Un test de sol s’appuyant sur la biologie moléculaire est désormais au point pour mesurer le potentiel infectieux des parcelles vis-à-vis de la fusariose du haricot. Précis et rapide, il permet d’éviter la mise en culture des parcelles les plus contaminées et de mieux gérer ce risque de maladie racinaire.
Pour prévenir les dégâts de fusariose, il n’existe toujours pas de méthode de lutte. Seules la prophylaxie et la réalisation d’un test de sol spécifique avant culture permettent de gérer le risque. Un nouvel outil moléculaire a été mis au point par l’Unilet dans le cadre du projet Rapifusol financé par le Casdar. Il s’agit d’un test quantitatif par analyse qPCR. Cette technique permet d’identifier et de quantifier des micro-organismes dans les plantes ou dans le sol, à partir du séquençage de leur génome. Cette analyse remplace le test de sol datant des années 1980. Il a plusieurs avantages : il est plus rapide (deux semaines contre huit), permettant ainsi de réaliser un test moins d’un mois avant la mise en culture, il nécessite une moindre quantité de sol à prélever (2 à 3 kg contre 8 à 10 pour l’ancien test) et il permet une meilleure évaluation du risque. En revanche, son coût de l’ordre de 100 € HT est plus élevé que celui du test de sol classique.
Test de la tolérance de 25 variétés
Ce nouvel outil facilite également l’évaluation de solutions agronomiques. L’analyse qPCR permet de mesurer les niveaux d’inoculum, aussi dans les plantes. Ainsi, 25 variétés ont été comparées en serre en 2019 et 2020 en contamination artificielle, et au champ en 2020. Le bon comportement de Deezer a été confirmé. Ce mangetout fin de Vilmorin est bien tolérant à Fusarium solani comme annoncé. Par contre, cette variété s’est révélée très sensible à Thielaviopsis basicola en 2020, année où la contamination par ce champignon a inhabituellement dominé au champ. A l’inverse, la variété extra-fine Blavet de Storm Seeds, très sensible à F. solani, s’est montrée plus tolérante à T. basicola. Aucune variété ne s’est révélée tolérante aux deux champignons. Ces résultats soulignent l’importance d’évaluer la résistance variétale sur chacun de ces champignons pour garantir le choix variétal.
Six spécialités à base de micro-organismes
Six spécialités de traitements de sol à base de micro-organismes ont été testées. Il s’agit de produits contenant Trichoderma harzianium, T. atroviride, T. asperellum, Bacillus amyloliquefaciens, B. subtilis et Gliocladium catenulatum. Ceux-ci ont été testés dans cinq essais en serre, certains combinant traitement de sol et traitement des semences avec des fongicides de synthèse. Des essais de plein champ en contamination naturelle ont également été mis en place en complément. Les résultats obtenus sous serre montrent la prépondérance des traitements de semences pour réduire les attaques de F. solani, ces derniers ne sont pas actifs sur T. basicola.
A lire aussi :Légumes industrie : des alternatives pour le désherbage
Sur les produits de traitements de sol, les résultats sont variables. Certains présentent une efficacité partielle sur F. solani, qui n’est cependant pas confirmée vis-à-vis de T. basicola. En serre, les traitements de sol à base de Bacillus amyloliquefaciens et Bacillus subtilis semblent les plus intéressants vis-à-vis de F. solani, mais leur comportement n’a pu être confirmé en contamination naturelle du fait de forts niveaux de présence de T. basicola. Le travail reste donc à faire pour T. basicola. L’incidence de ce champignon dans les essais de 2020, alors qu’il n’était quasiment pas détecté les deux années précédentes, pose aussi de nouvelles questions. Il était jusqu’alors considéré comme un parasite opportuniste et secondaire. Des leviers agronomiques comme la fertilisation ou le travail du sol constituent d’autres pistes à expérimenter.
Laurent Nivet, Unilet
Une maladie encore mal connue
La fusariose du collet affecte principalement les cultures de haricots et flageolets du nord de la Loire. Les champignons responsables, Fusarium solani forme spéciale phaseoli et Thielaviopsis basicola, sont régulièrement présents dans les parcelles mais ils n’entraînent pas systématiquement de dégâts. Par contre, un potentiel infectieux élevé et des conditions humides et fraîches au semis se traduisent par une perte importante de rendement. Le risque potentiel de fusariose concerne au moins une parcelle sur dix, compte tenu de l’ancienneté des productions légumières sur de nombreuses exploitations.
La fréquence des légumineuses dans la rotation constitue en effet un facteur très favorable au développement de cette maladie. De plus, le champignon Fusarium solani persiste de longues années dans les sols infestés et le niveau d’inoculum baisse lentement, ce qui rend nécessaire une veille sanitaire sur les parcelles où des symptômes sont détectés en cours de culture. Ce projet a été l’occasion de mieux appréhender la répartition de la fusariose dans les parcelles et sa capacité à se développer dans le temps. La présence de la maladie sous forme de foyers a ainsi été vérifiée dans deux parcelles très contaminées dans les Hauts-de-France. Par ailleurs, les analyses réalisées sur les plantes montrent une véritable explosion de l’inoculum en fin de cycle, avec un facteur multiplicatif de 10 pour F. solani entre les stades floraison et récolte.
Restez au courant en temps réel !
Suivez des thématiques, des projets législatifs, des entreprises et des personnalités pour être notifié dès que nous publions un article.
Suivi
Suivre
Suivi
Suivre
Symptômes douteux ? Rotation à risque ? Testez votre parcelle !
A partir d’un échantillon de sol, le test qPCR fournit un niveau de risque :
- risque faible : la parcelle est cultivable sans restriction.
- risque moyen : la culture de haricot reste envisageable mais des dégâts de fusariose sont possibles en conditions humides et il convient d’espacer les légumineuses dans la rotation.
- risque fort : la culture de haricot est totalement déconseillée.
Contact : station Unilet de Dury – Tel : 03 22 45 41 09 – mail : [email protected]
Echantillon : à réaliser à partir de 20 prises de terre par parcelle de 4-5 ha. Prises de terre de 200 grammes environ sur un horizon de 0-30 cm.
Des envois groupés d’échantillons de sol sont réalisés chaque année. Renseignez-vous auprès de votre Organisation de producteurs.
Ce test a été mis au point en partenariat avec la société AlyCIA Microbiologie, qui assure sa commercialisation.
