À Dijon, la plateforme de phénotypage la plus importante au monde
L’Inra de Dijon dispose de la plateforme de phénotypage à haut débit, depuis 2013, la plus grande jamais construite au monde. "Nous disposons d’un ensemble de dix serres fixes et modulables dont quatre sont automatisées, de chambres climatisées géantes, de quatre cabines de phénotypage (et une cinquième prévue à terme). Une serre peut recevoir jusqu’à 600 plantes et les mesures ont été mises au point pour dix espèces de plantes dont des grandes cultures comme le pois, le blé, le colza", présente Christophe Salon, directeur scientifique de la plateforme de phénotypage haut débit à l’Inra de Dijon.
La plante passe dans chaque cabine, comme au Photomaton
Dans les serres, les plantes sont disposées en pot, chacun comportant une puce RFID pour le suivi plante par plante tout au long de leur vie. Ces plantes sont amenées de manière automatisée via des convoyeurs (tapis roulants) pour ((simplement)) leurs alimentation et traitements contrôlés, leurs pesées régulières… et pour les mesures dans les cabines de phénotypage.
La plante arrive et, dans chaque cabine, elle est prise en photo sous plusieurs angles dans le spectre visible de lumière (mesures de hauteur, d’architecture, de surface foliaire, de biomasse…), du proche infrarouge (mesure de teneur en eau) et de fluorescence (pour suivre l’expression d’un gène auquel a été 'greffé' un gène de fluorescence GFP). La quatrième cabine est réservée au système racinaire des plantes.
La plateforme de Dijon revêt un dispositif original de plus avec le phénotypage racinaire. Explications : les plantes sont disposées dans des pots où l’on peut visualiser le système racinaire, des rhizotrons. Il y en a 1200 de prévus.
Visualiser les racines jusqu'à cinq microns de section
Dans la cabine dévolue à ces rhizotrons, le haut débit, mais aussi la haute précision, sont de rigueur, avec des mesures sur des racines jusqu’à cinq microns de section. Le pois est l’une des plantes sur lesquelles portent des études actuellement. " Dans le cadre du projet de recherches Abstress, des pois sont soumis à quatre types de conditions de cultures : optimales, infestation par fusarioses, stress hydrique, et les deux à la fois. Les quatre situations sont comparées avec mesures de morphométrie aérienne et racinaire et mise en relation avec les gènes responsables d’adaptation aux stress après analyse transcriptomique ", explique Christophe Salon.Avec près de 200 plantes passant par jour dans les cabines de phénotypage, les robots ne chôment pas.
