Coralie Danchin-Burge du département génétique de l’Institut de l’élevage est formelle : « La race Prim’Holstein a connu une grosse accélération de la consanguinité entre 2012 et 2016 ». Sur cette période, ce taux est passé de 4,20 % à 5 %. Autrement dit, il y a 5 % de risque qu’un allèle soit présent deux fois chez une vache et provienne du même ancêtre. C’est quasiment la même proportion que lors d’un accouplement entre deux cousins germains (6,25 %). La Prim’Holstein n’est pas la seule race laitière concernée par le phénomène. Le défi est d’autant plus important à relever que la variabilité génétique est indispensable à la sélection et à la gestion des anomalies génétiques. « Plus que le taux de consanguinité, c’est la vitesse de progression qui est préoccupante », précise la généticienne.

Shottle entre dans la caste des ancêtres majeurs

Par ailleurs, huit ancêtres représentent la moitié des gènes de la race (lire encadré). Dans le top cinq figurent deux taureaux (Shottle et O-Man Just) nés à la fin des années 1990. « Shottle est apparu dans ce top calculé à partir des femelles nées entre 2013 et 2016. Cela prouve qu’il a été très, voire trop utilisé. » Coralie Danchin-Burge pointe du doigt la responsabilité du mode de sélection aux États-Unis. « Leur schéma est encore trop basé sur le star-system avec à la clé un nombre restreint de taureaux utilisés. » Et cela pourrait durer encore un moment comme l’illustre l’exemple du taureau américain Planet, même s’il avait un pedigree original au début de son utilisation. « Planet a beaucoup été utilisé comme père à taureaux. Il est notamment le père de Bookem, lui-même père de Mccutchen, Doorman et Balisto, trois pères à taureaux très utilisés dans le monde », souligne Rémy Vermès de Prim’Holstein.

La consanguinité proche est cependant maîtrisée

L’utilisation trop importante de taureaux confirmés sur descendance peut accentuer le phénomène. Mais ce n’est plus le cas pour la Prim’Holstein. « En 2016, 80 % des inséminations premières (IAP) ont été réalisées avec des jeunes taureaux génomiques (sans fille dans leurs index) dont 73 % d’IAP avec des taureaux français et 7 % d’IAP avec des taureaux étrangers. Le problème est donc plus lié à un manque d’originalité des pedigrees qu’à une utilisation excessive des taureaux confirmés sur descendance », estime Pascale Le Mézec, de l’Institut de l’élevage.

La situation est donc préoccupante mais pas désespérée. D’abord parce que ce bilan doit être nuancé pour deux raisons. « Une partie de l’augmentation de la consanguinité est due au fait que nous connaissons de plus en plus de généalogies. Par ailleurs le niveau de consanguinité calculé uniquement sur les trois dernières générations (moyenne entre 2013 et 2016) est de seulement 0,2 % contre 4,3 % si l’on prenait en compte toutes les généalogies. Cela veut donc dire que la consanguinité proche est maîtrisée, or c’est celle qui est la plus dangereuse quant aux risques d’apparition des anomalies, c’est donc rassurant », indique Coralie Danchin-Burge.

L’intégration de la variabilité dans l’ISU est à l’étude

Par ailleurs, le projet d’intégration de la variabilité génétique dans le nouvel ISU de la race apportera s’il est adopté sa pierre à l’édifice. " Il y a un véritable consensus entre les entreprises de sélection et Prim’Holstein France autour de la nécessité de prendre en compte la variabilité génétique. Reste à trouver un moyen de le faire sans que cela pénalise les taureaux français notamment sur le marché à l’export par rapport à des pays comme les États-Unis qui sont moins regardants sur ce critère ", explique Bruno Béchet, le président de Prim’Holstein France. Une équation pas simple à résoudre sachant que les taureaux aux pedigrees originaux ont souvent un potentiel génétique moins flatteur que celui des autres taureaux.