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Sélection
AVEC LA GÉNOMIQUE, LA FIN DU TESTAGE SUR DESCENDANCE EST SUR LES RAILS

La vitesse des progrès en sélection génomique a surpris. Hollandais et Américains annoncent la diffusion de taureaux triés par ce biais dans les prochains mois. La France est dans la course.

Sébastien Fritz, spécialiste
de la sélection assistée
par marqueurs à l’Unceia.
« Pour la plupart des caractères,
la précision de la SAM demeurera
inférieure à celle du testage
sur descendance. »
Sébastien Fritz, spécialiste
de la sélection assistée
par marqueurs à l’Unceia.
« Pour la plupart des caractères,
la précision de la SAM demeurera
inférieure à celle du testage
sur descendance. »
© D.R.

En simplifiant, désormais une simple prise de sang sur un mâle à la naissance permet d’évaluer son potentiel génétique sur tous les caractères d’intérêt. Rappelons qu’avec le testage sur descendance, il s’écoule environ six ans entre la naissance du taureau et la sortie de ses premiers index.

Scientifiquement parlant, « on pourrait commencer à utiliser en France des taureaux non testés sur descendances début 2009 », indique Sébastien Fritz, spécialiste à l’Unceia de la sélection assistée par marqueurs génétiques (SAM). « Les Américains et les Hollandais annoncent que la fiabilité de la sélection assistée par marqueurs génétiques, appelée aussi sélection génomique, est désormais suffisante pour envisager la diffusion de jeunes taureaux avant testage sur descendance. Les résultats des travaux menés actuellement par l’Inra vont dans le même sens en France », précise Sébastien Fritz. L’entreprise de sélection hollandaise CRV « annonce qu’elle va commercialiser de la semence de jeunes taureaux génotypés à partir de septembre 2008 », a indiqué Jean-Luc Guérin, directeur d’Amélis, à l’occasion de l’assemblée générale de l’Union de coopératives qui s’est déroulée le 10 juin à Avranches dans la Manche.

UNE RUPTURE TECHNOLOGIQUE

Cette évolution dans le paysage de la sélection n’est pas une surprise en soi. Par contre, c’est la rapidité des travaux de génomique (étude des effets de l’ensemble des gènes) qui surprend. « Il est vraisemblable que, dès l’automne 2008, la SAM conduite par l’Inra et l’Unceia permettra de garantir en routine des résultats très fiables pour les jeunes taureaux avant testage sur descendance pour toutes les entreprises de sélection des trois grandes races françaises, explique Sébastien Fritz. Il est cependant impossible de dire aujourd’hui quelle part représentera ce type de jeunes reproducteurs dans le marché de la semence dans les mois qui viennent, aussi bien en France qu’à l’étranger. »

VARIABILITÉ GÉNÉTIQUE

La SAM « constitue une véritable rupture technologique », a indiqué Jacques Coquelin, le président d’Amélis. « Dans quelques années, et peut-être même dans quelques mois, la puissance des schémas de sélection ne se mesurera plus en nombre de taureaux testés, mais en rapport avec la capacité à génotyper un grand nombre de jeunes reproducteurs. Et le génotypage sur un grand nombre de marqueurs permettra de proposer une gamme de taureaux plus importante et donc de répondre à une demande plus individualisée. » Selon Jean-Luc Guérin, directeur d’Amélis, la SAM va également apporter un plus en termes de variabilité génétique, parce qu’étant beaucoup moins coûteuse que le testage sur descendance elle va permettre « d’aller chercher partout dans le monde des montages génétiques qui n’auraient pas forcément été utilisés en sélection classique ».

BEAUCOUP MOINS COÛTEUSE

Michel Tissier, directeur d’Umotest, reste cependant prudent. « Nous nous sommes beaucoup impliqués avec succès dans les travaux de recherche sur la SAM de première génération (2001 à 2008). Avec la SAM 2, de deuxième génération, nous faisons un véritable bond en avant. Mais, pour autant, nous ne voulons pas « griller » les étapes de la fiabilité. En Montbéliarde, nous n’utiliserons des taureaux issus uniquement de la sélection génomique que lorsque la fiabilité des index (coefficient de détermination d’au moins 0,60) et le nombre de caractères indexés seront suffisants. » Actuellement avec la SAM 2, « seuls quinze caractères sont indexés, auxquels il faut ajouter l’Inel et un index équivalent à l’ISU, contre quarante-quatre caractères pour les taureaux issus de testage sur descendance ».

IMPORTANTS MOUVEMENTS D’INDEX

La sélection génomique va changer les rapports entre les entreprises de sélection et les éleveurs. Annonce-t-elle également la fin du contrôle de performances ? La SAM ne rime pas, « et ne rimera jamais », selon Sébastien Fritz, avec la fin du contrôle de performance, « bien au contraire ». Les performances « permettent de confirmer les index SAM des taureaux et de réestimer régulièrement les effets de chaque région du génome ». Sans performances, « l’efficacité de la SAM, et donc des programmes de sélection, baisserait rapidement génération après génération ».

L’intégration des performances de filles dans les évaluations génétiques demeure donc une nécessité. « La SAM appartient encore à ce jour au domaine de la recherche. On vit actuellement sa mise en oeuvre pratique. Pour la plupart des caractères, sa précision demeurera néanmoins inférieure à celle du testage sur descendance. D’importants mouvements d’index sont donc à prévoir pour certains jeunes taureaux. Cela obligera les entreprises de sélection à diffuser deux à trois fois plus de taureaux pour garantir le progrès génétique », commente Sébastien Fritz. D’ici « deux à trois ans, les races laitières à faibles effectifs pourront également bénéficier de la sélection génomique ». ■

Tout le génome peut désormais être étudié

Le testage sur descendance permet d’évaluer le potentiel génétique d’un taureau via les performances de ses filles. Mais on ne connaît pas les gènes impliqués dans les différents caractères sélectionnés (production, fertilité, morphologie…).

Il y a sept ans, certains pays, dont la France, se sont déjà intéressés à la sélection assistée par marqueurs génétiques, mais de première génération. Une simple prise de sang permet de récupérer des cellules qui sont ensuite utilisées pour étudier le patrimoine génétique (ADN) de l’animal.

Mais avec les connaissances et les outils disponibles jusqu’à présent, il n’était possible que de sélectionner quelques régions intéressantes pour un caractère donné à l’aide de quelques dizaines de marqueurs génétiques. Depuis 2008, les outils de génotypage à haut débit se sont développés, ce qui a permis à la SAM de franchir un palier (SAM de deuxième génération). « Le nombre de marqueurs génétiques utilisables en SAM à un coût raisonnable a fortement augmenté. À tel point que nous pouvons aujourd’hui étudier tout le génome (ensemble des gènes) à l’aide de plusieurs milliers de marqueurs, et non plus seulement quelques régions particulières », souligne Sébastien Fritz.

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