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Séquençage de la pomme : une annonce qui révolutionne les futurs travaux de sélection

Quelques jours après la publication du séquençage entier de la pomme, dans le journal scientifique Nature Genetics⁽¹⁾, la filière donne son ressenti face à une telle annonce. « Cette publication était attendue, note François Laurens, chercheur à l’INRA d’Angers. Elle rend ce travail de recherche public, c’est-à-dire utilisable partout dans le monde. C’est une équipe de chercheurs italiens qui est à l’initiative de cette publication ; ce sont eux qui ont levé les fonds et dirigé ce travail de recherche en collaboration avec un large consortium international. » « Il s’agit du décryptage du génome de la pomme Golden, c’est donc d’une étape, un saut technologique par rapport aux outils de génotypage dont nous disposions auparavant. Et ces résultats viennent par ailleurs corroborer ce que l’on savait déjà via le travail de certains botanistes et molécularistes quant aux origines de la pomme Malus domestica. Ce séquençage nous apporte ainsi des informations théoriques fondamentales et un marquage plus précis que les outils moléculaires précédents. Et ces données, nous allons pouvoir les utiliser par la suite dans nos futurs travaux de recherche et nos programmes de sélection. » Du côté des professionnels, François Laurens estime que bien sûr ce travail de recherche possède un intérêt mais à long terme, en particulier dans les travaux de sélection pour les pépiniéristes. A l’Association nationale Pommes-Poires (ANPP), on estime que c’est une bonne chose que les chercheurs se préoccupent de la pomme. « Cela donne quelques perspectives intéressantes quant à l’arrivée future de nouvelles variétés sur le marché, indique Pierre Varlet, responsable technique et de la veille réglementaire de l’ANPP. Toute solution nouvelle dans la sélection de nouvelles variétés est bonne à prendre même si cette annonce inquiète le secteur bio. Après, il faut que l’INRA s’empare de ces résultats. C’est essentiel pour notre secteur, car nous ne sommes pas très bien lotis face à la concurrence internationale. » A la coopérative Cofruid’Oc, Didier Crabos, son directeur, estime, quant à lui, que cette annonce s’inscrit sur le moyen voire même sur le long terme. « Il faudra d’abord régler la question de la genèse des organismes génétiquement modifiés, souligne-t-il. Tout dépendra de l’usage que l’on en fera. Il y a forcément quelques éléments positifs à en tirer notamment dans le cas d’hybridations pour augmenter les capacités des futures variétés d’être résistantes à certaines maladies, ce qui permettra de diminuer l’usage des produits phytosanitaires. Mais avant cela, il nous faudra attendre les avancées de la recherche dans ce domaine. »
Comme en écho, François Laurens, indique que l’INRA n’a pas attendu la publication de ces résultats pour lancer un grand programme européen de recherche Fruit Breedomics (cf. fldhebdo du 31 août 2010) que l’Institut français va coordonner. « Le but de Fruit Breedomics est d’émettre au service de la sélection variétale de la pomme et de la pêche les outils nécessaires à ce genre de travaux. Ce projet est donc directement lié à l’annonce de ce décryptage de la pomme Golden. Le but par la suite sera d’arriver à réduire la durée du cycle de sélection de nouvelles variétés. Pour l’heure, nous attendons que les budgets soient signés au plus tard pour le mois de mars 2011. Et nous avons prévu de créer une plate-forme de dissémination de nos résultats de recherche et d’outils de sélection afin d’en faire bénéficier un panel plus élargi de professionnels, les améliorateurs de variétés mais également ceux qui s’intéressent aux vieilles variétés. Il sera par la suite possible de proposer à ceux qui le souhaitent des formations quant à l’utilisation d’outils nécessaires à la sélection variétale. »

(1) cf. fld hebdo du 7 septembre