Génétique : première puce d’épigénotypage pour comprendre l’expression des gênes chez les vaches laitières

Au Salon de l’agriculture, Eliance (fédération des entreprises de conseil et de services en élevage) a présenté l’EpiChip bovine, un outil de mesure de l’épigénétique, développé dans le cadre du programme européen Rumigen. Eliance et l’Inrae, au sein du laboratoire partenarial Epsilon, ont piloté le développement d’une puce qui permettra d’évaluer l’impact de l’environnement sur l’expression des gènes des bovins. Pour l'instant, les recherches se concentrent sur la race prim'Holstein.

« L’épigénétique, c’est ce qui va aider le gène à s’exprimer. Un peu comme des interrupteurs qui, quand ils s’allument, modifient la lecture du génome sans modifier l’ADN, image Chrystelle Le Danvic, cheffe de projet chez Eliance. Ces interrupteurs sont des marques réversibles, qui permettent l’adaptabilité de l’organisme à ses conditions de vie. » La chercheuse parle « d’épigénome », soit « l’interface dynamique entre le génome et son environnement ».

L’EpiChip permet de lire des marques épigénétiques apposées sur l’ADN

L’environnement et les conditions d’élevage – l’alimentation, les variations de température ou encore la santé des animaux et les conduites d’élevage – influencent l’expression des gènes. Afin de mesurer leur impact, les chercheurs du laboratoire Epsilon ont mis au point l’EpiChip bovine : « Une technologie pour lire certaines marques épigénétiques apposées sur l’ADN », poursuit Clotilde Patry, directrice innovation et marchés chez Eliance.

Concrètement, il s’agit d’une lame de verre sur laquelle 24 échantillons biologiques (ADN extraits à partir de sang ou de semence et, à l’avenir, de lait) peuvent être analysés, et à partir de laquelle un scanner fait ressortir des signaux lumineux. Il quantifie leur intensité afin de guider l’œil du scientifique vers 50 000 marques ciblées. « La version bovine de l’outil est une première mondiale », annonce Clotilde Patry.

La sensibilité et la robustesse des premiers prototypes produits au printemps ont été validées en laboratoire. « Une population de référence est maintenant en cours d’analyse », reprend Chrystelle Le Danvic.

5 000 femelles prim’Hosltein en cours d’épigénotypage

« Des échantillons de sang collectés sur 5 000 femelles prim’Holstein génotypées, principalement du Grand Ouest avec des conduites contrastées, sont en cours d’épigénotypage. Le but ici est de donner du sens aux mesures épigénétiques en les intégrant à l’ensemble des informations génétiques, environnementales et de performance, afin d’identifier les profils épigénétiques impactés en fonction de l’environnement. »

L’objectif sera ensuite de « constituer de nouvelles populations de référence pour, demain, faire des prédictions. En élevage, la compréhension de l’épigénétique permettra de proposer des conduites adaptées pour une expression optimisée des gènes, de travailler l’élevage de précision en ayant des profils impliqués dans la réponse au changement climatique et d’avoir des performances durables ».