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Le coût du génotypage femelle devrait baisser

L’arrivée de la puce LD à coût réduit devrait donner un coup de pouce au génotypage des femelles, qui peine à décoller.

© Réussir

Depuis juin 2011, il est possible d’évaluer le potentiel génétique des femelles de son troupeau dès leur naissance, et avec la même fiabilité que les taureaux d’insémination génotypés.

Ce génotypage des femelles est disponible pour les races Prim’holstein, Normande et Montbéliarde( 1). Mi-février, seulement 3 000 analyses avaient été réalisées à la demande des éleveurs. Principal obstacle au développement de cette technique: son coût, autour de 110-130 euros. Un coût dû en partie à celui de la puce utilisée jusqu’à présent pour décrypter les marqueurs génétiques sur l’ADN de l’animal, une puce à 54000 marqueurs.

Inverser la tendance sur les caractères fonctionnels peu héritables

L’arrivée sur le marché fin 2011 d’une puce à 7000 marqueurs (puce LD) devrait donner un sérieux coup de pouce au génotypage des femelles. « Cette puce LD a été mise au point dans le cadre d’un consortium France - USA - Australie - Illumina) pour l’évaluation génomique des femelles avec l’objectif d’une bonne efficacité, d’une perte de CD faible (1 à 2 %) et d’un coût réduit, a expliqué Didier Boichard, de l’Inra, lors d’une présentation organisée pendant le Salon de l’agriculture. Les 7000 marqueurs ont été sélectionnés de façon à reconstruire l’information apportée par les 54 000 marqueurs avec très peu de perte de précision. »

Cette puce LD devrait donc permettre une offre à un prix plus abordable, avec une fiabilité comparable. Sa diffusion est en cours dans les entreprises. À elles de définir leur politique de prix.

Une étude de l’interprofession France génétique élevage auprès des éleveurs fait ressortir une fourchette de prix « abordable » entre 50 et 100 euros avec un taux d’utilisation très différent selon que le prix est à 50 ou 100 euros.

Le génotypage conduit au calcul d’un index génomique que l’on retrouve dans les documents officiels et qui est basculé dans le Système informatique généralisé. Cet index est calculé par l’Inra à partir des résultats de génotypage (transmis par le laboratoire) et des pedigrees des parents et grands parents.

L’éleveur a un premier retour 40 jours après le prélèvement de sang sous forme d’index non officiels. « Ces index concernent l’ensemble des caractères disponibles aujourd’hui (production, morphologie et surtout fonctionnels : fertilité, cellules, mammites cliniques, longévité, facilité de vêlage, naissance), les mêmes que pour les taureaux. Par la suite, ils intégreront les nouveaux caractères fonctionnels (efficacité alimentaire, reproduction, boiterie…) », précise Stéphane Barbier, de l’Unceia.

Un effet décuplé en l’associant au sexage de la semence

Autre nouveauté annoncée courant 2012 : le génotypage à partir d’un prélèvement de cartilage d’oreille, moins contraignant que la prise de sang. Cette alternative facilitera également la logistique d’expédition. Un prélèvement par l’éleveur permettrait de réduire les coûts. Un groupe de travail étudie ses conditions de faisabilité pour assurer la qualité de l’information à tous les niveaux.

Il reste à convaincre les éleveurs que le génotypage des femelles amène un gain économique à court et à moyen terme. Au-delà d’accouplements plus ciblés, il amène une nouvelle façon de gérer le renouvellement, et permet d’inverser la tendance sur les caractères fonctionnels peu héritables comme la fertilité, la résistance aux mammites, la vitesse de traite, la facilité de vêlage. Un effet encore décuplé si on associe génotypage et semence sexée.

(1) Les animaux doivent être de race pure et l’élevage doit être inscrit à la certification de la parenté bovine de façon à connaître les parents et les quatre grand-parents de l’animal.

Le génotypage des femelles est un très bon outil de tri des génisses

Pour le producteur de lait, les index génomiques sont un très bon outil de tri des génisses. Ils permettent, comme le montre l’exemple ci-dessous, de déterminer sans attendre et avec une meilleure fiabilité les génisses à garder pour le renouvellement. « Même si vous gardez toutes vos génisses pour le renouvellement, le génotypage des génisses est intéressant, affirme Romain Dassonneville, de l’Institut de l’élevage, car il permet à terme de réduire le taux de renouvellement en permettant davantage de progrès génétique sur les caractères de santé et en créant ainsi un cercle vertueux: avec des animaux en meilleure santé, le nombre de réformes diminue, le besoin en renouvellement aussi et donc le choix possible de génisses est plus important, ce qui permet d’améliorer encore davantage les caractères de santé ».

Pour l’éleveur sélectionneur, l’intérêt du génotypage femelle est multiple. Il permet par exemple de choisir, entre deux pleines soeurs, celle qu’il va transplanter, ou bien celle qu’il va garder. Il peut l’aider à convaincre son entreprise de sélection de signer un contrat sur une très bonne génisse (d’autant plus que la souche est originale). «C’est un très bon moyen de mettre en avant ses meilleurs animaux ».

CHIFFRES CLÉS

Avec les index génomiques :

• Une vache indexée à -1 en cellules a 30% de chances supplémentaires de se retrouver avec plus de 300000 cellules ; une vache indexée à +1 a 10 % de chances en moins.

• Une femelle indexée à -1 en longévité a une chance sur 5 d’arriver en fin de 3e lactation ; une femelle indexée à +1 a plus d’une chance sur deux d’y arriver.

• Le taux de conception d’une femelle indexée à +1 en fertilité est de 14 % supérieur à une autre femelle indexée à -1.

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