L’Inra Versailles-Grignon et la société Genoscreen ont utilisé les techniques du séquençage haut-débit pour caractériser avec précision la biodiversité microbienne dans une sélection de soixante fromages français artisanaux, appartenant à douze variétés issues de technologies variées. À partir des ADN extraits de ces fromages, les chercheurs ont montré que la composition de la communauté fongique est assez peu diversifiée et ne varie pas beaucoup d’une variété de fromage à une autre. À l’inverse, la communauté bactérienne varie en fonction du type de fromage. Seules onze espèces sont fréquemment détectées, dont sept se trouvent en surface et deux plutôt à cœur.

Riche et diversifié, ce microbiote compte aussi des microorganismes spécifiques d’une ou de seulement quelques variétés de fromages — Desemzia incerta est caractéristique du Mont d’Or, Myroides sp. du Soumaintrin — ou d’une unité de production : Arthrobacter alpinus et Lactococcus formosensis ne se retrouvent, par exemple, que dans le saint nectaire provenant d’une des trois fermes sollicitées dans le cadre de l’étude. Ces résultats soulignent l’importance des microorganismes indigènes et de l’ambiance de chaque fromagerie dans la structuration des communautés microbiennes fromagères.