Depuis 2013, le laboratoire Bio Chêne Vert du groupe Finalab utilise la spectrométrie de masse Maldi-Tof (solution Bruker) pour identifier les germes. Cette technique fournit en temps réel des empreintes moléculaires, correspondant aux protéines exprimées par la bactérie. « Le profil de protéines obtenu correspond en quelque sorte à l’empreinte digitale du germe », schématise Frédéric Bourgeon, responsable R & D du laboratoire. Cette nouvelle méthode est utilisée en routine pour identifier chaque jour une centaine de micro-organismes issus de lésions ou de prélèvements du terrain, soit quelque 3 000 identifications par mois au sein du groupe Finalab. Le laboratoire l’utilise aussi en R & D pour caractériser de façon plus précise les souches E. coli. « En comparant les empreintes digitales de chaque souche, on parvient à détecter de très petites différences (relevant de différences au sein des génomes des bactéries concernées), que l’on ne voit pas forcément avec d’autres méthodes d’analyses (sérotypage, antibiotypage…). » En analysant plus d’un millier de souches E. coli au cours des trois dernières années, le laboratoire a identifié plus de 300 biomarqueurs différentiels. Les souches ont été classées en plusieurs dizaines de groupes, baptisés Maldi-types (MT) en fonction de leur homologie. Elle peut être représentée sous la forme d’un dendrogramme de classification permettant de consulter plus facilement le résultat de l’analyse phyloprotéomique (voir figure). « Cet outil d’analyse montre qu’il peut exister plusieurs Maldi-types au sein d’un même sérotype. Nous avons par exemple différencié quatre MT principaux au sein du sérotype O2K1. Il permet également de Maldi-typer des souches non-typables après sérotypage et d’évaluer leur similarité avec un sérotype connu."

Cinquante pour cent de souches non-sérotypables

L’intérêt premier de cette méthode porte sur le choix des souches à partir desquelles sont fabriqués les autovaccins Escherichia coli, comme l’a confirmé Éric Thibault, du fabricant d’autovaccins Biovac. « La colibacillose est la maladie numéro 1 en volaille. On sait aujourd’hui identifier 25 sérotypes de colibacilles sur 180 potentiellement pathogènes. Sur 900 souches reçues à Biovac depuis 2015, la moitié est de sérotype connu (O1, O2, O78) et le reste est non-typable. L’objectif de la méthode Maldi-Tof utilisée en parallèle de la sérologie est de mieux caractériser les souches autovaccinales et de typer davantage de bactéries », souligne-t-il.

« La méthode de typage par Maldi-Tof proposée par Bio Chêne Vert est plus rapide et moins couteuse que d’autres méthodes de typages, c’est un outil d’avenir prometteur », a conclu Julien Flori, du groupe Chêne Vert Conseil lors de sa réunion technique couvoir. Des essais sont en cours sur d’autres germes en volailles (Mycoplasma synoviae, Pasteurella multocida, Enterococcus faecalis…).