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La variabilité génétique a du plomb dans l’aile

En mettant fin au star-system, la sélection génomique est potentiellement un bon levier pour gérer la variabilité génétique. L’observatoire Varume et le bilan des IA montrent que la partie n’est pas gagnée.

© F. Mechekour

Depuis son avènement en 2010, la sélection génomique s’est accompagnée d’un turn-over très important des taureaux dans les catalogues. « À l’ère de la génomique, les taureaux actifs sont en moyenne quatre fois plus nombreux et chacun d’eux totalise en moyenne quatre fois moins d’IA en races Montbéliarde et Prim’Holstein. La différence est plus marquée en race Normande où six fois plus de taureaux réalisent six fois moins d’IA », note Pascale Le Mézec, de l’Institut de l’élevage. A priori, c’est plutôt une bonne nouvelle pour la variabilité génétique. Pour autant, le bilan des inséminations, mis en relation avec les origines généalogiques des taureaux, vient confirmer les indicateurs décevants du programme Varume, piloté par l’Institut de l’élevage. À qui la faute ? Aux montages génétiques. « En apparence, les origines paternelles apparaissent plus diversifiées. Le nombre moyen de fils par père est aujourd'hui de trois en Montbéliarde et en Normande (autour de dix autrefois) et cinq en Prim'holstein (vingt auparavant). Quelques pères conservent encore beaucoup de poids. »

Des ancêtres qui pèsent lourd

Mais la situation se corse lorsque l’on remonte plus loin dans les généalogies. « Si l'on s'intéresse aux grands-pères maternels ou paternels, la concentration apparaît moins importante qu'auparavant en Normande et Montbéliarde, mais pas en Prim'holstein où la situation n'a pas beaucoup changé. »

En Montbéliarde, l'ancêtre le plus présent dans les IA 2017 est Urbaniste. « Il ne fait plus d'IA lui-même, mais on le retrouve encore comme père (de Flash JB...). Et surtout, il est très présent comme grand-père (de Hummer....) ou arrière-grand-père des taureaux actifs, souligne Pascale Le Mézec. Un vieux taureau comme Gardian transmet encore beaucoup ses gènes via ses arrière-petits-fils et figure aux premières places de ce classement depuis vingt ans. »

En race Normande, le principal contributeur aux IA 2017 est Uperise, par l'intermédiaire de plusieurs petits-fils actifs. « On rencontre assez vite dans ce classement des taureaux utilisés directement, tel Locarno, ou vite réinvestis dans le programme, comme Holen Hoz, déjà très présent comme père de jeunes taureaux d'IA. »

Accélération de l’augmentation de la consanguinité

En Prim’Holstein, Mogul, Bookem, Planet, Shottle et O-Man Just ont réalisé très peu d’IA directement. Mais ce sont les taureaux qui pèsent le plus via leurs descendants dans les IA en 2017 (entre 88 000 et 127 000 IAP) . " Les taureaux étrangers, presque tous américains, ne font pas beaucoup d'IA directement. Mais via leurs fils, petits-fils ou arrière-petits fils, nombreux et largement utilisés, ils sont infiltrés dans les généalogies et ont beaucoup plus d'influence que les taureaux sélectionnés selon les objectifs des programmes français. Par le passé, seul Jocko Besne a contribué aux IA à ce niveau, mais de façon moins durable qu'O-man-Justice et en réalisant directement plusieurs milliers d'inséminations ", constate avec regret Pascale Le Mézec. « Dans cette race, la consanguinité individuelle n'est pas un souci, chaque vache a un pedigree à trois ou quatre générations qui apparaît non apparenté. Mais globalement, dans la population, toutes les vaches ont des pedigrees ressemblants, avec des ancêtres omniprésents ", poursuit Pascale Le Mézec. " Au final, en Prim’Holstein, l’augmentation de la consanguinité dans les troupeaux s’accélère sur les dernières générations », démontre Coralie Danchin-Burge, avec les indicateurs du programme Varume.

La chute des naissances en race pure constatée en 2017 (notamment -7 % en Montbéliarde) peut également avoir un impact sur la variabilité génétique si elle perdure dans le temps.

Le saviez-vous

En 2017, les taureaux les plus utilisés ont été Juoforez (11 315 IAP) en Montbéliarde, Locarno (9 448 IAP) en Normande et Loyal (32 258 IAP) en Prim'holstein. « Tous trois sont des taureaux de la dernière génération évaluée en génomique, et issus de pères et de grand-pères fameux. »

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