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Mieux différencier les souches E. coli par Maldi-Tof

Bio Chêne Vert développe une nouvelle méthode de différenciation des souches Escherichia coli basée sur leurs profils protéiques. Elle permettra de mieux discriminer les souches d’intérêt pour la réalisation d’autovaccins.

Depuis 2013, le laboratoire Bio Chêne Vert du groupe Finalab utilise la spectrométrie de masse Maldi-Tof (solution Bruker) pour identifier les germes. Cette technique fournit en temps réel des empreintes moléculaires, correspondant aux protéines exprimées par la bactérie. « Le profil de protéines obtenu correspond en quelque sorte à l’empreinte digitale du germe », schématise Frédéric Bourgeon, responsable R & D du laboratoire. Cette nouvelle méthode est utilisée en routine pour identifier chaque jour une centaine de micro-organismes issus de lésions ou de prélèvements du terrain, soit quelque 3 000 identifications par mois au sein du groupe Finalab. Le laboratoire l’utilise aussi en R & D pour caractériser de façon plus précise les souches E. coli. « En comparant les empreintes digitales de chaque souche, on parvient à détecter de très petites différences (relevant de différences au sein des génomes des bactéries concernées), que l’on ne voit pas forcément avec d’autres méthodes d’analyses (sérotypage, antibiotypage…). » En analysant plus d’un millier de souches E. coli au cours des trois dernières années, le laboratoire a identifié plus de 300 biomarqueurs différentiels. Les souches ont été classées en plusieurs dizaines de groupes, baptisés Maldi-types (MT) en fonction de leur homologie. Elle peut être représentée sous la forme d’un dendrogramme de classification permettant de consulter plus facilement le résultat de l’analyse phyloprotéomique (voir figure). « Cet outil d’analyse montre qu’il peut exister plusieurs Maldi-types au sein d’un même sérotype. Nous avons par exemple différencié quatre MT principaux au sein du sérotype O2K1. Il permet également de Maldi-typer des souches non-typables après sérotypage et d’évaluer leur similarité avec un sérotype connu."

Cinquante pour cent de souches non-sérotypables

L’intérêt premier de cette méthode porte sur le choix des souches à partir desquelles sont fabriqués les autovaccins Escherichia coli, comme l’a confirmé Éric Thibault, du fabricant d’autovaccins Biovac. « La colibacillose est la maladie numéro 1 en volaille. On sait aujourd’hui identifier 25 sérotypes de colibacilles sur 180 potentiellement pathogènes. Sur 900 souches reçues à Biovac depuis 2015, la moitié est de sérotype connu (O1, O2, O78) et le reste est non-typable. L’objectif de la méthode Maldi-Tof utilisée en parallèle de la sérologie est de mieux caractériser les souches autovaccinales et de typer davantage de bactéries », souligne-t-il.

« La méthode de typage par Maldi-Tof proposée par Bio Chêne Vert est plus rapide et moins couteuse que d’autres méthodes de typages, c’est un outil d’avenir prometteur », a conclu Julien Flori, du groupe Chêne Vert Conseil lors de sa réunion technique couvoir. Des essais sont en cours sur d’autres germes en volailles (Mycoplasma synoviae, Pasteurella multocida, Enterococcus faecalis…).

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