre Martin, le directeur de Capgènes.

Observatoire des anomalies génétiques

Ces travaux de recherche vont se poursuivre en 2021, notamment avec le programme Tepacap sur une sélection génétique pour accroître la résistance au parasitisme. « Toutes les chèvres ne répondent pas de la même façon à une infestation de strongles, explique Pierre Martin. Donc, s’il y a de la variabilité, il y a potentiellement de la sélection ».

Avec la création d’un observatoire des anomalies génétiques en petits ruminants (Présage), Capgènes espère pouvoir faire le rapprochement entre les anomalies constatées en élevage et le génotypage des animaux.

Pas encore de sexage opérationnel

La filière caprine aimerait bien pouvoir trier les semences pour avoir davantage de femelles à la naissance et moins de mâles, comme cela se pratique en bovin. « Nous l’avons testé en caprin et cela peut fonctionner car nous avons obtenu 99 % de femelles, explique Pierre Martin. Par contre, cela reste coûteux et il y a une forte baisse de la fertilité, de l’ordre de 15 à 30 %. Si cela reste faisable sur le papier, il reste à voir les modalités organisationnelles et techniques. C’est une piste ; on continue de surveiller la technique mais je ne garantis pas qu’on y arrive demain ».

Le saviez-vous ?

Trophée Gènes Avenir

Le trophée Gènes Avenir récompense les éleveurs les plus impliqués dans le schéma de sélection caprin. En 2021, les gagnants sont le Gaec Cabri Spicéen en Vendée (Saanen) et l’EARL Gallard en Deux-Sèvres (Alpine).

 

Génomiques et vidéos et en races locales

Capgènes étant l’organisme de sélection de toutes les races caprines reconnues en France, il a présenté les programmes génétiques des races locales et à faible effectif. 1 100 éleveurs et 50 000 femelles sont impliqués dans ces programmes de sélection ou conservation dans 15 races françaises, dont la Chèvre des Savoie, dernière race à avoir été reconnue officiellement. Capgènes a réalisé sept vidéos (à visionner sur YouTube) avec des éleveuses et éleveurs installés en races locales. Les travaux vont se poursuivre en 2021 avec notamment l’idée d’établir des références autour des coûts production pour faciliter l’installation. La recherche portera aussi sur l’utilisation de la génomique dans la gestion de la diversité génétique des races locales.

Chiffres clés

Capgènes en 2020

 
324 500 chèvres contrôlées pour la quantité et la qualité du lait
173 500 chèvres inscrites dans le programme de sélection (+ 3 %)
609 éleveurs « créateurs et engagés » (-1 %)
65 500 inséminations réalisées
16 500 doses exportées
272 000 doses produites

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