Le microbiote du sol serait-il impliqué dans les maladies du bois ?

Les dépérissements de la vigne proviendraient-ils d’un déséquilibre du microbiote de la rhizosphère ? C’est ce qu’ont voulu vérifier Virginie Lauvergeat, maître de conférences, et son équipe à l’Institut des sciences de la vigne et du vin (ISVV). Pour ce faire, ils ont étudié quatre parcelles sises en Gironde, ayant chacune une zone normale, dite saine, et une autre dépérissante (vigueur moindre et taux de mortalité supérieur).

Après avoir vérifié que chaque zone était effectivement différente au niveau de la vigueur et de la mortalité, les chercheurs ont éliminé une cause virologique ou physico-chimique (absence de viroses et mêmes compositions physico-chimiques). « Nous avons ensuite pratiqué des analyses microbiologiques sur cultivables (Petri), des q-PCR et des séquençages de biomasse pour étudier la diversité des bactéries et des champignons sur chaque zone », décrit le maître de conférences. Des analyses enzymatiques d’activation biochimique des micro-organismes ont complété le tout. Avec, à la clé, des disparités significatives.

Moins de bactéries et d'activité enzymatiques dans les sols où la vigne dépérit

Les sols des zones dites « dépérissantes » présentaient à chaque fois des différences de composition microbiologique, avec une densité bactérienne et des activités enzymatiques moindres que les zones dites « saines ». De même, les communautés bactériennes étaient distinctes d’une zone à l’autre.

Cette découverte ouvre des perspectives intéressantes. « On peut envisager l’ajout de bactéries stimulatrices de croissance lors de la complantation de pieds, ou de champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) dans les sols dépérissants » , indique la chercheuse. L’ISVV compte également proposer des couples porte greffe/cépage adaptés au sol et aux conditions climatiques car aptes à s’associer avec les micro-organismes les plus positifs de la parcelle.