Facturation électronique des exploitations agricoles : à n-1 comment bien se préparer ?

À compter du 1^er septembre 2026, la facturation électronique devient obligatoire pour les entreprises assujetties à la TVA, soit la quasi totalité des exploitations agricoles. « Afin d’éviter les décisions prises dans la précipitation, mieux vaut s’en préoccuper dès à présent », prévient Frédéric Samain, directeur délégué d’AS entreprises. Jean Aubadie-Ladrix, directeur d’AGC Ader, parle, lui de « révolution administrative, pour ceux qui n’ont pas encore pris en main un logiciel de comptabilité ». Après cette date, les entreprises ne pourront plus s’envoyer de factures entre elles, mais devront obligatoirement passer par des plateformes : soit par le portail public de facturation (PPF) soit par une plateforme de dématérialisation partenaire (PDP). 

L’entreprise à laquelle vous avez confié votre comptabilité connaît cette obligation de facturation électronique, ses modalités, son calendrier, les pièges des démarcheurs. Elle va vous orienter, vous conseiller, organiser des webinaires, des formations en agence… « Plus tôt vous en parlez, plus tôt votre comptable aura le temps de vous expliquer », avertit Frédéric Samain. Quoi qu’il en soit, il faudra y consacrer du temps pour se familiariser avec les outils et changer d’habitudes.

A ce jour, 111 plateformes de dématérialisation partenaires (PDP) ont déjà été agréées, par l’administration fiscale.

Avant le 1^er septembre 2026, il faut en choisir une qui assurera la réception des factures fournisseurs. Vérifiez que celle que vous choisirez soit agréée et synchronisable avec votre logiciel comptable et/ou celui de votre comptable. Certains centres de gestion ont choisi pour leurs adhérents : FNAS et AGC Ader utiliseront la plateforme intégrée au logiciel Agiris, AS entreprises jefacture.com, Cerfrance a créé sa propre plateforme, etc. « Toutefois, nous nous adapterons si notre client en privilégie une autre », rassure Alain Dupraz, expert-comptable à Cerfrance.

La plateforme agréée et le logiciel comptable doivent être interconnectés pour que la facturation électronique devienne un outil d'optimisation. 

Jérémy Boisseau, expert-comptable associé chez Altoneo Conseil du groupe AgirAgri, a déjà été mandaté par plusieurs clients pour les inscrire sur l’Annuaire de la facturation électronique et souscrire à une plateforme agréée. « Le cabinet Altoneo Conseil a pour stratégie de préserver son indépendance et celle de ses clients, c’est pourquoi il a sélectionné une liste de plateformes fiables ayant la capacité de se synchroniser avec son système comptable Inqom (Visma), mais laisse chacun de ses clients choisir », explique-t-il.

En effet, il est indispensable que la plateforme agréée et votre logiciel comptable soient interconnectés afin de permettre une circulation fluide entre l’entreprise et le comptable ainsi qu’une automatisation des opérations comptables de charges et de produits.

Les plateformes de dématérialisation partenaires seront payantes, mais il est très difficile à ce jour d’estimer le coût. Les tarifs annoncés vont de 0,04 € par facture à 1,30 € par facture, selon les services associés. Des centres de gestion envisagent d’inclure ces frais à leur forfait. Ce sera l’occasion pour eux de revoir toute leur gamme de services comptables, fiscaux et de gestion. À noter cependant qu’Agiris annonce rendre gratuite sa plateforme de dématérialisation, eFacture, pour ses clients. « Normalement, pour ceux déjà équipés de solutions de gestion déjà conformes Facture X, le surcoût devrait être limité », pronostique Alain Dupraz.

De façon générale, la digitalisation administrative exige, d’une part, une bonne connexion internet et, d’autre part, du matériel performant.

Les factures papier, les fichiers Excel, Word ne pourront pas être déposés sur la plateforme. Quel que soit votre actuel outil de gestion de facturation, il disparaîtra ou devra s’adapter, avant le 1^er septembre 2027. Par conséquent, avant de renouveler un abonnement pour un logiciel de facturation ou de caisse, vérifiez bien sa conformité aux nouvelles obligations.

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