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La génétique, un moyen d’améliorer son revenu

Le génotypage associé au sexage permet de progresser 
beaucoup plus vite, notamment sur les caractères fonctionnels.
Le génotypage associé au sexage permet de progresser
beaucoup plus vite, notamment sur les caractères fonctionnels.
© S. Roupnel

Depuis cinq ans, la génomique a permis de faire un bond en avant dans la sélection. « Elle permet dès la naissance d’estimer la valeur d’un taureau. On peut donc commencer à l’utiliser dès qu’il produit de la semence. Les taureaux sont en moyenne mis en service à l’âge de 18 mois : on gagne quatre ans ! », a résumé Jean-Luc Marchand, d’Evolution, lors d’une conférence à Rennes. Résultat, les taureaux disponibles sont beaucoup plus nombreux et plus vite renouvelés : l’unité de sélection sort chaque année 100 taureaux à partir d’un pool de 3 000 taureaux (contre 300 avant), après en avoir élevé 200.


Beaucoup plus précis sur les caractères fonctionnels


La génomique permet aussi de progresser à grand pas sur les index fonctionnels. Elle amène une connaissance beaucoup plus précise sur ces index (60 à 65 % sur la fertilité et la longévité). Et la liste des caractères sélectionnés va, à l’avenir, s’allonger. Des relevés sont par exemple faits par les pareurs actuellement pour indexer la santé des onglons. D’autres pistes sont étudiées comme la résistance aux maladies (paratuberculose, mortalité des jeunes), la composition du lait, l’efficacité alimentaire.
C’est aussi une belle opportunité pour les femelles : depuis trois ans, il est possible de les faire génotyper(1) en vue d’une évaluation génétique précoce de leur valeur. Les mêmes caractères sont indexés avec la même précision que pour les jeunes mâles. D’où un gain génétique rapide possible pour les caractères fonctionnels notamment (cellules, fertilité, longévité…). L’association du sexage au génotypage des génisses est le ticket gagnant. Le génotypage permet de faciliter le tri, en ayant un lot de génisses inséminées avec de la semence sexée (90 % de chance de donner naissance à une femelle), et un lot avec de la semence « classique ».

Des performances conformes à l’attendu


Mais les index issus du génotypage sont-ils vraiment fiables ? Jean-Luc Marchand est catégorique : « nous connaissons aujourd’hui les performances en première lactation des premières populations de femelles génotypées. Les corrélations entre les index issus du génotypage et les performances phénotypiques sont bonnes à très bonnes (en moyenne), ceci pour tous les index ». Ainsi, « si l’on prend l’exemple des cellules sur 4800 résultats en race Prim’Holstein, les femelles indexées entre -1,5 et -1 se retrouvent en moyenne à plus de 300 000 cellules en première lactation. Celles indexées entre 1,5 et 2 sont en moyenne à 100 000 cellules(2). Cela montre bien que les index sont fiables. De même, les filles des taureaux indexés positivement sur les cellules ont seulement 7 % de contrôles à plus de 300 000 cellules, alors que les filles des taureaux indexés négativement ont 29 % de leurs contrôles à plus de 300 000 cellules ».
La génétique a un vrai impact technico-économique. « On sait aujourd’hui mieux le chiffrer », affirme Luc Manciaux, de BCLOuest. Pour convaincre les sceptiques, une étude approfondie a été menée à partir de données collectées en élevage et d’une modélisation par système expert. « Pour tous les caractères d’intérêt, l’impact a été calculé en chiffrant un à un tous les postes sur lesquels ils influent. » Ainsi, 20 points d’Inel supplémentaires permettent de gagner 60 €/vache/an, et 20 points d’index ISU se traduisent par 100 €/vache/an.
La génétique se pilote à moyen terme : les choix faits en 2014 auront un impact en 2018. À chacun de définir là où il veut aller et d’utiliser les nouveaux outils génétiques pour façonner son troupeau en fonction de l’objectif recherché : produire plus de femelles pour s’agrandir sans accentuer les points faibles, trier davantage les génisses pour corriger des soucis de cellules, vendre des femelles et faire du croisement industriel tout en optimisant le renouvellement du troupeau, etc.



Une connaissance du génôme dès la naissance

. À partir d’un simple prélèvement d’ADN au niveau du cartilage de l’oreille, la génomique permet dès la naissance d’avoir une connaissance du génôme. Le décryptage de l’ADN est réalisé à l’aide d’une « puce » (à 10 000 positions) qui permet de repérer les caractères qu’on cherche à estimer.
On obtient ainsi le génotypage de l’animal.

. Pour transformer ce génotypage en index, on utilise des équations de prédiction de valeur génétique. Pour bâtir ces équations, il faut disposer d’une population de référence,
c’est-à-dire une population de taureaux testés sur descendance dont on connaît la valeur grâce à la méthode traditionnelle.
Les équations sont obtenues en croisant les valeurs « traditionnelles » et les génotypages de ces taureaux. La population de référence est aujourd’hui extrêmement importante en race Prim’Holstein (près de 25 000 taureaux), ce qui permet d’avoir des index extrêmement précis. Un index doit toujours être regardé avec son cœfficient de détermination (CD) : plus le CD est élevé, plus l’information est fiable.

 

(1) Coût du génotypage 60 à 80 €.
(2) Résultats sans correction des effets troupeaux.

En savoir plus

Des journées gratuites « Génétique et génomique, des innovations gagnantes »
sont organisées dans toute la France par le Cniel en partenariat avec l’Institut
de l’élevage, les entreprises de sélection, les organismes de conseil en élevage
et l’Inra. Parmi les 230 éleveurs qui y ont participé l’hiver dernier, 80 % d’entre eux se disent prêts, à l’issue de ces journées, à faire plus de génotypage et sexage.
www.infos.cniel.com

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