Facturation électronique des exploitations agricoles : à n-1 comment bien se préparer ?
Retardée mais bien maintenue, la réforme fiscale de la facturation électronique s’anticipe dès aujourd’hui. Quatre conseils pour les exploitants agricoles.
Retardée mais bien maintenue, la réforme fiscale de la facturation électronique s’anticipe dès aujourd’hui. Quatre conseils pour les exploitants agricoles.

« Afin d’éviter les décisions prises dans la précipitation, à l’échéance du 1er septembre 2026, mieux vaut s’en préoccuper dès à présent », prévient Frédéric Samain, directeur délégué d’AS entreprises.
Jean Aubadie-Ladrix, directeur d’AGC Ader, parle, lui de « révolution administrative, pour ceux qui n’ont pas encore pris en main un logiciel de comptabilité ».
En parler à son comptable et participer à des formations
L’entreprise à laquelle vous avez confié votre comptabilité connaît cette obligation, ses modalités, son calendrier, les pièges des démarcheurs. Expert-comptable ou centre de gestion, il va vous orienter, vous conseiller, organiser des webinaires, des formations en agence… « Plus tôt vous en parlez, plus tôt, votre comptable aura le temps de vous expliquer », avertit Frédéric Samain. Quoi qu’il en soit, il faudra y consacrer du temps pour se familiariser aux outils et changer d’habitude.
Choisir sa plateforme de dématérialisation partenaire, dite aussi "plateforme agréée"
111 plateformes de dématérialisation partenaires (PDP) ont déjà été agréées, par l’administration fiscale.
Avant le 1er septembre 2026, il faut en choisir une qui assurera la réception des factures fournisseurs. Vérifiez que celle que vous choisirez, soit bien agréée et synchronisable avec votre logiciel comptable et/ou celui de votre comptable. Certains centres de gestion ont choisi pour leurs adhérents : FNAS et AGC Ader utiliseront la plateforme intégrée au logiciel Agiris, AS entreprises jefacture.com, Cerfrance a créé sa propre plateforme, etc. « Toutefois, nous nous adapterons si notre client en privilégie une autre », se veut rassurant Alain Dupraz, expert-comptable à Cerfrance
Jérémy Boisseau, expert-comptable associé chez Altoneo Conseil du groupe AgirAgri, a déjà été mandaté par plusieurs clients pour les inscrire sur l’Annuaire de la facturation électronique et souscrire à une plateforme agréée. « Le cabinet Altoneo Conseil a pour stratégie de préserver son indépendance et celle de ses clients, c’est pourquoi il a sélectionné une liste de plateformes fiables ayant la capacité de se synchroniser avec son système comptable Inqom (Visma), mais laisse chacun de ses clients choisir », explique-t-il.
En effet, il est indispensable que la plateforme agréée et votre logiciel comptable soient interconnectés afin de permettre une circulation fluide entre l’entreprise et le comptable ainsi qu’une automatisation des opérations comptables de charges et de produits.

Prévoir un budget, difficile à estimer pour l’instant
Les plateformes de dématérialisation partenaires seront payantes, mais il est très difficile à ce jour d’estimer le coût. Les tarifs annoncés vont de 0,04 €/ facture à 1,30 €/ facture, selon les services associés. Des centres de gestion envisagent d’inclure ces frais à leur forfait. Ce sera l’occasion pour eux de revoir toute leur gamme de services comptables, fiscaux et de gestion. À noter cependant qu’Agiris annonce rendre gratuite sa plateforme de dématérialisation, eFacture, pour ses clients. « Normalement pour ceux déjà équipés de solutions de gestion déjà conformes Facture X, le surcoût devrait être limité », pronostique Alain Dupraz.
De façon générale, la digitalisation administrative exige, d’une part, une bonne connexion internet et, d’autre part, du matériel performant.
Adapter son système de facturation et de caisse
Les factures papier, les fichiers Excel, Word ne pourront pas être déposés sur la plateforme. Quel que soit votre actuel outil de gestion de facturation, il disparaîtra ou devra s’adapter, avant le 1er septembre 2027. Par conséquent, avant de renouveler un abonnement pour un logiciel de facturation ou de caisse, vérifiez bien sa conformité aux nouvelles obligations.
Calendrier
1er septembre 2026 : obligation pour toutes les entreprises de recevoir des factures électroniques.
Et obligation d’émettre des factures électroniques pour les grandes entreprises et les entreprises de taille intermédiaire (ETI).
1er septembre 2027 : obligation d’émettre des factures électroniques pour les PME : moins de 250 salariés, chiffre d’affaires inférieur à 50 millions d’euros ou total de bilan inférieur à 43 millions d’euros.
Sébastien Rabineau, directeur du projet facturation électronique au sein de la Direction Générales des Finances Publiques (DGFiP), l’a répété au Sommet de l’élevage : "Le calendrier reste inchangé".
Qui est concerné ?
Toutes les entreprises assujetties à la TVA en France sont concernées, qu’elles soient assujetties au remboursement forfaitaire agricole ou au réel TVA. Qu’elles soient sous forme individuelles ou sociétaires ou associatives, même les groupements fonciers agricoles, les groupements pastoraux quand ils ont opté pour la TVA…