[Sélection] La révolution génomique ne fait que commencer !

La génomique a fait son entrée dans le monde de la sélection par la voie mâle en 2009. À l’époque, seules les races Holstein, montbéliarde et normande étaient concernées. Deux ans plus tard, le génotypage est proposé aux éleveurs pour évaluer le potentiel génétique de leurs génisses, avec à la clé la possibilité de les trier pour le renouvellement. Depuis, l’engouement s’est d’autant plus accéléré que le coût du service a été divisé par trois environ.

« Le génotypage devient un outil de gestion de troupeau utilisable en routine. Tous les éleveurs vont l’utiliser à un moment ou un autre. À quand le 100 % de génotypages, sachant qu’aujourd’hui nous sommes plutôt autour de 25 % ? », a souligné Didier Boichard, de l’Inrae, lors du webinaire Grand Angle lait dédié à la génétique laitière, organisé le 26 mars par l’Idele.

Plus d’un million d’animaux génotypés depuis 2011

Le propos du scientifique s’appuie sur plusieurs constats. De plus en plus d’éleveurs ont recours au génotypage. Davantage de races sont concernées avec toujours plus de caractères évalués, d’anomalies génétiques détectées… mais aussi plus d’applications développées comme les plans d’accouplement, la maîtrise de la consanguinité, la détection des vaches à mammites (Génocellules). Il faudra encore patienter pour obtenir des index pour les animaux issus de croisements laitiers.

Sophie Mattalia, du département génétique de l’Institut de l’élevage, a montré que depuis 2011, le nombre de génotypages réalisés dans le cadre des schémas de sélection est resté relativement stable (autour de 30 000 par an). En revanche, ceux réalisés par Valogène dans les élevages laitiers à la demande des éleveurs sont passés d’environ 1 900 en 2011 à 260 000 en 2020. « Au total, toutes races confondues, plus d’un million d’animaux ont été génotypés par Valogène entre 2011 et 2020, dont 310 000 pour la seule année 2020. Depuis 2013, le génotypage enregistre une croissance de 20 % à 35 % selon les années », précise Sophie Mattalia.

Au-delà des caractères classiques (production, taux, morphologie…), cette technologie a permis d’évaluer de nouveaux critères autour de la santé du pied et de l’acétonémie. D’autres, comme la résistance à la paratuberculose, devraient suivre d’ici peu. Des travaux sur la résistance des veaux sont en cours. Et pour demain, une évaluation génétique sur la production de méthane et la résistance des animaux aux fortes chaleurs est envisageable. Sans oublier la valorisation des informations issues du carnet sanitaire, des abattoirs, des capteurs de monitoring…

Grosse pression sur la variabilité génétique

Reste le point noir autour de la gestion de la variabilité génétique. En réduisant l’intervalle de génération, la sélection génétique accélère le progrès génétique mais augmente aussi le risque de dérapage dans la gestion de la diversité génétique. « Si nous ne voulons pas avoir une explosion de la consanguinité, qui pourrait facilement être multipliée par deux ou trois chaque année, il faut impérativement utiliser plus de taureaux », rappelle Didier Boichard. « De notre point de vue c’est possible, car le coût unitaire d’un taureau mis sur le marché est plus faible que lorsqu’il y avait du testage sur descendance. »

La rupture technologique évoquée par Vincent Rétif, président d’Evolution, a en effet changé la donne. « Avant, avec le testage sur descendance, les taureaux étaient connus à l’âge de 7 ans. On testait environ 300 taureaux par an et nous en mettions 25 à 30 nouveaux dans notre catalogue. Ces taureaux étaient utilisés trois à quatre ans, voire sept ans. » Avec l’arrivée de la sélection génomique, l’intervalle a été réduit à environ trois ans. « Nous génotypons 3 000 jeunes veaux mâles pour en diffuser à peu près 70 par an, diffusés pendant un à deux ans. » La réutilisation de certains jeunes taureaux confirmés sur descendance est en revanche fortement déconseillée par Didier Boichard.