Élevage bovin : et si on apprivoisait les microbes ?
Les microorganismes sont présents partout dans les élevages bovins : dans les rumens, les sols, les bouses, les ensilages, les litières, les abreuvoirs… Dans la formation « Tous éleveurs de microbes », Pauline Woehrlé invite les éleveurs à porter un nouveau regard sur ce monde méconnu.
Les microorganismes sont présents partout dans les élevages bovins : dans les rumens, les sols, les bouses, les ensilages, les litières, les abreuvoirs… Dans la formation « Tous éleveurs de microbes », Pauline Woehrlé invite les éleveurs à porter un nouveau regard sur ce monde méconnu.
« Ce sont davantage les microbes qui nous contrôlent que l’inverse. » Dans la formation intitulée « Tous éleveurs de microbes », qu’elle dispense depuis 2022 à des groupes d’éleveurs, Pauline Woehrlé, ingénieure-conseil en élevage, fait dégringoler Homo sapiens de l’arbre du vivant dont il s’imaginait occuper le sommet. Lui-même étant, comme la plupart des espèces, un holobionte, c’est-à-dire un ensemble composé d’un hôte et de ses microorganismes(1).
« Quand on est éleveur, on est avant tout éleveur de microbes », ose-t-elle expliquant qu’ils sont partout : dans les sols, dans les plantes, dans les ensilages, dans le rumen, dans les litières… et bien sûr, parfois, à l’origine de désagréments, initiateurs ou amplificateurs de pathologies.
Lire les analyses d'eau, de litière ou de sol
« Je trouve qu’en agriculture, le discours est trop axé sur les pathologies, alors que les microbes ont aussi des rôles bénéfiques, dans la fermentation entérique, la fertilité des sols, la prévention des maladies… Ils sont même des solutions d’avenir à des problématiques comme les émissions de carbone, le stockage de l’eau, la pérennité des prairies, la résistance des pathogènes aux antibiotiques et aux antiparasitaires… »
« L’idée de la formation n’est pas de donner un cours de microbiologie, mais plutôt de donner aux éleveurs quelques clés pour mieux comprendre le monde microbien, éveiller leur curiosité, et éviter la vision 'du bien et du mal' ».
Sur la forme aussi, Pauline Woehrlé s’éloigne du cours formel de microbiologie ; elle propose du concret : « On va faire coaguler du lait, renifler un sol pour déterminer s’il est plutôt bactérien ou plutôt fongique, sentir des ensilages pour détecter les dérives fermentaires, observer au microscope des nodosités de trèfles, examiner comment se forme un biofilm à la surface des abreuvoirs… ».
Pour continuer sur les aspects pratiques, Pauline Woehrlé propose aux éleveurs de venir avec des analyses d’eau, de litière ou de sol pour « apprendre ensemble à les lire », mais aussi avec des étiquettes de produits contenant des microorganismes. Elle invite les agriculteurs à poser un regard critique sur ces derniers.
« Il y a sur le marché de plus en plus de solutions techniques avec des microorganismes. Il y a des normes et des nomenclatures pour ces produits. L’étiquette doit mentionner le nom précis de la souche, gage de sérieux, pas uniquement l’espèce, et les quantités de microorganismes présentes. »
De plus en plus de solutions techniques avec microorganismes
Et même si plusieurs de ces produits sont efficaces pour stimuler le compostage des litières, aider à la conservation de l’ensilage, voire prévenir les omphalites chez les nouveau-nés, il ne faut pas en attendre des miracles : « Ce serait comme mettre un pansement sur une jambe de bois ». Inutile de réaliser des apports de microorganismes potentiellement bénéfiques à des animaux logés dans de mauvaises conditions, carencés en oligoéléments, ou à un sol qui aurait des déficits en minéraux, à une litière trop humide…
La formation « Tous éleveurs de microbes » invite aussi à comprendre le continuum qui existe entre les microorganismes des sols, des végétaux, des animaux et des humains, rejoignant le concept « One health »(2) très en vogue actuellement. « Certaines espèces sont identiques dans ces différents milieux, mais ce qu’il faut retenir, ce sont les similitudes de fonctionnement des communautés de microorganismes. Plus une communauté est diverse, plus elle est résiliente. »
Plutôt que de parler de bons et de mauvais microorganismes, Pauline Woehrlé préfère parler d’équilibre : « Du sol à l’assiette, le rôle des bonnes pratiques, c’est de maintenir un équilibre favorable entre les microorganismes et d’éviter les dérives défavorables à nos écosystèmes d’élevage. »
Des clés pour comprendre le monde microbien
Le saviez-vous ?
Le mot microbe englobe tout ce qui est « de taille microscopique » et ne se limite pas aux bactéries. Parmi les microbes, on trouve aussi les archées (autrefois appelées archébactéries), les fungi (champignons et levures), et les protozoaires. Ces derniers représentent 50 % de la biomasse du rumen.
Du tractus digestif aux prairies
Un champignon pour casser le cycle des nématodes
Duddingtonia flagrans est un champignon microscopique nématophage, naturellement présent dans les prairies et dans les fumiers à travers le monde : lorsqu’il développe des filaments, il emprisonne les nématodes avant de les digérer.
Ce champignon est depuis longtemps étudié comme solution de lutte biologique contre les nématodes digestifs des ruminants, dans un contexte où les résistances aux produits chimiques sont très préoccupantes. Il est un bon exemple des liens entre la santé des animaux et celle des sols.
Le premier produit commercial basé sur D. flagrans est sorti en 2018, en Australie. Il se présente sous la forme d’un supplément alimentaire composé de spores d’une souche sélectionnée. Les spores passent dans le tractus des ruminants et ne germent que dans les excréments à la surface des prairies, où elles vont former des réseaux et piéger les larves.
Ce produit, appelé Bioworma, a fait l’objet de plusieurs travaux de recherche publiés qui ont démontré son efficacité sur les vers digestifs des ruminants et son innocuité pour les animaux et pour l’environnement. Il s’utilise généralement dans le cadre d’une approche intégrée du parasitisme, pour casser le cycle des parasites. Bioworma est actuellement commercialisé en Australie, en Nouvelle-Zélande et aux États-Unis. Une demande d’autorisation est en cours pour l’Europe.
