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L’Anses modélise la propagation des maladies contagieuses des porcs à partir de la base de données BDPorc

À partir du fichier BDPorc qui recense tous les mouvements d’animaux en France, l’Anses a conçu un programme qui simule la propagation des maladies en fonction de leur contagiosité.

Les mouvements d’animaux recensés par BDPorc en FranceSalines, M. et al. (2017) © Salines, M. et al. (2017)
Les mouvements d’animaux recensés par BDPorc en FranceSalines, M. et al. (2017)
© Salines, M. et al. (2017)

Un foyer de fièvre porcine africaine vient de se déclarer dans un élevage de sélection breton. Très vite, on observe sur une carte animée une augmentation rapide du nombre d’élevages contaminés, lié au transfert des reproducteurs dans toute la France. Heureusement, ceci n’est qu’une simulation réalisée par l’Anses avec son logiciel de modélisation de la transmission des maladies. « Ces simulations nous permettent d’analyser les risques de propagation de chaque maladie. On peut aussi analyser les effets de protocoles visant à limiter cette propagation », explique Mathieu Andraud, modélisateur à l’Anses de Ploufragan. Pour cela, l’agence s’appuie sur la base de données BDPorc qui recense tous les mouvements d’animaux en France. « Cette base constitue un outil fiable. Les mouvements utilisés sont réels. » Sur un semestre, BDPorc enregistre en moyenne 130 000 mouvements d’animaux entre les 20 998 sites de production recensés. Chaque tournée de camion dessert en moyenne trois sites. Des « communautés » d’élevage sont fortement marquées géographiquement, correspondant essentiellement aux activités des groupements et des abattoirs.

Le logiciel de simulation se base notamment sur une formule mathématique qui mesure la contagiosité de la maladie. Le critère mesuré, appelé R0, permet de connaître le nombre moyen d’animaux qu’un animal contagieux pourrait infecter. Il se calcule sur la base de trois facteurs : la transmissibilité de la maladie, le nombre de contacts directs possibles entre chaque animal, et la durée de la période contagieuse. Si le R0 est inférieur à 1, un animal infecté infectera un autre animal au plus. Dans ce cas, le nombre de nouveaux cas déclinera rapidement et la présence de la maladie dans la population s’effacera. Si le R0 est supérieur à 1, un animal infecté infectera plus d’un autre animal, provoquant ainsi la propagation de la maladie. Le R0 de la fièvre porcine africaine a été estimé selon l’unité épidémiologique considérée. La transmission entre individus par contact direct est la plus élevée, avec un R0 estimé proche de 6. Il n’est que de 1,5 si l’on considère l’élevage comme unité épidémiologique. Pour la grippe porcine, le R0 d’une transmission par contact direct est de 14,8, selon une étude de l’Anses datant de 2016.

 
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