Une part d’hérédité dans le contenu du rumen

Le microbiote des herbivores joue un rôle central dans la nutrition de son hôte. Il affecte directement sa santé et sa capacité à produire des produits d’intérêt pour l’homme mais aussi des produits indésirables tels que le méthane. L’unité mixte de recherche GenPhySE, rassemblant l’Inra, l’École nationale vétérinaire de Toulouse et l’Institut national polytechnique de Toulouse, a démontré le caractère en partie héréditaire des communautés bactériennes du rumen des moutons. Ainsi, en 2015 et 2016, les chercheurs ont prélevé le contenu du rumen de 369 brebis Lacaune de la ferme expérimentale Inra de La Fage. Ces jus de rumen ont été séquencés à la Génopole de Toulouse en ciblant les gènes de l’ARNr 16 secondes, marqueurs des bactéries. Pour chaque animal, il en est ressorti une carte des familles bactériennes présentes. Grâce à de savants calculs statistiques, les généticiens ont pu confirmer que l’abondance de certaines bactéries était en partie liée à l’individu, et non seulement à un effet environnement. Si la présence des bactéries les plus abondantes semblait faiblement héritable, celle de bactéries quantitativement mineures, mais susceptibles de façonner la fonction ruminale, sont en partie contrôlés par la génétique de l’hôte.

Vers une sélection génétique sur la capacité à accueillir telle ou telle bactérie

« Ces résultats nous laissent espérer de pouvoir réaliser une sélection des animaux en fonction de leurs capacités à accueillir telle ou telle famille de bactéries ruminales, imagine Annabelle Meynadier de l’École vétérinaire de Toulouse. Mais avant cela, il nous reste à trouver les zones du génome, les QTL, liées à l’installation des différents groupes bactériens. ». Des prélèvements de rumen et des génotypages ont donc été réalisés sur 800 brebis du troupeau de La Fage et une thèse universitaire débute pour traiter cette masse de données. « Si les résultats aboutissent, il restera à bien comprendre la fonction de chaque bactérie d’intérêt ou population de bactéries. Il faudra aussi choisir vers quels objectifs d’élevage nous voulons orienter la sélection des brebis sur leur microbiote ruminal. Faut-il privilégier une flore capable de digérer les fibres ou une plutôt apte à dégrader les concentrés ou encore une qui rende l’hôte davantage résistant à certaines maladies ? » s’interroge la chercheuse qui n’espère pas d’applications concrètes avant 2025.