Comment Hendrix Genetics accélère son progrès génétique en dinde
Le sélectionneur Hendrix Genetics expose les nouvelles technologies qu’il adopte pour accroître le progrès génétique de sa sélection en dinde de chair.
Le sélectionneur Hendrix Genetics expose les nouvelles technologies qu’il adopte pour accroître le progrès génétique de sa sélection en dinde de chair.
La formule gagnante du progrès génétique est bien connue des généticiens, qu’ils expriment par cette équation :
∆ G = r x I x σ g/∆ T
où le gain génétique annuel est égal à la précision de l’estimation multipliée par l’intensité de sélection multipliée par la variabilité génétique, le tout divisé par l’intervalle entre deux générations.
Pour obtenir un fort gain, il faut disposer d’une population importante d’animaux-candidats afin d’accroître leur intensité de sélection et la variabilité génétique dans la population, investir dans des moyens et des méthodes pour acquérir plus de précision, et enfin réduire l’intervalle de génération, si c’est encore possible. Hybrid Turkeys, la filiale dinde d’Hendrix Genetics, s’est saisie des innovations récentes de la biologie et de la technologie pour accélérer le progrès génétique.
C’est ce qu’a présenté Owen Willems, directeur de la recherche et du développement, lors d’une visioconférence organisée fin septembre à la place de la porte ouverte du deuxième complexe pedigree français.
Des masses gigantesques de données
La sélection repose sur le cumul d’informations « phénotypiques » mesurées directement sur l’animal candidat ou sur ses apparentés. Elles doivent être le moins possible influencées par le milieu, tout en se rapprochant des conditions des élevages commerciaux.
Responsable des complexes pedigree en France, Guillaume Simonneau estime qu’il faut recueillir de l’ordre de 50 000 données pour chaque génération pedigree de 5 000 individus. Elles concernent le poids à divers âges (10 000 pesées sur l’équivalent de 150 tonnes de vif), la qualité des aplombs et la démarche, les consommations d’aliment, la reproduction (œufs, éclosabilité…) et les données d’abattage (rendements anatomiques, défauts…).
Les valeurs génétiques calculées à partir de ces mesures corrigées sont ensuite pondérées selon l’importance donnée à tel ou tel critère (croissance, reproduction, comportement, tenue sur pattes…).
La note obtenue décide du destin du candidat (reproduction ou élimination).
Aller plus vite avec des technologies nouvelles
Si la pesée reste largement manuelle, d’autres critères font de plus en plus appel à des technologies récentes. « On recherche toujours de nouvelles manières de mesurer nos valeurs phénotypiques, afin d’augmenter notre précision de sélection », souligne Owen Willems.
C’est le cas de la mesure de l’indice de consommation réalisée individuellement en station d’alimentation conduite en élevage collectif (14 000 contrôles en 2020). L’animal est équipé d’une puce d’identification émettrice qui renseigne le système dès que la dinde va se nourrir.
La notation de la qualité des aplombs fera bientôt appel aux technologies digitales. Il faut deux ans pour former un observateur, de manière à ce que son jugement soit le même que d’autres observateurs, en France comme au Canada.
L’intelligence artificielle s’en chargera à court terme, grâce à des accéléromètres (couramment utilisés dans les smartphones) posés sur l’animal et à la capture vidéo. Le système mesure l’angle des pattes, la longueur des pas, les temps d’appui par patte… Au lieu d’une mesure ponctuelle, la démarche sera évaluée dans la durée pour une évaluation plus robuste.
La vidéo sera également employée sur des troupeaux pedigree dans le but d’observer les déplacements individuels et de repérer le comportement agressif de certains individus. Cela permettra d’écarter les familles à problèmes.
Au final, ces technologies permettent de placer les animaux dans des situations proches de ceux des élevages commerciaux, tout en gardant la fiabilité et la précision indispensables à la sélection.
Focus sur le rendement filet
Outre l’effort porté sur la viabilité, Owen Willems insiste sur « le focus mis sur l’amélioration du rendement filet, avec plus de mesures (500 dindes découpées par semaine au Canada), mais aussi avec plus de précision, grâce notamment au génotypage des animaux. »
En plus de la découpe anatomique sur des individus forcément sans descendance, la tomodensitométrie est utilisée sur les candidats vivants. Le scanner à rayons X révèle des images en coupe du futur reproducteur potentiel. « Cette valeur phénotypique est beaucoup plus précieuse que celle du rendement mesuré sur un frère ou une sœur qu’on a dû euthanasier », remarque Owen Willems.
C’est la combinaison de cet ensemble de techniques couplées à l’intégration de la sélection génomique qui ont commencé à booster le progrès génétique. Déjà concrétisé sur le poids vif, il va s’amplifier sur la viabilité, ainsi que sur le rendement en filet a montré le généticien, chiffres à l’appui. En revanche, Hendrix Genetics n’a pas autorisé leur diffusion, concurrence oblige…
Des dindes pour chaque marché
Depuis cinq ans, Hendrix Genetics a massivement investi pour doubler ses effectifs en sélection, les localisant en France et au Canada.
Démarré l’an dernier, le second complexe pedigree a porté l’effectif à 15 000 dindes, toutes souches confondues. Hendrix Genetics se sécurise et dispose aussi d’une sélection faite en Europe pour le marché européen.
Le sélectionneur a opté pour une stratégie de flexibilité en fournissant des croisements adaptés à chaque marché, voire à des clients spécifiques.
La branche européenne fournit l’Europe en souches blanches à haut potentiel de croissance, segmentées en médium (Grade Maker, Optima) et lourd (Converter, Converter Heavy) ; en souches traditionnelles (Minibronze, Rouge des Ardennes…) plus orientées vers le goût et en souches intermédiaires associant performance et tradition (Cartier).
La sélection génomique en routine
Après l’avoir testé quelques années, Hybrid Turkeys utilise aujourd’hui la sélection génomique sur toutes ses lignées à l’origine des deux souches médium.
L’information génomique s’ajoute à la méthode génétique. Selon Owen Willems, elle améliore la précision de 15 à 60 % sur certains caractères.
À partir de sang ou de plume, le génotypage établit une cartographie de l’ADN en mettant en évidence les SNP (prononcer snip). Ce sont des balises du génome dont la combinaison est caractéristique de chaque individu.
Cette cartographie permet de calculer des corrélations entre caractères et de mieux trier. Réalisable dès la naissance, le génotypage réduit drastiquement l’intervalle de génération, donc accélère le gain sur les critères difficiles à exprimer sur le candidat (rendement filet par exemple).
La génomique permet aussi de détecter et d’éliminer les familles ou les individus porteurs de SNP létaux pour l’embryon ou la jeune dinde, donc d’augmenter les performances globales (éclosabilité, viabilité).
